2025.06.11【Ribo-seq】|根据注释文件获取外显子及ORF序列

一、准备材料

1. 基因组fasta（如：genome.fa）
2. RiboCode生成的GTF文件（如：ribocode.gtf，含ORF的exon注释）

二、提取外显子区间为BED文件

RiboCode的GTF文件每个ORF有多条exon记录。我们需要把这些exon条目提取出来，转为BED格式。

1. 提取GTF中exon为BED

这里我们使用RiboCode生成的GTF格式：

NC_000001.11    RiboCode    exon    17233   17310   .   -   .   orf_id "WASH7P_17310_16745_98"; ...

Python脚本示例：

# gtf_to_bed.py
with open(