- 博客(6)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 Nohup报错
用nohup挂起命令进行比对时 jobs查看运行进度发现命令停止了查看log日志 百度后尝试解决确保脚本是#!/bin/sh 开头更改脚本文件权限 还有说，可能是因为nohup.out的路径没有写入权限用linux重定向的方法，将nohup.out重定向至一个有写入权限的路径，或者直接扔到/dev/null中。 或者 另外，也可以实现0，1，2之间的重定向。2>&1：将错误信息重定向到标准输出。Linux下还有一个特殊的文件/dev/null，它就像一个无底洞，所有重定向到它的信息都会消
2022-06-15 21:49:14
1937
1
原创 DEseq2差异表达分析
公司返回的结果，想自己跑一边试试，对照结果是不是一样，顺便检查自己的流程。用的是Hisat2-featurecount-Deseq2流程双端测序PE数据建索引 建索引：hisat2-build [options]* # ：fasta文件 list，如果为list，使用逗号分开 # ：索引文件的前缀名，如设为xxx，则生成的索引文件为xxx.1.ht2,xxx.2.ht2，默认的前缀名为NAME #opti...
2022-06-09 22:07:28
3128
2
原创 linux中conda创建虚拟环境
不能将需要用的软件或者其他要用的东西装在base环境中；创建一些独立的环境会比较方便我们做项目管理；建议： base环境中不要安装任何的包，保持干净，除非你知道这个包会对原生的环境造成什么样的影响.尽量用conda安装不同功能的软件各个env，免得它污染环境变量，使用某些软件，就激活某些env。conda create -n genomescope2 #创建genomescope2小环境；conda create -ndatabase python=3.7.3 #指定环境中需要带的python的版本;需要注
2022-06-09 18:01:08
3826
原创 linux上在自己的目录下安装miniconda3
在QC后，我发现下载的数据，GC含量都是双峰的，这肯定是要进行过滤的。于是我跟着jimmy大神的教程进行过滤，使用的是trim_galore软件。但是！服务器上没有现成的软件可以使用，而且这个是需要依赖于cutadapt和fastqc两个软件依托才可以安装使用的我首先尝试源代码安装cutadaptcutadapt下载源代码：https://github.com/marcelm/cutadapt1、conda 安装成功；但调用的时候一直出问题，也找不到原因，于是换成源码安装（捂脸。。）2、尝试源码安装：
2022-06-09 16:27:58
2187
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人