安装clusterProfiler包

最新推荐文章于 2025-06-24 11:39:03 发布
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分类专栏： R语言 文章标签： r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_47068403/article/details/121055823
本文介绍了如何使用R语言的Bioconductor包管理工具BiocManager来安装和加载DOSE, topGO, clusterProfiler和pathview等生物信息学相关包，帮助进行基因表达数据分析和通路富集分析。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“DOSE”)
biocLite(“topGO”)
biocLite(“clusterProfiler”)
biocLite(“pathview”)

一、 bioconductor包安装

##将上面安装方法转为以下步骤安装R包
BiocManager::install(“DOSE”)
BiocManager::install(“topGO”)
BiocManager::install(“pathview”)
BiocManager::install(“clusterProfiler”)

安装完成加载即可。

library(DOSE)
library(pathview)
library(topGO)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

R4.2.1安装clusterProfiler
xq_ing的博客
09-15 2855
R4.2.1安装clusterProfiler
安装R语言clusterProfiler包，一言难尽的那些事
qq_25392465的博客
06-05 1152
安装R语言clusterProfiler包，各种包套包。有吐槽，有解决办法，等有时间，再给其优化优化成python包。
在 ubuntu22.04.2 上安装 R 包 clusterProfiler
m0_63679541的博客
09-27 1364
全部安装完成过后，在激活 R 虚环境的情况下直接命令行输入 jupyter notebook 即可自动在浏览器打开 jupyter notebook（如果无法自动跳转，复制给出的链接可在浏览器搜索打开）。听说 R 可以在 jupyter notebook 上使用，昨天在本地 ubuntu22.04 操作系统上创建了 R 的虚环境，安装了 jupyter notebook 和 R kernel。首先需要安装这个包， 就在这里卡壳了，浪费了一下午。提示要安装很多依赖包，有的能安上，有的就不行。
R语言安装clusterProfiler
2301_82025136的博客
02-24 1642
解决安装报错，手把手教学。
clusterProfiler安装
weixin_60876573的博客
02-10 2946
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.14") BiocManager::install("clusterProfiler")
【R-clusterProfiler包安装经验】
^_^
01-05 8794
前言 这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。 1.下载安装方法 首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。 在官网就有下载的介绍： Bioconductor-packages-clusterProfiler 也有很多关于这个包的介绍。 if
富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决
热门推荐
Tian問的博客
09-26 2万+
生信分析中富集分析是必不可少的，最常见是调用clusterProfiler包进行分析。clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。对于生信小白来说，错误很难解决。本文总结常见的报错。 clusterProfiler包的安装： R version 3.6以上版本： if (!requir...
在anaconda下安装clusterprofiler包
11-21
在Anaconda环境中安装`clusterProfiler`包通常通过Python的包管理器`conda`来完成。以下是安装步骤： 1. 首先，你需要打开终端或命令提示符，确保你已经激活了你的Anaconda环境。如果你还没有激活，可以输入以下...
conda中安装clusterProfiler包
04-22
可以通过以下命令在conda中安装clusterProfiler包： ``` conda install -c bioconda r-clusterprofiler ``` 请确保您已经添加了bioconda channel。如果未添加，请使用以下命令添加： ``` conda config --add ...
安装R语言clusterProfiler包，一言难尽的那些事 AnnotationDBi
06-04
安装R语言clusterProfiler包，一言难尽的那些事 ；这个是1.70的，我 的是1.68的，就说我版本不兼容，也是醉了
clusterProfiler:基因和基因簇的功能谱的统计分析和可视化
04-28
clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。 有关详细信息，请访问 。 :writing_hand: 作者 余光创 南方医科大学基础医学院 使用clusterProfiler时，请引用以下文章： 于庚，王L，韩Y和何Q * 。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。 OMICS：综合生物学杂志。 2012，16（5）：284-287。
clusterprofiler 包 安装 注意
weixin_40408680的博客
05-10 1万+
clusterprofiler包 安装注意事项 注意事项总结： 1、重装R。把目录不要设在Program File，不要有空格，不要有中文。 2、镜像选择 chooseBioCmirror() chooseCRANmirror() options(BioC_mirror=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor”) 3、有些依赖包手动下载...
R包clusterProfiler如何安装成功
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-26 1万+
里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。
Linux中安装clusterprofiler失败
Tiaoxiaobai的博客
05-25 464
在Linux中通过R安装clusterprofiler失败，报各种抓马错误，错误类型忘记截图了。于是换一种安装方式，通过conda安装。
clusterprofiler的安装问题
qq_56429571的博客
11-06 3110
C:\Users\ASER\AppData\Local\Temp\RtmpqQWI39\downloaded_packages’里。链接:https://pan.baidu.com/s/1pM1mY9RoogCogzDdnYy3Ww。In install.packages(...) : 安装程序包‘HPO.db’时退出狀態的值不是0。复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。通过百度网盘分享的文件：HPO.db_M…不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。
20240707clusterProfiler包安装包错解决
July_Forest的博客
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20240707clusterProfiler包安装包错解决
BiocManager::install(clusterProfiler) 报错找不到对象
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BiocManager::install(clusterProfiler) 报错找不到对象
2025.06.24【R语言】|clusterProfiler安装与常见报错FAQ全解
最新发布
06-24 935
本文介绍了clusterProfiler工具的安装方法及常见报错解决方案。安装可通过Bioconductor或Conda完成，需注意安装配套注释包。文中列举了10种常见报错，包括依赖包缺失、ID类型不匹配、物种不支持等问题，并给出具体解决方法。最后总结了GO/KEGG富集分析的标准流程，包括ID转换、富集分析和可视化步骤，为生物信息学分析提供实用参考。建议使用R≥4.2版本，并确保正确调用BiocManager进行安装。
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