差分电荷密度怎么画_VASP实用教程从入门到进阶第九弹:差分电荷密度

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前面的教程介绍了VASP的输入文件的准备和输出文件的解读,以及建立模型的方法,相信大家通过结合前面的教程并不断地练习一定可以很快的掌握VASP计算的基本技能。接下来我们将通过三章教程来讲解一下电荷方面的计算教程。本章教程先来讲解一下如何计算差分电荷密度。

差分电荷密度(charge density difference)通常是用来分析成键的过程或是结构弛豫前后电荷的转移,当然,也有人用来分析基态和激发态的电荷分布差别等情况。下面我们来介绍一下如何计算差分电荷密度。

计算差分电荷密度需要基于优化后的结构,我们以CO吸附在Pt (111)表面的体系为例子来讲解一下差分电荷密度的计算过程。整个差分电荷密度的计算的过程需要以优化好的CO/Pt体系为基础,计算公式如下。

Δρ=ΔρCO/Pt-ΔρCO-ΔρPt

我们需要分别计算CO/Pt,CO和Pt的电荷密度。CO/Pt的电荷密度直接以结构优化后的结构为基础进行计算得到CHGCAR文件。对于CO和Pt的坐标,直接通过优化后的CO/Pt结构文件获得,分别进行静态计算得到CHGCAR文件。这样上述计算公式所需的各项参数就已经齐全了,接下来说一下如何处理数据得到差分电荷密度图。

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我们需要通过VESTA软件来获得差分电荷密度图。首先打开VESTA软件,打开CO/Pt的CHGCAR文件,这样就打开的总的电荷密度。接下来我们需要将从总的电荷密度中将CO和Pt的电荷减掉,就可以观察到CO与Pt (111)之间的电荷传输,具体操作过程如下。依次点选Edit->Edit Data ->Volumetric Data…然后在弹出的对话框中点选Import,选择CO和Pt的CHGCAR文件,选择open,既可以导入CHGCAR文件,接下来的窗口可以选择对导入的文件做何种操作(加或者减),以及选择数据的单位。

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这里选择“Subtract from current data”,

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数值单位我一般选择“Raw Data”,上述操作之后点击OK即可。这时已经将CO和Pt的电荷从CO/Pt总电荷里面减去,对图像进行设置就可以得到差分电荷密度图。

点选Properties即可对isosurface进行设置,包括大小,颜色等。设置好这些参数之后,就可以将图片导出,依次点选File->Export Raster Image…选择图片格式即可,这样我们就得到了CO/Pt体系的差分电荷密度了。

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### 差分电荷密度VASP 计算方法 差分电荷密度(Deformation charge density)是一种用于分析材料成键过程中电荷分布变化的重要工具。在 VASP 中,差分电荷密度的计算涉及多个步骤,主要包括成键体系的自洽计算、孤立原子的自洽计算以及电荷密度文件的差分处理。 #### 1. **成键体系的自洽计算** 首先,对成键后的体系(如分子或固体)进行静态自洽计算,得到其电荷密度。这一步通常包括设置 `INCAR`、`KPOINTS`、`POSCAR` 和 `POTCAR` 文件,并运行 VASP 计算。计算完成后,电荷密度信息会存储在 `CHGCAR` 文件中。 #### 2. **孤立原子的自洽计算** 为了得到成键前的电荷密度分布,需要分别计算孤立的 A 和 B 原子。在 VASP 中,这一步可以通过修改 `POSCAR` 文件,删除其中一个原子,保留另一个原子,同时保持晶格参数和原子坐标不变。随后,运行两次自洽计算,分别得到 A 和 B 原子的电荷密度文件(`CHGCAR_A` 和 `CHGCAR_B`)[^2]。 #### 3. **电荷密度差分处理** 差分电荷密度的计算公式为: $$ \Delta \rho = \rho_{AB} - (\rho_A + \rho_B) $$ 其中: - $\rho_{AB}$ 是成键后的电荷密度; - $\rho_A$ 和 $\rho_B$ 是孤立 A 和 B 原子的电荷密度; - $\Delta \rho$ 是差分电荷密度。 在 VASP 中,可以使用 `chgsum.pl` 脚本对 `CHGCAR` 文件进行加减操作。具体命令如下: ```bash chgsum.pl CHGCAR_AB CHGCAR_A CHGCAR_B ``` 该命令会生成一个新的 `CHGCAR_diff` 文件,表示差分电荷密度。随后,可以使用 `bader` 或 `VESTA` 等工具对 `CHGCAR_diff` 文件进行可视化分析,观察电荷的转移和极化方向。 #### 4. **可视化与分析** 使用可视化工具(如 VESTA),可以加载 `CHGCAR_diff` 文件,并设置等值面(isosurface)来显示电荷密度的变化区域。通常,正等值面表示电荷积累(电子富集),负等值面表示电荷耗尽(电子缺失),从而揭示化学键的形成机制。 --- ### 示例:氧气分子的差分电荷密度计算 以氧气分子(O₂)为例,假设成键体系为 O₂ 分子,孤立原子为两个 O 原子。计算步骤如下: 1. **成键体系计算**:构建 O₂ 分子的 `POSCAR` 文件,运行 VASP 自洽计算,得到 `CHGCAR_O2`。 2. **孤立原子计算**:分别构建两个 O 原子的 `POSCAR` 文件,运行 VASP 自洽计算,得到 `CHGCAR_O1` 和 `CHGCAR_O2`。 3. **差分处理**:使用 `chgsum.pl` 脚本计算差分电荷密度: ```bash chgsum.pl CHGCAR_O2 CHGCAR_O1 CHGCAR_O2 ``` 4. **可视化分析**:使用 VESTA 加载 `CHGCAR_diff` 文件,设置等值面,观察 O₂ 分子的电荷分布变化。 --- ### 注意事项 - **晶格参数一致性**:在孤立原子计算中,保持晶格参数与成键体系一致,以确保电荷密度的可比性。 - **K 点设置**:KPOINTS 的设置应保持一致,避免因采样差异导致电荷密度误差。 - **自旋极化**:对于自旋极化体系(如 O₂ 分子),需要启用 `ISPIN=2`,并在 `INCAR` 中设置初始磁矩。 - **Bader 分析**:如果需要定量分析电荷转移量,可以结合 Bader 电荷分析工具。 --- ###
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