分子动力学仿真软件：GROMACS二次开发_GROMACS基础理论

GROMACS基础理论

1. 分子动力学简介

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）是一种数值模拟技术，用于研究原子和分子系统在一定时间尺度内的动态行为。通过求解牛顿运动方程，分子动力学模拟可以提供系统中每个原子的位置、速度和加速度随时间变化的详细信息。这些信息对于理解化学反应、生物分子的结构和功能、材料的性质等具有重要意义。

1.1 基本概念

分子动力学模拟基于以下基本概念：

• 粒子系统：分子动力学模拟的系统由多个粒子（如原子、分子）组成。

• 势能函数：描述粒子之间相互作用的函数，通常包括键伸缩、键角弯曲、二面角扭转等项。

• 初始条件：模拟开始时每个粒子的位置和速度。

• 时间步长：模拟过程中时间的离散步长。

• 积分算法：用于求解牛顿