研究背景
酶以多种方式利用金属离子。一种使用方式是激活化学键,使其更易于反应。自然界通常使用过渡金属离子来实现这一目的,尽管也使用其他金属离子。酶中金属离子的另一种用途是提供活性位点的结构稳定性和底物在其内的正确几何定位。进一步的用途是在底物转化为中间体或产物期间改变底物的电子数;这是通过改变那些具有氧化还原能力的金属离子的氧化态来完成的。
研究主旨
研究发现,在含有羧酸盐和镁离子的环境中,水的去质子化过程的能量需求显著降低,这可能是因为镁离子的电荷促进了水分子的去质子化。然而,当其中一个水分子被羧酸盐取代时,去质子化的能量需求增加,表明羧酸盐的存在抑制了这一过程。这一效应主要归因于整体Mg[H2O]52+-(RCOO-)复合物的净正电荷减少,而不是镁阳离子本身的电子结构变化。研究还分析了晶体结构中发现的两种镁-羧酸盐-水分子的基序,并讨论了它们在酶催化活动中的潜在作用。
研究特点
通过从头算分子轨道计算评估了金属离子结合的羧酸盐基团对与同一阳离子结合的水分子酸度的影响。在六水合Mg[H2O]62+中,去除一个配位水分子所需的自由能仅为去除一个自由水分子所需自由能的40%,表明镁离子的存在促进了水的离子化。然而,如果将六水合Mg[H2O]62+中的一个水分子替换为羧酸盐配体,则从金属离子结合的水分子中解离质子所需的能量增加了约80 kcal/mol,介于Mg-[H2O]62+中一个水分子和自由水分子的去质子化能量之间。