使用TCGAbiolinks查询与下载TCGA数据

最新推荐文章于 2025-06-13 11:08:53 发布

Oliver-nana

最新推荐文章于 2025-06-13 11:08:53 发布

阅读量2.2k

点赞数 1

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏： R与生信文章标签： r语言生物学

本文链接：https://blog.csdn.net/zhangyingna667/article/details/105387300

本文介绍了如何利用R语言的TCGAbiolinks包来检索和获取TCGA项目的数据。通过两个教程链接，读者可以学习到具体的步骤和方法，包括数据的查询和下载过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#install package
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install

最低0.47元/天解锁文章

200万优质内容无限畅学

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

Oliver-nana

关注关注

1
点赞
踩
11

收藏

觉得还不错? 一键收藏
1
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

专栏目录

TCGA 数据下载

Dargon2的博客

05-20

1737

TCGA TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。数据下载肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。 xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。 https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用

dxs18459111694的博客

05-27

6910

前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。

1 条评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

TCGA_测序数据下载

weixin_59289660的博客

03-21

3074

R包加载 library("TCGAbiolinks") 一、数据下载 1GDCquery筛选数据 query <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.t.

TCGA数据集下载

m0_54998120的博客

05-06

292

下载两个数据，一个sample sheet，一个是mainfest（这个文件结合gdc来下载数据）linux食用方法工具下载好之后直接解压，在解压处输入指令即可开始下载。点击repository进入仓库，从左侧栏目中确定筛选条件。打开工具，导入mainfest文件，即可开始下载。-d out_directory用于指定输出文件。进入tcga官网时，不要用网页翻译，会出错。进入官网，点击感兴趣的组织部位。将选择的数据加入到购物车。点击CART进入下载页面。

从TCGA下载数据集

weixin_66309610的博客

10-24

1943

2.下载专用下载工具（1.从tcga官网（

TCGA学习篇——数据下载

aagk6406的博客

04-25

2392

下载TCGA的方法比较多，这里采用GDC下载数据。步骤一：进入官网：https://portal.gdc.cancer.gov/ 　　　　步骤二：点击Repository 　　　　第三步：点击Files或Case 　　Case主要包括：Primary　site（肿瘤起始位置，原位癌）、Program（数据来源）、Project（）、Disease　Type（疾病类型）、...

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 临床数据下载

dxs18459111694的博客

05-27

3135

患者与临床信息是一对多的关系，即一个患者可能会接受多次化疗，因此，只能对单个表进行解析，使用。使用下面的代码可以获取所有 TCGA 项目的临床数据。还提供了一些用于查询、下载和解析临床数据的函数，查看具体包含的临床信息，有药物、随访、化疗等信息。由于这两个患者没有放疗信息，返回了。还有一些函数用过筛选临床样本，例如。我觉得还是直接从一些数据库中（如。），下载整理好的临床数据即可。如果我们想获取乳腺癌患者的。还可以获取其他临床信息，如。查看所包含的所有信息种类。获取其他项目的临床信息。

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 数据分析

dxs18459111694的博客

05-28

1959

前面，我们介绍了如何获取TCGA的各种数据。在获取到数据之后，我们就可以进行数据分析及分析结果的可视化了也提供了一些列的函数，通过封装一些常用的算法来简化分析的流程。例如差异基因、富集分析、生存分析等先导入依赖包。

使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

庐州月光的博客

06-16

1461

欢迎关注”生信修炼手册”!TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包，通过GDC API来查询和下载TCGA的数据，同时提供了差异分析，生存分析，富集分析等常见的分析功能，...

tcga数据下载_使用R下载TCGA数据

weixin_39795419的博客

11-19

1483

除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。注: 它下载数据成功率非常低，官方API中也未推荐，所以这也是我没用它的原因，但是做出的分析结果相当丰富01 TCGAbiolinks 安装与加载运行如下命令即可if (!requireNa...

TCGA数据下载及全流程分析（更新中）

01-20

一、GDCRNATools包下载首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

weixin_49320263的博客

08-12

4687

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

R语言TCGA数据下载及处理biolinks包的学习与使用（一）数据下载

最新发布

wwy

06-13

345

点击DGC Apps，选择Data Transfer Tool ，下载对应工具，解压，并导入已下载的数据文件，使用./gdc-client download -m gdc_*****.txt -d out_directory 其中，-d out_directory用于指定输出文件即可开始下载数据。可以将筛选出的数据加入到Cart中，点击Manifest，下载准备要下载的数据文件。如果已有队列，点击文件夹查找自己的队列，1.登录TCGA数据库网站。

TCGA_临床数据下载_全面数据

weixin_59289660的博客

07-19

5605

获取全面的TCGA临床数据，以及补充生存分析信息

TCGA数据库ceRNA网络构建（一）数据下载

weixin_43949246的博客

06-29

3242

TCGA数据下载有很多方式，比如说使用生信人小工具下载，比如说使用R语言下载等等，但是在这里我想说的如何使用TCGA官网下载数据。（在官网下载数据的一大优势在哪里呢？这里我不做过多的解释）首先，先进入TCGA官网 https://portal.gdc.cancer.gov/ 首先下载在官网下载所需要的小工具根据自己的电脑选择合适的版本，返回上一层，进入Repository，打开后类似于这样...

TCGA数据集解读和数据下载

sxl的博客

04-28

1236

表达量矩阵的基因的id的注释信息->encode.v22.annotation.gene.probeMap。从参考文献【2】下载数据。

使用TCGAbiolinks批量下载最新版TCGA数据库的各种组学数据!

01-21

### 使用 TCGAbiolinks 批量下载最新版 TCGA 数据库中的各种组学数据 TCGAbiolinks 是一个用于访问 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据的 R 包，提供了一种高效的方式来进行批量下载。为了完成这一任务，首先需要安装并加载 `TCGAbiolinks` 和其他必要的依赖项。 #### 安装和加载所需的R包 ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks") library(TCGAbiolinks) ``` #### 设置查询参数定义要检索的数据集的具体条件，比如癌症类型、平台名称等。这里以乳腺浸润癌（BRCA）为例： ```r query <- GDCquery( project = "TCGA-BRCA", data.category = c("Transcriptome Profiling"), workflow.type = "HTSeq - Counts" ) ``` 上述命令指定了项目为 TCGA 中的 BRCA 类型，并选择了转录组谱型作为感兴趣的数据类别，具体到 HTSeq 计数的工作流类型[^1]。 #### 下载文件清单执行实际的查询操作来获取符合条件的数据列表： ```r GDCdownload(query) ``` 这一步骤会根据之前设定好的查询对象自动处理下载过程，确保获得最新的版本信息。对于不同类型的组学数据，可以通过调整 `data.category` 参数以及其他过滤选项来适应需求。例如，如果想要获取 DNA 甲基化数据，则可以修改如下所示： ```r methylation_query <- GDCquery( project = "TCGA-BRCA", data.category = "DNA Methylation", platform = "Illumina HumanMethylation450" ) GDCdownload(methylation_query) ``` 通过这种方式，可以根据研究目的灵活定制所需的数据集合。