1)将vcf转化为plink格式,假定输入的vcf文件名为:17893893-17898893.vcf,也可以参考链接:将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态
/vcftools --vcf 17893893-17898893.vcf --plink-tped --out 17893893-17898893 /plink --tfile 17893893-17898893 --recode --out 17893893-17898893
2) 用PLINK确定要研究的位点是否处于连锁的状态;生成blocks和blocks.det两种后缀格式文件;
/plink --file 17893893-17898893 --blocks no-pheno-req --out 17893893-17898893
以上结果说明rs62033