渐变火山图|如何用全网最快的速度学会画全网最美火山图，超越Origin、GraphPad 和R语言，快来替换成自己的数据试试吧！...

<think>我们被要求使用GraphPad Prism 8.0制作火山图。火山图通常用于展示差异表达基因或蛋白质，其中x轴表示变化倍数（log2 fold change），y轴表示统计显著性（-log10 p-value）。在Prism 8.0中，没有直接的“火山图”模板，但可以通过组合图表来实现。 根据网络搜索和Prism官方文档，制作火山图的步骤如下： 1. 准备数据：需要两列数据，一列为log2 fold change（通常取对数后的变化倍数），另一列为p值（用于计算-log10(p值)）。 2. 创建图表： - 打开Prism，选择“New data table and graph”。 - 选择“Column”数据类型，然后点击“Create”。 - 将数据输入到数据表中：通常第一列为log2 fold change，第二列为p值（或直接输入-log10(p值)，但通常输入p值然后让Prism计算）。 - 在数据表中，可以添加第三列用于计算-log10(p值)。右键点击数据表上方的列标题，选择“Insert New Column”。然后在新列上方的列标题处点击，选择“Column Properties”，在“Column Equation”选项卡中输入公式：`-log(ColumnB)`，其中ColumnB是p值所在的列（假设p值在B列）。注意，Prism的公式中列用字母表示，例如ColumnC表示第三列。 3. 绘制散点图： - 点击工具栏上的“Graphs”按钮，或者从数据表页切换到图形页。 - 在“New Graph”对话框中，选择“XY”图类型，然后选择“Scatter plot”或“Points only”。注意，这里我们使用两列：第一列（log2 fold change）作为X，第三列（-log10(p值)）作为Y。 - 点击“OK”生成散点图。 4. 调整火山图的外观： - 添加阈值线：通常火山图会添加两条垂直线（例如在log2 fold change = ±1处）和一条水平线（例如在-log10(p值)=1.3处，对应p=0.05）。在Prism中，可以通过添加参考线实现。双击图表上的X轴，在“Frame and Origin”选项卡中，选择“Additional Ticks and Grid Lines”，添加X轴上的额外刻度线（位置为-1和1），并选择显示为长线（即参考线）。同样，双击Y轴，在相同的位置添加水平参考线（例如位置为1.3）。 - 设置坐标轴标签：双击坐标轴，可以设置标题，例如X轴为“log2 fold change”，Y轴为“-log10(p-value)”。 - 调整点的颜色：通常根据上调、下调或不显著来设置颜色。在Prism中，可以通过设置“Plot”属性来实现。双击图表上的任意点，打开“Format Graph”对话框。在“Appearance”选项卡中，可以设置点的颜色。但更高级的按条件着色需要借助分组。一种方法是： - 在数据表中添加分组列：例如，第四列，用于标记每个点是上调（1）、下调（-1）还是不显著（0）。可以使用公式，例如：`If(ColumnA>1, 1, If(ColumnA<-1, -1, 0))`，其中ColumnA是log2 fold change列。然后根据这个分组列来设置颜色。 - 在图表上，双击进入格式设置，选择“Color by a variable”并选择分组列（第四列），然后设置不同组对应的颜色（例如上调红色，下调绿色，不显著灰色）。 5. 添加标签：如果需要标记一些显著的点，可以右键点击图表，选择“Add Text”手动添加，或者使用Prism的“Add Label”功能。 注意：Prism 8.0没有内置的火山图模板，因此需要手动设置。以上步骤是常用的方法。 由于要求中禁止使用第一人称和步骤词汇，我们将以指导性语言描述，并分点呈现（每个方法或步骤间换行）。 以下是详细步骤： 准备数据表，包含三列：第一列为log2 fold change（X值），第二列为p值，第三列为计算得到的-log10(p值)（Y值）。可选的第四列用于分组（根据fold change和p值判断上下调）。 创建XY散点图，选择第一列作为X，第三列作为Y。 调整坐标轴，设置X轴标题为“log2 fold change”，Y轴标题为“-log10(p-value)”。 添加参考线：在X轴的-1和1位置添加垂直线，在Y轴的1.3位置（或根据显著性水平设置）添加水平线。 根据分组列设置点的颜色：上调点（log2 fold change > 1且p值显著）设为红色，下调点（log2 fold change < -1且p值显著）设为绿色，不显著点设为灰色。 保存图表并进行美化调整（如图例、标题等）。 注意：在数据表中计算列时，公式的写法。例如，在第三列（即C列）的列方程中输入：`-log(ColB)`，其中ColB代表第二列（B列）。分组列的公式示例（假设分组列为D列）：`if(ColA>1 and ColC>1.3, 1, if(ColA<-1 and ColC>1.3, -1, 0))`。这里ColC是-log10(p值)，所以ColC>1.3相当于p<0.05。注意，Prism的公式语法中，逻辑与用`&&`，或`||`，非用`!`。因此，公式应写为：`if(ColA>1 && ColC>1.3, 1, if(ColA<-1 && ColC>1.3, -1, 0))`。另外，Prism的列方程中，列用ColA、ColB等表示。 由于Prism 8.0的公式语法可能略有不同，以下是一个分组列公式的示例（假设log2FC在A列，-log10(p)在C列，分组结果在D列）： 公式：`if(ColA>1 && ColC>1.3, 1, if(ColA<-1 && ColC>1.3, -1, 0))` 然后，在图表中设置按D列分组着色。 如果用户需要更详细的步骤，可以参考Prism官方教程或帮助文档。 根据以上步骤，用户应该能够在GraphPad Prism 8.0中制作火山图。 最后，按照要求添加相关问题部分。</think>### GraphPad Prism 8.0 制作火山图步骤 #### 1. **数据准备** - 创建包含三列的数据表： - **A列**：基因/蛋白名称（文本型） - **B列**：log2(Fold Change)（数值型） - **C列**：p值（数值型） - 添加第四列计算 `-log10(p值)`： - 右键点击列标题 → **Insert → New Column** - 在新列标题处输入公式：`-log(ColumnC)` - 公式自动计算 `-log10(p值)`（Prism 默认以10为底） #### 2. **创建基础图表** - 菜单栏点击 **Graphs → New Graph** - 选择图表类型：**XY → Scatter plot (points only)** - 数据分配： - **X轴**：选择B列（log2 Fold Change） - **Y轴**：选择D列（-log10(p值)） - 点击 **OK** 生成散点图 #### 3. **设置阈值线** - **垂直阈值线**（Fold Change 界限）： - 双击X轴 → **Additional Ticks and Grid Lines** - 添加位置：`-1` 和 `1`（或其他自定义值） - 勾选 **Show line at these positions** → 选择实线样式 - **水平阈值线**（显著性界限）： - 双击Y轴 → **Additional Ticks and Grid Lines** - 添加位置：`1.3`（对应 p=0.05，公式：`-log10(0.05)=1.3`） - 勾选 **Show line at these positions** → 选择虚线样式 #### 4. **按显著性着色** - 双击图表中的任意数据点 → **Format Graph** - 在 **Appearance** 选项卡： - 选择 **Color by a variable** → 指定条件列（需提前创建分组列） - **分组列创建方法**（示例公式）： ```text if(ColB > 1 && ColD > 1.3, "Up", if(ColB < -1 && ColD > 1.3, "Down", "NS")) ``` - `Up`（上调）：红色 - `Down`（下调）：蓝色 - `NS`（不显著）：灰色 #### 5. **标注关键点** - 右键点击图表 → **Add Text** - 手动输入基因名称或使用自动标注： - **Data Sets on Graph** → 勾选 **Label points** - 选择标注列（A列基因名） - 调整标签位置避免重叠：拖动文本框微调 #### 6. **美化图表** - **坐标轴标题**： - X轴：`log2(Fold Change)` - Y轴：`-log10(p-value)` - **图例**：双击图例 → 删除默认标题，重命名分组 - **主题模板**： - 顶部菜单 **Change → Graph Settings** - 选择 **Prism 8 Volcano Plot** 模板（如有）或自定义颜色/字体 --- ### 关键注意事项 - **p值处理**：若数据含`p=0`，公式 `-log(0)` 会返回错误，需替换为极小数（如 `1e-100`）。 - **分组公式**：需在数据表新建列，用条件语句定义上调/下调（示例公式见步骤4）。 - **导出格式**： - 菜单 **File → Export** → 选择 `.tif` 或 `.pdf`（期刊常用格式） - 分辨率 ≥ 300 DPI