生信文献学习(part1)--PRECISE: a ... approach to transfer predictors of drug response from pre-clinical ...

PRECISE是一个用于药物反应预测的领域适应方法,旨在从预临床模型(细胞系和PDXs)到人类肿瘤转移预测器。研究发现,尽管存在差异,但细胞系、PDXs和人类肿瘤之间存在共同的特征和过程。PRECISE通过线性降维和几何匹配找到共享的特征空间,训练的预测器在临床前模型上的性能略有下降,但在人体肿瘤上能够可靠地恢复已知的生物标志物和药物关联。

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学习笔记,仅供参考,有错必纠
Journal:Bioinformatics
Year:2019
Authors:Soufiane Mourragui, Marco Loog, Lodewyk F. A. Wessels



PRECISE: a domain adaptation approach to transfer predictors of drug response from pre-clinical models to tumors

Abstract

Motivation: 细胞系和病人衍生的异种移植(PDXs)已被广泛用于了解癌症的分子基础. 虽然核心生物过程通常是保守的,但这些模型与人类肿瘤相比也显示出重要的差异,阻碍了从临床前模型到人类环境的结果转化. 特别是,利用从pre- clinical模型获得的数据生成的药物反应预测器来预测病人的反应仍然是一项具有挑战性的任务. 由于已经为pre- clinical模型收集了大量的药物反应数据集,而病人的药物反应数据往往缺乏,因此迫切需要一种方法,将药物反应预测器从pre- clinical模型有效地转移到人体环境.

Results: 我们展示了,细胞系和PDX

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