小提琴图：单个

原创已于 2022-05-27 10:59:39 修改 · 333 阅读

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#r语言 #小提琴图

于 2022-02-22 13:59:18 首次发布

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这篇博客展示了如何利用R语言的ggplot2和reshape2库对基因表达数据进行处理和可视化。首先，通过读取`File_tpm.csv`文件获取数据，然后筛选出表达水平介于10到500之间的基因。接着，使用`melt`函数将数据重塑为长格式，以便于绘图。最后，通过`ggplot2`创建了两种不同的图形：一种包含小提琴图和点状图，另一种则展示了数据的中位数。这些图形有助于理解不同样本间的基因表达差异。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

library(gcookbook)
library(ggplot2)
library(reshape2)

data <- read.csv("File_tpm.csv",row.names =1)
data1 <- data[rowSums(data) > 10,]
data1 <- data1[rowSums(data1) < 500,]

data_melt <- melt(data1)
##（1）
ggplot(data_melt, aes(x = variable , y = value , fill = variable)) +
    geom_violin(alpha = 0.5,aes(linetype=NA)) + 
    geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+
    xlab("sample")+ylab("tpm")+
    theme_bw()+
    theme(legend.position = "none")

在这里插入图片描述

ggplot(data_melt, aes(x = variable , y = value , fill = variable)) +
  geom_violin(alpha = 0.5)+
  stat_summary(fun.y=median, geom="point", fill="white",shape=21,size=2.5)

在这里插入图片描述