百度翻译源码java-NoteBook:笔记本

百度翻译源码java 一、根据分子标记建ML树的流程 1.确定外群（outgroup） 2.确定分子标记(此例为cox1) 3.根据物种accession列，生成t.info文件（accession number和物种名用Tab键格开） 4.根据t.info文件下载（包括outgroup物种）和目标物种cds多序列文件 软件及安装： 1.asn2all:下载核苷酸，氨基酸，genbank文件 sudo apt install ncbi-tools-bin 2.python:pythonIO sudo apt install python 3.R:分析与作图 sudo apt install r-base 4.muscle:序列比对 java环境，不要安装最新的10版本，很多软件无法支持 apt install muscle 5.samtools:sqn文件转核苷酸序列，氨基酸序列，生成bam.bai文件 apt install samtools 6.blastn:本地序列比对 7.fastqc 8.seqtk:取子序列，如从fasta文件中取出对应id的序列，或者前10条序列 9.aw