changeo 记录小问题

最新推荐文章于 2025-05-03 14:44:40 发布

sayhello1025

最新推荐文章于 2025-05-03 14:44:40 发布

阅读量217

点赞数 1

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/sayhello1025/article/details/143251419

#找到10X的filtered_contig.fasta 所在文件夹位置
export PATH=~/VDJ/ncbi-igblast-1.22.0/bin:$PATH
export PATH=~/VDJ/immcantation/scripts:$PATH
#查看是否有版本显示
igblastn -version
#igblastn: 1.22.0
#Package: igblast 1.22.0, build Oct 11 2023 16:06:20

AssignGenes.py igblast -s filtered_contig.fasta -b ~/share/igblast --organism mouse --loci ig --format blast


MakeDb.py igblast -i filtered_contig_igblast.fmt7 -s filtered_contig.fasta -r ~/VDJ/IMGT/Mus_musculus/IG/IMGT_Mouse_*.fasta --10x filtered_contig_annotations.csv --extended


ParseDb.py select -d filtered_contig_igblast_db-pass.tsv -f locus -u "IGH" --logic all --regex --outname heavy

ParseDb.py select -d filtered_contig_igblast_db-pass.tsv -f locus -u "IG[LK]" --logic all --regex --outname light