在线作图丨2分钟绘制微生物组的曼哈顿图（Taxonomy Manhattan Plot）

最新推荐文章于 2024-11-29 08:00:00 发布

作图帮

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本文介绍了如何在不使用R语言的情况下，通过云图图网站快速制作微生物组的曼哈顿图。详细步骤包括上传数据文件、设置参数、下载结果以及作图后处理。云图图提供免费的在线数据分析服务，适用于微生物组学的差异分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Q1：什么是曼哈顿图（Manhattan Plot）
曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量非零的波动数据点，以及更高幅度值的分布，常常用在全基因组关联研究 (GWAS) 中。它的图像因与曼哈顿的天际线相似性而得名——摩天大楼的轮廓耸立在较低层的“建筑物”和海平面之上。
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Q2：曼哈顿图在微生物组中如何应用？
曼哈顿图的本质是散点图，散点在y轴的高度突出，其属性异于其他低点。在微生物组成谱的分析中，曼哈顿图在展示差异OTUs/ASVs的上下调情况、差异OTUs/ASVs归属情况中有较好的效果。
一般来说，在微生物组成谱的曼哈顿图包括：
(1) X轴：按OTUs或ASVs不同分类学水平的字母顺序排列；
(2) Y轴：-log10(Pvalue)；由于Pvalue的范围是从0-1，并且我们希望它越小越好，但直接展示时位于最下方，不符合直觉认知；因此，对Pvalue进行-log10转换，此时高显著性(Pvalue趋近零)的值被高位显示，独立于其他值。(3) 水平线：一般表示显著性水平阈值，方便直观了解每个点的显著性水平；(4) 散点色彩：一般用于展示分类学水平，不同颜色的点代表不同的微生物种类；
(5) 散点形状：一般用于展示富集情况，上调为enriched(正实心三角)，下调为depleted(倒空心三角)，没有显著差异变化为nosig(实心圆点)；
(6) 散点大小

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