linux 常用命令（整理了一部分，会一直更新）

置顶佛系盼毕业

已于 2022-11-12 17:10:10 修改

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文章标签： linux 服务器运维

于 2022-07-04 20:37:07 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51192038/article/details/125607964

本文介绍了Linux系统中常用的文件操作命令，包括复制、移动、删除等基本操作，以及查看文件大小、解压文件、查看压缩文件内容等高级技巧。此外还涵盖了如何进行salmon定量分析、查看服务器状态和进程管理等实用技能。

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1、复制和移动

复制：cp  文件名/数据名  -r  ./test  复制需要的文件/数据 到 test文件夹
移动： mv 文件名/数据名  指定文件夹

2、查看数据量大小及详细信息

ls -lh 可以查看数据量大小及详细信息

3、删除：

rm -f 文件所在位置   （慎用，因为linux没有回收站，-f代表强制删除）

4、解压：gunzip 文件名

批量解压：
	1）for((i=648;i<=660;i++)); do gunzip SRR11517${i}_trimmed.fastq.gz;done
	2）gunzip *.fastq.gz

解压tar.gz 文件的命令： tar  -zxvf tar.gz

解压cif.gz 格式的文件： gzip -d  *.cif.gz
压缩文件： gzip b.txt

5、

zcat 是查看压缩包.gz格式的命令
cat  是查看非压缩包（非.gz）格式的命令

6、提取gtf文件中geneid 和转录本id 两列数据对应关系：

cat Mus_musculus.GRCm38.102.gtf|awk '$3=="transcript" {print $o}'|awk -F '\t' '{print $9}'|cut -d';' -f 1,3 |sed -e 's/gene_id//g' -e's/transcript_id//g' -e 's/"//g' -e s'/;/\t/g' -e s'/^\s//g' > Bison_bison_bison.Bison_UMD1.0.97.gtf.gz_geneid_tranid_ly.txt

7、salmon 定量（quant）时：

1） salmon quant --help-reads   #帮助命令
2）定量
salmon 双末端
ls *gz|cut -d"_" -f 1|sort -u |while read id;do(salmon quant -i /data/gs/data/data1/rawdata3/single/filter-adapters/single-porechop/nanofilt/salmon/Mus_musculus.GRCm38.cds.1index -l ISF --gcBias -1  ${id}_1_val_1.fq.gz -2 ${id}_2_val_2.fq.gz -p 4 -o /data/gs/data/suppa/salmon_output/${id});done

单末端
ls *gz|cut -d"_" -f 1|sort -u |while read id;do(salmon quant -i /data/gs/data/data1/rawdata3/single/filter-adapters/single-porechop/nanofilt/salmon/Mus_musculus.GRCm38.cds.1index -l ISF --gcBias -r ./${id}_trimmed.fq.gz -o quants/${id}_output);done

8、查看linux 配置的镜像命令：

vim ~/.condarc

9、删除交换文件：

（当vim ~/.condarc的时候，出现问题时，删除交换文件即可）
rm .condarc.swp

10、vim打开一个文件时，如果内容很多，想在其中执行类似ctrl+f的功能命令为：

:?搜索内容  回车，n为选择下一个 #别忘记冒号

11、查看服务器上自己的数据站有多少空间命令为：

1）查看所在数据文件夹的占有空间：du -sh /data/gs
2）回到家目录，查看自己的家目录占有空间： du -sh

12、显示文件系统的磁盘使用情况命令：

df -h (-h是--human-readable 使用人类可读的格式)
下图表示data文件夹还有28T的空间可以使用

在这里插入图片描述

13、查看服务器正在运行的进程：

（1）查看自己正在运行的进程：**`ps -ux`**

（2）查看这台服务器所有人正在运行的进程： **`ps  -aux`**

14、通过ps、grep和kill批量杀死进程：

ps ux|grep hisat2|grep -v grep | awk '{print $2}'|xargs kill -9

# ps ux|grep hisat2|************* 这里面的hisat2 是指要杀死的进程命令

# 管道符”|”用来隔开两个命令，管道符左边命令的输出会作为管道符右边命令的输入。

# “ps -aux” 是linux里查看所有进程的命令。这时检索出的进程将作为下一条命令”grep server”的输入。

# awk的作用是输出某一列，{print $2}就是输出第二列，如上即是pid这一列。
# “xargs kill -9” 中的 xargs 命令是用来把前面命令的输出结果（PID）作为”kill -9″命令的参数，并执行该命令。
# ”kill -9″会强行杀掉指定进程。

ps -aux | grep jupyter  #a:显示所有程序 u:以用户为主的格式来显示 x:显示所有程序，不以终端机来区分
如果只想查看自己用户名下面的正在运行的jupyter命令：
ps -ux | grep jupyter