2025.06.07【Ribo-seq】|RiboCode定量命令ORFcount结果输出为0的原因与解决方案

RiboCode定量命令ORFcount结果输出为0的原因与解决方案

作者：穆易青
适用对象：Ribo-seq数据分析初学者、RiboCode用户

S（Situation，情境）

在Ribo-seq数据分析中，RiboCode是常用的全基因组翻译ORF检测工具。很多同学在用RiboCode预测ORF后，想进一步用ORFcount命令对ORF进行定量分析，统计每个ORF上的RPF reads数。然而，实际操作中经常遇到一个令人困惑的问题：ORFcount输出的所有ORF定量结果都是0。

C（Complication，冲突）

为什么会出现这种情况？明明RiboCode已经预测出了ORF，且BAM文件也没有报错，为什么定量结果全是0？
这个问题困扰了不少初学者，甚至有经验的生信分析师也会偶尔踩坑。
如果不解决这个问题，后续的差异翻译分析、功能注释等都无法进行。

Q（Question，