3分钟掌握曼哈顿图的绘制

最新推荐文章于 2024-11-29 08:00:00 发布

生信修炼手册

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本文介绍了曼哈顿图的起源、特征及其在GWAS分析中的应用。通过理解染色体位置转换，可以轻松绘制曼哈顿图。文中提到的R包提供便捷的绘制工具，但限制较多，理解其本质后可自行实现更个性化的曼哈顿图绘制。

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作为一种经典的可视化方式，曼哈顿图使用广泛，在GWAS分析中随处可见，本文就来揭秘曼哈顿图绘制的核心方法。

曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近，曼哈顿区是摩天大楼最多的城市，标志性的景观如下

曼哈顿图示意如下

每条染色体可以看做是一座高楼，整体看上去形似曼哈顿区的摩天大楼，所以称之为曼哈顿图。

了解了曼哈顿图的命名，再来看下它所展示的信息。从上图可以看出，曼哈顿图的x轴为snp位点在染色体上的位置，y轴为SNP位点对应的p值。从本质上来看，属于散点图。有x轴和y轴的坐标，人人都可以画散点图，那为何曼哈顿图的绘制看上去并非如此简单呢？

秘密就在于SNP位点的染色体位置，对于不同的染色体，在标记位置时都是从1开始计数的，比如1号和2号染色体的12bp对应的是两个snp位点。通过染色体和位置两列信息相结合，可以唯一表征snp位点的位置。

然而在绘制散点图时，x轴只能用1个数值来表示。在曼哈顿图中，将染色体线性排列，1号染色体的位置不变，2号染色体的位置在原来的基础上再加上的1号染色体的总长度，然后依次类推，通过这样一种形式，将原始输入文件中染色体和位置两列信息，转换为绘图所用的x轴坐标信息。

在实际分析中，通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿图的绘制，用法如下

输出结果如下所示

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