在线 Reactome 富集分析

### 如何使用R语言进行Reactome通路分析 为了利用R语言执行Reactome通路分析，可以采用`reactome.db`包以及`clusterProfiler`库来简化这一过程。这些工具能够帮助研究人员快速获取并解析来自Reactome数据库的信息。 #### 安装必要的软件包 首先需要安装几个关键性的R包： ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("reactome.db", "clusterProfiler")) ``` #### 加载所需库 接着加载上述已安装好的库以便后续调用其功能函数： ```r library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 如果是人类基因，则需此映射文件；其他物种替换相应org.*.eg.db即可 library(ReactomePA) # 提供更多关于Reactome的功能支持 ``` #### 准备输入数据 准备一份包含感兴趣基因列表的数据框或向量作为输入源。这里假设有一个名为`gene_list`的对象存储着一系列Entrez ID形式表示的人类基因标识符[^1]。 #### 执行富集分析 通过`enrichPathway()`命令来进行针对特定基因集合的Reactome路径富集测试，并指定参数以优化输出结果的质量： ```r ego <- enrichPathway(gene = gene_list, organism = 'hsapiens', pvalueCutoff = 0.05, # 设置p-value阈值筛选显著性通路 qvalueCutoff = 0.2, # FDR校正后的q-value阈值 minGSSize = 5, # 至少含有多少个目标基因才考虑该通路 maxGSSize = 500) print(ego) dotplot(ego) + ggtitle('Reactome Pathways Enrichment Analysis') cnetplot(ego, categorySize="nGene") # 可视化展示网络关系图 ``` 以上代码片段展示了如何运用R语言中的相关资源开展一次完整的Reactome通路富集分析工作流，从环境搭建直至最终的结果呈现[^2]。