R4.2.1安装clusterProfiler

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.14") BiocManager::install("clusterProfiler")

解决安装报错，手把手教学。

前言 这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。 1.下载安装方法 首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。 在官网就有下载的介绍： Bioconductor-packages-clusterProfiler 也有很多关于这个包的介绍。 if

全部安装完成过后，在激活 R 虚环境的情况下直接命令行输入 jupyter notebook 即可自动在浏览器打开 jupyter notebook（如果无法自动跳转，复制给出的链接可在浏览器搜索打开）。听说 R 可以在 jupyter notebook 上使用，昨天在本地 ubuntu22.04 操作系统上创建了 R 的虚环境，安装了 jupyter notebook 和 R kernel。首先需要安装这个包， 就在这里卡壳了，浪费了一下午。提示要安装很多依赖包，有的能安上，有的就不行。

1、安装，加载所用到到R包 用BiocManager安装，可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图librar...

里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。

记录一下在安装clusterProfiler包过程中遇到的问题 安装环境：R 4.1.0 过程记录： 利用Bioconductor安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) 根据提示手动安装缺失的相关依赖包 加载成功之后利用(.p

source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“DOSE”) biocLite(“topGO”) biocLite(“clusterProfiler”) biocLite(“pathview”) 一、 bioconductor包安装 ##将上面安装方法转为以下步骤安装R包 BiocManager::install(“DOSE”) BiocManager::install(“topGO”) BiocManager::install(“pathvi

C:\Users\ASER\AppData\Local\Temp\RtmpqQWI39\downloaded_packages’里。链接:https://pan.baidu.com/s/1pM1mY9RoogCogzDdnYy3Ww。In install.packages(...) : 安装程序包‘HPO.db’时退出狀態的值不是0。复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。通过百度网盘分享的文件：HPO.db_M…不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。

在Linux中通过R安装clusterprofiler失败，报各种抓马错误，错误类型忘记截图了。于是换一种安装方式，通过conda安装。

生信分析中富集分析是必不可少的，最常见是调用clusterProfiler包进行分析。clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。对于生信小白来说，错误很难解决。本文总结常见的报错。 clusterProfiler包的安装： R version 3.6以上版本： if (!requir...

http://www.biotrainee.com/thread-632-1-1.html 1.做GO和KEGG：接下来就是clusterprofiler的函数：library(clusterProfiler)ego=enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = gene1,pvalueCutoff = 0.01,readable=TRUE)#一行代码完成GO富集，g...

本文介绍了clusterProfiler工具的安装方法及常见报错解决方案。安装可通过Bioconductor或Conda完成，需注意安装配套注释包。文中列举了10种常见报错，包括依赖包缺失、ID类型不匹配、物种不支持等问题，并给出具体解决方法。最后总结了GO/KEGG富集分析的标准流程，包括ID转换、富集分析和可视化步骤，为生物信息学分析提供实用参考。建议使用R≥4.2版本，并确保正确调用BiocManager进行安装。

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.11.tar.gz'‘C:\Users\l\AppData\Local\Temp\RtmpALJhVM\downloaded_packages’里。In install.packages(...) : 安装程序包‘GenomeInfoDbData’时退出狀態的值不是0。安装源码包‘GenomeInfoDbData’