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原创 win10 office+mathtype安装配置
win10 office2019+mathtype安装配置安装完成之后有如下报错解决方法：（一）office版本查询（二）mathtype 文件查取（三）寻找STARTUP文件解决Word不能使用mathtype的方法：安装完成之后有如下报错打开Word会出现报错弹框解决方法：（一）office版本查询第一步：首先查看你的office是什么版本32位或者64位，查看方法，进入word->文件->账户->关于word，就可以查看你的office版本，我的是62位。第二步：
2020-07-03 17:12:31
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转载 【VSCode】选择远程服务器的虚拟环境
选择Terminal，点击+， 通过命令行切换即可。选择服务器虚拟环境conda。选择需要使用的虚拟环境即可。
2025-05-21 23:15:05
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转载 【VSCode】VSCode连接远程服务器显示The remote host may not meet VS Code Server‘s prerequisites
再加上报错内容，猜测是vscode会自动更新，所以vscode刚刚安装后是正常的，重启过一次后，因为自动更新了，就会发生问题。怀疑是服务器环境被更改了，但是尝试了几台服务器，都无法连接（这里巧合的是，尝试的几台服务器都是centos7系统）。怀疑本地vscode 出现了未知问题，卸载重装，果然可以用了，然而仅仅是重启了一遍vscode就不行了。（2） 本人在安装时，没有让选择安装目录，点了几个下一步自动就覆盖安装了。安装完成后，VSCode的自动更新是禁用状态，覆盖安装会继承设置。
2025-05-21 21:30:40
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原创 【VSCode】在远程服务器Linux 系统 实现 Anaconda 安装与下载
出现Do you accept User lincense terms？[yes|no]: yes（选择yes即可）如下图，输入 conda 之后显示没有找到命令，原因在于环境变量还没配置。anaconda 的具体用法可以参考下述内容，包括虚拟环境的创建与使用。（这步可能不需要，可以在终端输入 conda，看下会不会正常输出）下载完成后，可以在对应的文件路径中可以看到相关的安装包。修改完，保存之后，需要在 终端中输入。安装过程一直enter即可。使得修改的配置生效。
2025-05-21 19:04:06
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原创 【lammps】后处理 log.lammps
分组，用于将多个选项合并（如 (Step|Temp) 表示匹配 Step 或 Temp）。：前一个字符 / 组出现至少一次（即 [[:space:]]+ 表示一个或多个空白）。：-A 是 --after-context 的缩写，表示匹配后显示后续 100 行。-A 100：匹配标题行后，附带接下来的 100 行数据（根据实际数据量调整）。：匹配任意空白字符（空格、制表符 \t 等），等价于 [ \t\r\n\f]。：匹配任意数字（等价于 \d，但更通用）。：行首锚点（匹配行的开头）。
2025-04-28 12:55:38
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转载 【LLM】关于transformers模型‘init_empty_weights‘报错
在新版本的transformers中（例如我的版本是4.51.0），init_empty_weights已被移动到accelerate库中，而不是直接通过transformers提供，这是hugging face生态重构模块路径的结果。1.安装accelerate库。
2025-04-08 16:57:34
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原创 【VASP】VASP结合Phonopy计算自由能、热容和熵
前面使用Phonopy，通过和**密度泛函微扰法(DFPT)**计算得到声子谱以及对声子谱进行非解析项校正。那么如何得到声子相关的其他性质，比如自由能、热容、熵等热学性质呢？本文将简单介绍在DFPT计算声子谱的基础上，如何通过Phonopy后处理得到自由能、热容和熵等热学性质相关数据并绘图。首先激活python环境。
2025-02-12 22:26:57
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转载 【VESTA】基础操作（二）
晶体结构可视化软件VESTA入门教程图1 采用Vesta绘制出的材料结构示意图VESTA（Visualization for Electronic and STructural Analysis）是由日本国立科学博物馆的Koichi MOMMA和京都大学的Fujio IZUMI开发出的一款用于晶体结构和电子结构可视化的专业软件。VESTA功能十分强大，它可以非常简单地实现晶体结构建模、查看结构信息、调整晶体结构参数和显示外观，输出图片或转换数据格式等一系列功能。
2025-02-06 19:49:16
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转载 【VESTA】基础操作（一）
关于VESTA可视化软件的应用和功能还有很多，要想最大化利用该软件，就应该充分掌握其功能。废话不多说，接下来我们在本文详细为大家介绍使用VESTA软件来调整晶体结构以及美化晶体结构等方面的内容。
2025-02-06 11:03:35
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转载 【MS】 Materials Studio中移动原子
materials sudio中经常会有移动原子的操作，具体操作步骤为: 框选晶胞中待移动原子后点击工具栏中的相应的箭头来实现移动。distance即为每次点击移动的距离。注意，当未选中任何原子时该组图标为灰色。快捷键：shift+ALT+右键。从而调出相应的工具栏。
2025-02-01 22:43:08
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转载 【MS】 Materials studio查看原子之间的距离和角度
点选任意2个原子 会显示二者距离(单位为埃)点击图中下三角打开下拉框后 选择。
2025-02-01 22:33:35
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原创 【VASP】AIMD计算总结
VASP做AIMD计算时，可以通过讲体系原子的初始速度都追加到POSCAR后面，具体参考CONTCAR的格式。在静力学计算过程输出的CONTCAR文件中，原子坐标后面追加的一行行的数字0.000…其实就是每个原子所对应的速度。系综设置主要通过MDALGO和ISIFSMASS只要是大于0就是NVT系综此外对于原子间的键长键角还可以通过输入文件ICONST来控制，具体参考官网说明：https://www.vasp.at/wiki/index.php/ICONST。
2025-01-30 21:04:36
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转载 【Python】pycharm 运行后，查看变量值以及继续输入语句并运行（非Debug , debug太慢）
在pycharm中找到Edit Configurations并点击：在下面位置处打上勾并保存这样就能在控制台输入语句并运行，也可以查看变量。
2025-01-09 17:57:09
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转载 【Python】解决pip安装报错“error:microsoft visual c++ 14.0 or greater is required”问题
这篇文章主要介绍了解决pip安装报错“error:microsoft visual c++ 14.0 or greater is required”问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教。
2025-01-04 19:28:57
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原创 【Linux】nohup 命令
nohup 命令，在默认情况下（非重定向时），会输出一个名叫 nohup.out 的文件到当前目录下，如果当前目录的 nohup.out 文件不可写，输出重定向到 $HOME/nohup.out 文件中。nohup 英文全称 no hang up（不挂起），用于在系统后台不挂断地运行命令，退出终端不会影响程序的运行。将标准错误 2 重定向到标准输出 &1 ，标准输出 &1 再被重定向输入到 runoob.log 文件中。&：让命令在后台执行，终端退出后命令仍旧执行。Arg：一些参数，可以指定输出文件。
2024-10-29 14:03:51
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原创 【Lammps】使用atomsk建立多晶结构模型
在上面模块中选择Input property选项，从中选择particle identifier选项，并将自动调节选项勾上（Automatically adjust range）,就成功获得渲染后的多晶体结构。注：如果想构建高熵合金结构，可以手动修改 final.cfg 文件，其中必须修改的有 atom types，例如。编写in文件，在lammps中使用替换原子法，将部分Fe原子按照比例替换为Ni、Cr，得到合金多晶结构。100Am，盒子内随机生成20个晶粒。步骤一：导入高熵合金多晶体结构文件。
2024-10-27 22:12:10
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原创 【Lammps】atomsk安装与环境变量设置（Linux环境）
测试：回到刚才Al_supercell.sh所在路径，再执行source Al_supercell.sh命令。我们看到有examples文件夹，里面有很多atomsk自带的例子，我们直接进去运行看看，能不能成功？这是由于环境变量没有设置，所有atomsk命令没有生效，接下来添加atomsk到当前用户的环境变量。可以用echo $PATH命令查看，atomsk所在路径已经添加进来了。注意：file.tar.gz 替换为自己下载的安装包名称。先cd到我们最开始安装的位置，然后使用。3. 编辑 bashrc。
2024-10-27 21:51:48
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原创 【Lammps】拉伸模拟实验
针对lammps的拉伸模拟，只需要 更换步骤（2）建模，（3）力场设置，其它模拟环境的参数设置可以根据上述解释自己替换。总的来说，建模部分最难，如果需要通过读取 cif 格式的晶体文件。可以首先对cif文件的结构进行扩胞，在转换为lammps可以读取的data文件。具体的lammps建模操作，后面将有空时更新。
2024-10-22 12:27:54
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原创 【Python】pip导入requirements.txt报错 CondaValueError: could not parse ‘alabaster @ file:///home/ktietz/
最近，在使用多台电脑进行数据运算时，各电脑的环境部署不同，有的直接使用pip方式，有的使用anaconda的虚拟环境出现如下报错：打开 requirements.txt 文件发现如下，出现许多的 @ file:形式。查阅知：一些包后面跟着 @ file:///… 这样的路径，这表示这些包是以“editable”模式安装的，也就是说它们是从本地文件系统中的某个位置直接安装的，而不是从 PyPI 或其他远程源安装的。
2024-09-05 15:14:46
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原创 【Anaconda】 Anaconda 配置虚拟环境和包缓存路径
随着时间和使用频率的增加，pkgs文件夹可能会变得相当大，因为它不仅存储当前环境使用的包，还包括历史安装过程中积累的、可能不再被任何环境引用的包版本。package cach 用于指定pkgs文件夹（Anaconda下的pkgs文件夹是“Packages”的缩写）的路径，Anaconda的 pkgs 文件夹是Anaconda环境中用于存储已安装软件包及其依赖项的目录。当创建新的conda环境或者在现有环境中安装软件包时，Conda会优先从pkgs文件夹中复用已有的包，而不是重新下载，从而节省带宽和时间。
2024-06-18 12:55:48
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转载 【Python】 pycharm+conda配置虚拟环境
本文主要内容：（1）使用pycharm创建新的项目环境并使用conda进行配置（2）使用pycharm引用已有的conda虚拟环境。
2024-06-18 12:19:31
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原创 【ASE】笔记总结
ASE 介绍ASE 的安装文件格式的转化命令行操作图形界面操作Python代码操作[2]支持的文件转化格式ASE（三）：图形界面查看/建立/修改结构图形界面召唤查看结构python代码查看/建立结构读写、查看结构建立结构分子周期性体系utm_id=0read(),write()函数，作用分别是：将结构信息读取为atom object，将atom object写入文件；atom_object.get_positions()函数，可以获取atom object中所有的原子坐标信息，数据形式为列表；
2024-06-14 13:19:14
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原创 【深度学习】CUDA —— nvcc 和 nvidia-smi 显示的版本不一致？
其实，只要上去Pytorch官网瞄瞄，细心的你应该能够发现在命令中指定CUDA版本时，用的是 cudatoolkit，而 nvcc --version 显示的版本就是通过CUDA Toolkit Installer在安装时决定的，因此，我们应该选择与 nvcc --version 对应的CUDA版本匹配的Pytorch。那么 nvcc --version 与 nvidia-smi 的版本不一致的情况下，有些朋友可能就会懵了：我该如何选择与CUDA版本匹配的Pytorch呢？
2024-06-14 13:17:10
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原创 【Anaconda】 anaconda常用命令总结
中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/注意：将下面的可以将 env_name 替换为自己想命名的虚拟环境名。env_name为自己对应的环境名。还有一种格式是yml文件。
2024-06-10 00:08:02
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原创 【Python】pycharm报错——Error loading package list:Unexpected end of file from server
pycharm报错——Error loading package list:Unexpected end of file from server。镜像地址不要添加太多，但凡有一个不能用，就会报错。
2024-06-08 17:57:04
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原创 【Java】IDEA自动生成类图和时序图
idea 的强大之处在于此，它包含了很多小插件，我们不需要再次下载相关插件，只需要在idea中小小的设置一下就可以了,下面是设置方法，我用的是idea2020版本。选项分别对应：调用的层次深度、是否跳过私有方法、是否只生成当前项目的类、是否跳过getters/setters方法、是否跳过构造方法。2.生成时序图 在需要生成流程时序图的方法 右键 > 选择 “SequenceDiagram…4.对时序图进行调整在生成时序图后，我们可以删除我们不想要的类，点击右键即可。3.生成时序图时的设置。
2024-05-14 11:14:43
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原创 【Lammps】lammps 势函数的获取
比如Al-Co-Cr-Fe-Ni就是高熵合金AlCoCrFeNi的势函数，后面的数字表示该合金的势函数数量，点击打开改势函数文件，点击另存保存到自己电脑即可。lammps模拟中，势函数的设置非常重要，直接影响计算结果，同时也是一大难点，特别是对于原子类型比较多的情况，设置起来有一定的困难。lammps官网的GitHub是时常更新的,比我们安装目录下的势文件要多,在这里可能会找到我们需要的势文件。假设在FeCMnSi中加入Ti，组成一种新的合金FeCMnSiTi合金，但是并不能找到这种合金的势函数。
2024-05-08 10:57:36
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转载 【Jupyter】Jupyter notebook 打开创建好的虚拟环境
其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。这个命令将在jupyter中注册一个新内核，使得jupyter能够使用你的虚拟环境。如果你已经注册了内核，您会看到一个包含你的虚拟环境名称的选项卡在jupyter的右上角。其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。如果虚拟环境已激活，你会看到虚拟环境名称出现在命令提示符的开头。2、确认你已在虚拟环境中安装了jupyter。3、确认你已经在jupyter中注册了虚拟环境。1、确认你已经激活了虚拟环境。
2024-05-08 10:49:05
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原创 【深度学习】pytorch 与 PyG 安装（pip安装）
这里写目录标题基于PyTorch的深度学习入门教程（一）——PyTorch安装和配置深度神经网络是一种目前被广泛使用的工具，可以用于图像识别、分类，物体检测，机器翻译等等。深度学习（DeepLearning）是一种学习神经网络各种参数的方法。因此，我们将要介绍的深度学习，指的是构建神经网络结构，并且运用各种深度学习算法训练网络参数，进而解决各种任务。本文从PyTorch环境配置开始。PyTorch是一种Python接口的深度学习框架，使用灵活，学习方便。还有其他主流的深度学习框架，例如Caffe，Ten
2024-02-08 20:01:28
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原创 【Python】使用 requirements.txt 与 pytorch 相关配置
进行深度学习时，学习github上面的项目，经常需要配置不同的虚拟环境。最简便的方式是使用 requirements.txt 导入所需的项目，但是涉及到 pytorch 时，需要特别注意。如果你的 requirements.txt 文件中的 PyTorch 版本与你的环境不兼容，你可能会在安装时遇到错误。在这种情况下，你需要手动指定一个与你的环境兼容的 PyTorch 版本。
2024-02-08 14:14:42
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原创 【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）
早期的Zhou势用Fortran编写，在使用之前需要进行对源代码进行编译，操作较为麻烦，后期lammps提供了一个python版本的Zhou势拟合程序。下面是官方对Zhou势函数拟合的说明文档。Zhou合金势主要用于金属的分子动力学模拟 ，下面将主要对lammps自带程序生成相关合金势函数。文件夹中存在下述程序，其中 create_eam.py 就是我们需要的。拟合好的势函数在eam_database文件夹中，打开如下图所示。
2024-02-05 23:50:10
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原创 【Python】Jupyter notebook 打开指定文件路径
【代码】【Python】Jupyter notebook 打开指定文件路径。
2024-01-19 15:02:37
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转载 【Linux】 Linux 新建 python 文件
Linux是一款非常流行的操作系统，可以使用任何文本编辑器编辑Python文件。以下是在Linux系统中，新建Python文件的步骤：1、打开终端，进入需要新建Python文件的目录。2、输入以下命令，如果该文件不存在，则会创建该文件；如果改文件已存在，则会打开该文件。其中，filename是你新建的文件名，.py表示Python文件的后缀名。3、输入以下命令，进入文件编辑模式。4、按下 i 键可以进入插入模式，输入Python代码。5、按下Esc键，输入 :wq 保存并退出文件编辑模式。
2024-01-11 11:29:17
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转载 【lammps】：nve/nvt/npt系综设置方法
nve系综没有控温的功能，初始条件确定后，在力场的作用下，原子速度发生变化，相应的体系温度发生变化。和nvt一样，npt系综通过调节原子速度调控温度，不同的是，npt系综下box的尺寸可以发生变化。nvt和npt系综也可以配合使用，比如，对于比较复杂的模型，可以先进行nvt系综下弛豫，然后再进行npt系综下的弛豫。在lammps模拟中，常用的系综有nve、nvt、npt三种系综，下面说说这三种系综的使用方法。系综的选择没有统一的规则，最好的方法是多读文献，相同的模拟环境下，看看文献中用的是哪种系综。
2024-01-10 19:18:43
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原创 【Materials Studio】 Materials Studio 2019 安装教程
Materials studio是一个完整的建模和仿真环境，旨在让材料科学和化学领域的研究人员能够预测和理解材料的原子和分子结构与其特性和行为之间的关系。使用Materials Studio，许多行业的研究人员正在设计更好的所有类型的材料，包括药品，催化剂，聚合物和复合材料，金属和合金，电池和燃料电池等。
2023-12-25 19:30:00
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原创 【Materials Studio】入门基础篇
经典的分子模拟过程构建模型;设置计算参数;运行计算;分析与展示计算结果。完成上述4个步骤，即完成了一次分子模拟。
2023-12-25 14:57:49
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原创 【VASP】INCAR文件（详解）
一、4个常用的输入文件INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTSINCAR: 计算任务类型是什么？怎么计算？KPOINTS: 包含了倒易空间点网格的坐标和权重。POSCAR: 包含元胞的原子坐标信息以及初始速度等信息。POTCAR: 超软赝势或PAW势函数（有一个赝势库）。INCAR中主要的格式是tag=value的形式。其中tag为VASP规定的关键词，而value则是用户输入并且符合VASP规定的值。不同的tag之间可以有空行，而且没有先后顺序的要求。
2023-12-25 14:44:18
12515
2020HiMCM真题
2020-11-12
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2020-05-31
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