2025.06.18【转录组】|Ribo-seq/small RNA数据分析：rRNA和smRNA比对率统计全流程

1. 前言

在Ribo-seq或small RNA测序数据分析中，rRNA和小RNA（smRNA，如tRNA、snRNA等）污染是影响下游分析准确性的主要因素之一。通过统计rRNA和smRNA的比对率，可以评估样品的纯度和实验质量。本文将详细介绍如何自动化统计rRNA/smRNA比对率，并生成可视化报告。

2. 分析原理

• rRNA/smRNA污染：高比例的rRNA/smRNA序列会占用测序资源，降低有效数据量。
• 比对率定义：rRNA/smRNA比对率 = 比对到rRNA/smRNA参考的reads数 / 总reads数 × 100%
• 分析流程：
  1. 用Bowtie2等工具将clean reads比对到rRNA/smRNA参考序列
  2. 统计比对结果，提取总reads数和比对reads数
  3. 计算比对率，输出汇总表格和可视化图

rRNA和smallRNA参考序列的数据来源

在进行rRNA和smallRNA污染过滤时，首先需要准备高质量的rRNA和smallRNA参考序列。常见的数据来源如下：