多个性状的曼哈顿图合并如何做？

育种数据分析之放飞自我

已于 2022-10-25 14:58:11 修改

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分类专栏： GWAS 文章标签： r语言

于 2022-10-24 19:32:23 首次发布

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本文介绍了如何使用CMplot包在R语言中绘制单个和多个性状的曼哈顿图。首先，通过示例数据展示了数据准备过程，然后详细解释了如何绘制单性状和多性状的曼哈顿图，包括设置阈值、合并图例以及去掉图例的方法。最后，讨论了这种可视化方法在比较不同环境或遗传相关性状研究中的应用价值。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

这里，我们用示例数据，介绍一下CMplot对多个性状进行曼哈顿图。

出图的示例：

1. 数据准备

这里用CMplot的示例数据，数据格式：

行头分别是：

SNP，SNP名称
Chromosome，染色体的名称
Position，物理位置
其它几列是不同性状的P值，比如这里分别是trait1，trait2，trait3三个性状的P值

这里，随机选择10000个位点，进行作图：

# 挑选10000个位点
library(tidyverse)
set.seed(123)
dd = pig60K %>% sample_n(10000)

2. 绘制单性状曼哈顿图

这里，选择前四列，第四列为trait1的P值。

阈值为0.05/SNP的个数。

CMplot(dd[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)))

3. 多个性状合并曼哈顿图

这里，将multracks = TRUE，设置一下，出两个图，一个是按照顺序叠加图，一个是同一个坐标下合并图。

CMplot(dd,plot.type="m", 
       threshold=c(0.05)/nrow(dd),
       multracks=TRUE, 
       file.output=TRUE)

叠加图：
三个性状的曼哈顿图，按照顺序进行了合并。最上面为trait1，中间为trait2，下面为trait3.

合并曼哈顿图：

三个性状的曼哈顿图合并到了一张图上，用不同的颜色表示。蓝色的为trait1，黄色的为trait2，紫色的为trait3

4. 去掉多性状曼哈顿图的图例

CMplot中没有专门去掉图例的参数，但是可以设置：trait.legend.ncol 去指定图例的位置，设置比较大时，图例就不显示在图片上了，比如：

CMplot(dd,plot.type="m", 
       threshold=c(0.05)/nrow(dd),
       multracks=TRUE, cir.legend = FALSE,
       trait.legend.ncol = 120,
       file.output=TRUE)

5. 应用场景介绍

同一个性状，在不同的环境中定位了GWAS显著性位点，想着曼哈顿图上看一下相关趋势，将不同环境的结果合并在一起，用不同的颜色表示，更直观。

多个性状，有遗传相关，通过合并曼哈顿图的形式，展示趋势，更直观。