UKbiobank中GWAS数据下载链接_gwascatalog数据库下载资源-CSDN下载

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launch-ukbb-gwas:在UKBB中运行GWAS

启动ukbb-gwas 在UKBB上的远程节点上运行GWAS 默认值等级归一化定量结果 QuantOutcomeRankNorm =假提取无关的人 doExtractUnrel = FALSE 最小等位基因计数以过滤最终结果并绘制图 minmac = 3 最小等位基因频率以过滤最终结果并绘制图 minmaf = 0 在bgen文件中运行关联测试时，最小插补得分可过滤变体 mininfo =

UK_Biobank_GWAS:2017年英国生物库数据发布的数据质量控制，代码和GWAS摘要输出概述

V3摘要统计信息从上一轮GWAS的（N = 337199），目录更新通过重新发布UK Biobank基因型估算（我们称其为impulated-v3），我们为遗传学界生成了一套更新的GWAS摘要统计信息。应用UKB31063和addtl增加了表型的数量。自定义策展表型（请参阅估算的v3表型）更自由地包含样本（请参阅估算的v3样本质量控制）包含更多SNP（请参阅估算的v3变体质量

gwasglue：将GWAS数据链接到R中的分析工具

瓜斯胶正在开发中此R程序包充当可以读取或查询GWAS摘要数据的程序包与可以分析GWAS摘要数据的程序包之间的管道。它位于GWAS数据和分析的一般生态系统中：上图描述了我们计划连接的一组软件包。以下是已完成和尚待执行的操作的列表：数据源精细映射 - -待办事项共定位 -TODO -TODO 待办事项孟德尔随机 -TwoSampleMR的端口来自TwoSampleM

生物信息学数据分析 GWAS

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trud:用于自动从UK TRUD下载的工具（技术参考数据更新分发）

特鲁德 Clojure库可以自动执行UK TRUD（技术参考数据更新分发）的下载。介绍英国的参考数据来源是TRUD。但是，直到25/1/2021，用户需要从Web门户手动下载分发文件。 NHS Digital用于提供ftp服务器。 NHS Digital现在已经发布了一个API，该API提供有关每个参考数据版本的元数据，以及指向分发文件本身的链接。入门 1.获取TRUD API密钥，并订

ukbwranglr:用于英国生物库数据处理的R软件包

原始UK Biobank表型文件中的某些列可以通过人类可读的标签加载到R中：原始数据外观： #> eid 31-0.0 34-0.0 21000-0.0 20002-0.0 21001-0.0 #> 1: fake1 0 1952 NA 1665 20.1115 #> 2: fake2 0 1946 4001 1383 ...

plink的GWAS数据处理作业流程.docx

plink的GWAS数据处理作业流程 plink是一款广泛应用于GWAS（genome-wide association study，genome-wide association study）数据处理的软件工具。它提供了强大的数据处理功能，包括数据管理、格式转换、数据过滤、...

SGUL_UK_Lipoedema_GWAS:用于英国Lipoedema GWAS的脚本

SGUL_UK_Lipoedema_GWAS 用于分析UK Lipoedema GWAS的脚本发现研究：用于分析148个脂溢水患者与5000多个不明社会对照的GWAS数据的脚本复制研究：在英国基因组学研究环境中用于在27个GEL组份和10,000+个对照中复制...

Python库 | ukbiobank_tools-1.0.5-py3-none-any.whl

5星 · 资源好评率100%

1. 数据下载：提供了接口来安全地下载UK Biobank提供的数据，遵循数据共享协议和隐私保护规定。 2. 数据预处理：对原始数据进行清洗、转换和标准化，使其适合进一步的分析。这可能包括处理缺失值、异常值，以及将非...

BioInfoSummer2010_GWAS_tutorial.pdf

- **PLINK**：一款广泛使用的GWAS数据分析软件包，支持多种统计测试和数据处理任务。 - **Haploview**：一款图形化工具，用于查看和分析基因组中的单倍型结构，与PLINK协同工作可以更直观地展示数据。 #### 四、...

SAS Proc Mixed过程进行GWAS分析示例kinship数据

在遗传学和统计学交叉的研究领域中，全基因组关联研究（GWAS）是一种广泛应用于分析基因组数据的方法，用以确定遗传变异与特定疾病或其他复杂性状之间的关联。近年来，SAS软件作为一个强大的统计分析工具，在生物...

用于 GWAS 结果可视化的曼哈顿图：用于在 MATLAB 中直接从来自 PLINK、BOLT-LMM 或 SAIGE 的 GWAS 统计数据的文本文件绘制曼哈顿图的函数-matlab开发

对于输出文件大小可以达到几 GB 的估算数据上的非常大的 GWAS，我建议在将文件传递到 ManhattanPlot 之前删除 p>0.1 或 0.01 的 SNP。此函数对于使用来自 MATLAB 背景的 GWAS 数据的生物信息学家很有用。参数 '...

MDR.zip_MDR_gwas

MDR方法在GWAS中的应用可能涉及到将基因变异数据与临床表型相结合，通过构建复杂的模型来探索基因与疾病之间的复杂相互作用。在数据挖掘中，分类算法是一种预测模型，如决策树、随机森林、支持向量机等，它们用于...

TASSEL GWAS分析用的

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rtm-gwas-开源

RTM-GWAS是一款专为种质种群和植物育种研究设计的创新性基因组关联分析（Genome-Wide Association Studies，简称GWAS）工具。这款软件是开源的，这意味着它的源代码对公众开放，允许研究者进行自定义、改进和共享。...

GWAS分析软件GAPIT使用说明

这款软件采用了一系列先进的统计方法，包括线性模型、广义线性模型和随机森林等，适用于处理单核苷酸多态性（SNP）和互补DNA（cDNA）等多种基因型数据。 ### 功能特性 1. **统计分析**：GAPIT提供了一整套统计方法...

用于孟德尔随机化分析的R包TwoSampleMR

7. **集成其他资源**：TwoSampleMR可以与多个数据库接口，如NHGRI-EBI GWAS Catalog、UK Biobank、GWAS Atlas等，方便获取最新的遗传关联数据。总的来说，TwoSampleMR R包是进行孟德尔随机化分析的强大工具，它...

ieugwasr:与IEU GWAS数据库API的R接口

在R中针对完整的GWAS摘要数据的海量数据库执行快速查询包含10,000多个经过整理，QC和统一的完整GWAS摘要数据集，可以使用API进行查询。有关API本身的文档，请参见。这个R包是对API进行通用调用的包装器，...

gwas-vcf-performance:GWAS摘要统计信息的VCF和纯文本存储格式之间的比较

VCF与纯文本GWAS存储格式以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计...对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询单样本-2.5M 单

gwas2vcfweb:gwas2vcf的Web界面

Web界面Web界面，用于将GWAS摘要数据处理为VCF格式安装 # get sourcegit clone --recurse-submodules git@github....

LocusFocus:简单求和方法在测试GWAS与任何其他SNP级别数据（例如eQTL数据）的共定位中的应用

焦点使用GTEx的eQTL协会结果探索GWAS结果该Web应用程序将通过与整合到单个交互式图中，并通过应用进行可视化，使GWAS结果的探索和注释能够评估哪些基因和组织是GWAS信号最可能的候选者。结果显示在热图上。此外，...

GWAS_Catalog_Pipeline:目标

GWAS目录管道 COMP383 / 483第8组-Geraldine San Ramon，Zain Anwar，Jessie Chen 运行之前可能需要安装的软件包 R脚本包含将安装软件包的代码，但是以防万一，您可能还需要事先安装它。 R：gwasrapidd（），...

gwas

从上面的Google Drive文件夹中下载comorment_ref.tar.gz文件，使用tar -xzvf comorment_ref.tar.gz命令将其tar -xzvf comorment_ref.tar.gz ，然后创建一个环境变量COMORMENT_REF指向包含提取的comorment_ref.tar.gz...

Python库 | combinatorial_gwas-0.2.0.tar.gz

在传统的GWAS中，通常关注的是单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）与表型之间的单对一关系，但`combinatorial_gwas-0.2.0`允许研究人员探索SNP之间的相互作用，这在理解某些疾病的遗传机制时至关...

introduction_to_gwas:“ GWAS简介”课程的材料

preparatory_steps：下载并准备数据预处理：过滤数据插补：插补缺失的基因型 gwas：运行GWAS模型 power_and_significance：设计GWAS实验步骤：确定GWAS研究中涉及的各个步骤管道：将各个步骤组装到GWAS的生物...

gwas:GWAS 的一些有用代码

GWAS 的一些（希望有用）代码。主要设计用于与 OXSTATGEN 套件配合使用。要求：python、numpy、scipy 文件在一些 PLINK 二进制数据上计算实现的相关矩阵。有关详细信息，请参阅本文的方法部分： Usage: ...