unique mapped reads

最新推荐文章于 2024-08-27 11:32:20 发布
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本文探讨了在基因测序比对中使用MapQ值筛选高质量比对结果的方法。MapQ值能够反映比对结果的可靠性，通过设定不同的MapQ阈值（如15、20或30等），研究者可以有效筛选出符合要求的比对reads，提高后续分析的准确性。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

就是指唯一比对的reads

现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了，而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性，MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10，那就是1/10的概率会出现这个比对结果，如果我们认为0.05%是一个小概率的话，那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话，mapq值为20就可以用于筛选了。但是人们往往从30这个值开始试起（1/1000的概率），如果它的筛选结果符合你的测序要求，就可以使用它了。如果不行，可以适当的调整这个筛选值。

samtools view -bhS -q 30 input.sam > output.bam

参考：关于map当中的unique mapped reads问题

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通过键-值的方法进行搜索，可以使用map，极大的提高了速度。下面代码就是使用map的find查找，通过键，找出对应的值。map<std::string, int> string_int_map; //对string_int_map进行初始化 map<std::string, int >::iterator iter_string_int; string substring_to
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