纳米尺度仿真软件：GROMACS_（1）.GROMACS基础理论与概念

GROMACS基础理论与概念

1. 分子动力学模拟的基本原理

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是一种计算方法，用于研究原子和分子体系的动态行为。通过求解牛顿运动方程，MD模拟可以生成体系随时间演变的轨迹，从而提供关于体系结构、动力学和热力学性质的详细信息。GROMACS是一个强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物分子、材料科学和化学等领域。

1.1 牛顿运动方程

牛顿运动方程是MD模拟的基础，描述了每个粒子在给定力场下的运动。对于一个含有 $N$个粒子的体系，每个粒子的运动方程可以表示为：

mid2ridt2=Fi m_i \frac{d^2 \mathbf{r}_i}{dt^2} = \