LTR（Long Terminal Repeat）插入时间原理-学习系列002

在估算LTR（Long Terminal Repeat）逆转录病毒样转座子插入时间时，应当选择“完整的LTR”对”进行分析，而不是全部LTR。

为什么选择“完整的LTR对”？

LTR插入时间估算的基本原理是：LTR类转座子在插入时，其两端的LTR序列是完全相同的。插入后，随着时间推移，这两个LTR由于中性突变会逐渐发生序列差异，我们可以通过计算它们之间的差异来推算插入时间。

因此，必须满足以下条件：

• 必须是同一个转座子的5'和3' LTR序列；

• 必须能正确配对并比对这两个序列；

• 单独一个LTR（如只有5'或3'）不能用于估算插入时间。

插入时间估算公式

T=K2rT = \frac{K}{2r}

• T：插入时间（单位：年）

• K：两个LTR之间的碱基替代率（可以用Jukes-Cantor模型等校正）

• r：中性突变率（例如植物常用 1.3×10−81.3 \times 10^{-8} 或根据物种估计）

实际流程（常用软件如LTR_retriever）：

1. 使用LTRharvest、LTR_Finder 等工具识别成对LTR结构

2. 利用LTR_retriever提取完整的LTR对

3. 对LTR对进行比对并计算序列差异（如用MAFFT）

4. 计算K并代入突变率r

5. 得到每个LTR插入时间

小结