RNA-seq

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: RNA-Seq-Analysis 这个“RNA-Seq-Analysis”项目显然是一个专门针对RNA-Seq数据分析的资源库，它包含了作者经常使用的工具和脚本。在这个项目中，我们可以期待找到一系列用于处理、分析和解释RNA测序数据的步骤。 RNA-Seq的基本流程...
评级：0 浏览量：362 收藏量：0 资源大小：248KB 上传时间：2021-04-17

: RNA-seq数据分析实用方法(2015) ### RNA-seq数据分析实用方法(2015)——概览与核心知识点 #### 核心知识点概述《RNA-seq数据分析实用方法》是一本针对RNA-seq技术的数据分析指南，该书涵盖了从数据获取、预处理到生物信息学分析等各个环节的方法...
评级：4 浏览量：4334 收藏量：9 资源大小：10.19MB 上传时间：2018-10-11

: scRNA-Seq_papers:来自我们阅读小组的单细胞 RNA-Seq 论文列表到目前为止，这是一些单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 论文的非详尽列表。粗体的论文是我稍微偏向于覆盖的论文。这些论文包括分析方法、协议、评论和应用。论文列表 2015年 2014年使用单细胞 RNA-seq 重建远端肺...
评级：0 浏览量：558 收藏量：1 资源大小：2KB 上传时间：2021-06-03

: trinityrnaseq:Trinity RNA-Seq de novo转录组组装 ** Trinity RNA-Seq de novo 转录组组装** Trinity RNA-Seq 是一种用于 de novo 转录组组装的流行工具，尤其在非模式生物的研究中被广泛应用。它由Grabherr等人于2011年开发，旨在解决从RNA测序数据中构建基因表达...
评级：5 浏览量：1188 收藏量：0 资源大小：19.61MB 上传时间：2021-04-06

: RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip RNA-seq数据分析是一种广泛应用于生命科学研究的技术，它通过高通量测序来研究细胞或组织中的转录组信息。在本资源"RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip"中，包含了一个PDF文档，该文档详细介绍了如何...
评级：0 浏览量：802 收藏量：0 资源大小：10.99MB 上传时间：2020-03-28

: eFP-Seq_Browser:一种RNA-Seq数据探索工具，可根据其RPKM表达水平显示目标基因的阅读图谱以及彩色的“电子... eFP-Seq-浏览器eFP-Seq浏览器是一种RNA-Seq数据探索工具，可显示感兴趣的基因的阅读图谱以及“电子荧光象形”（eFP）图像。如果随SAM / BAM（及其索引文件）一起提供，此网络工具还可以生成新的数据集，以可视化...
评级：0 浏览量：810 收藏量：0 资源大小：33.35MB 上传时间：2021-05-03

: TCGA的RNA-seq数据id转换在TCGA项目中，RNA测序（RNA-seq）是了解基因表达水平、发现新型转录本、发现新基因以及理解癌症生物学过程的关键技术。RNA-seq产生的是基于ENSEMBL RNA ID的基因表达数据，但在数据分析和解读过程中，通常需要将...
评级：0 浏览量：3024 收藏量：4 资源大小：405KB 上传时间：2019-04-12

: RNA-Seq-Simulator:RNA-Seq 短读长的真实模拟-开源一套 Python 程序，用于生成具有高度真实性的模拟 Illumina RNA-Seq 读数。读取的起始位置以及读取错误和质量代码的分布都是从真实的 RNA-Seq 数据集凭经验得出的。该套件包括 Python 脚本，用于准备经验读取创建...
评级：0 浏览量：502 收藏量：0 资源大小：9.38MB 上传时间：2021-07-19

: hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源 hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析，在Snakemake管道管理系统中制定。它从fastq文件开始，结合最先进的软件，将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。第一...
评级：0 浏览量：395 收藏量：0 资源大小：13.43MB 上传时间：2021-06-28

: rnaseq:RNA-seq分析 RNA-seq管线设置在raw运行中，先执行./fetch_data.sh ，然后执行./create_index.sh 。在src运行./fetch_binaries.sh （需要的MacOS或Linux）， ./setup_samtools.sh和./setup_rsem.sh （需要各种库编译）。 ...
评级：0 浏览量：981 收藏量：2 资源大小：5.37MB 上传时间：2021-04-28

: RSCS:RNA-seq和小RNA-seq组合策略 RNA-seq和小RNA-seq（small RNA-seq）是现代生物信息学中两种重要的高通量测序技术。RNA-seq主要用于全面分析细胞或组织中的转录本表达水平，揭示基因表达谱；而小RNA-seq则专注于研究20-30个核苷酸长度的非编码小...
评级：0 浏览量：495 收藏量：0 资源大小：12KB 上传时间：2021-04-02

: rna-seq-pipeline 编码RNA-seq管道概述这是ENCODE-DCC RNA测序管道。流水线的范围是对齐读取，生成信号轨迹以及量化基因和同工型。安装安装说明如何如何指导输入管道描述输出值管道说明参考参考
评级：0 浏览量：178 收藏量：0 资源大小：254.41MB 上传时间：2021-05-08

: scLRTC：scLRTC：通过低秩张量完成输入单细胞RNA-seq数据 scLRTC：通过低秩张量完成对单细胞RNA-seq数据的估算演示版如果您想运行我们提供的演示。步骤1.下载源代码并解压缩MATLAB包。在MATLAB中将当前目录更改为包含脚本的文件夹。步骤2.打开demo.m，然后单击运行按钮...
评级：0 浏览量：156 收藏量：0 资源大小：1.76MB 上传时间：2021-02-09

: RNA-seq Data Analysis RNA-seq（RNA测序）是一种高通量测序技术，它允许研究人员分析整个转录组。通过RNA-seq，我们可以鉴定和量化样本中所有转录本的信息，包括已知和未知的基因，以及它们的变异、可变剪接和其他表达模式。RNA-seq数据的...
评级：0 浏览量：796 收藏量：0 资源大小：13.05MB 上传时间：2019-02-25

: celltypes：用于反卷积RNA-seq的项目文件 RNA-seq技术是一种广泛应用的高通量测序方法，它能够揭示细胞内的转录本表达情况，从而深入了解基因表达模式和调控机制。在生物信息学领域，反卷积RNA-seq（Deconvolution of RNA-seq）是分析混合细胞样本的一种重要...
评级：0 浏览量：238 收藏量：0 资源大小：6.09MB 上传时间：2021-03-04

: 使用基于模型的框架从RNA-seq数据中定量环状RNA表达本文研究了如何使用基于模型的框架来从RNA序列数据（RNA-seq）中定量分析环状RNA（circRNAs）的表达。RNA-seq是一种高通量测序技术，能够描绘出细胞中RNA分子的全景图，是研究基因表达的重要工具。在此基础上，研究...
评级：0 浏览量：123 收藏量：0 资源大小：552KB 上传时间：2021-03-12

: RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道 rnaSeqPipelineGLBRC.py 目的： Implementation of the Gasch lab RNA-Seq pipeline.输入： A text file with RNA-Seq fastq files to be processed.请使用专用目录来运行管道。创建您的目录并将您的 fastq 文件...
评级：2 浏览量：559 收藏量：0 资源大小：11KB 上传时间：2021-06-06

: 通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态 ### 通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态 #### 背景与意义转录因子（Transcription Factors, TFs）和组蛋白修饰（Histone Modifications, HMs）在基因表达调控中扮演着...
评级：5 浏览量：1223 收藏量：0 资源大小：2.19MB 上传时间：2021-03-07

: 鲑鱼：使用选择性比对，可从RNA-seq读取物中进行高精度且快速的转录本水平定量有关更多信息，请在最新修订的预印本查看我们的广泛基准测试，以比较不同的比对方法及其在RNA-seq定量方面的性能。请使用该的逐步指南，了解如何有效地索引参考转录组和基因组，以进行基于准确的双端核糖核酸的RNA...
评级：0 浏览量：266 收藏量：0 资源大小：7.22MB 上传时间：2021-03-03

: Bulk_and_singlecell_RNA-seq_pipeline:RT实验室癌症表观遗传学大量RNA序列批量RNA-seq和单细胞RNA-seq是两种互补的方法，广泛应用于癌症表观遗传学的研究。本文将深入探讨这两种技术及其在RT实验室中的应用。批量RNA-seq是对大量细胞混合样本的测序，它可以揭示整体细胞群体的平均基因...
评级：0 浏览量：228 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-03-11

: sciPath:通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类内容描述我们设计了一个框架（sciPath），以通过整合途径来研究现有单细胞聚类的准确性和鲁棒性，包括10种最新的单细胞聚类方法和4种途径数据库，途径整合方法和一套完整的评估...
评级：0 浏览量：226 收藏量：1 资源大小：23.76MB 上传时间：2021-03-26

: RNASeq_pipeline:用于 RNA-Seq 数据处理的脚本集用于 RNA-Seq 数据处理的脚本集，特别是差异表达分析要求R 包和软件： R >= 3.1.2，使用 /cluster/project8/vyp/vincent/Software/R-3.1.2/bin/RDESeq >= 1.18 DEXSeq >= 1.10.8 BiocParallel >= 1.0.1 DEXSeq安装...
评级：0 浏览量：504 收藏量：1 资源大小：28KB 上传时间：2021-06-28

: kallisto:接近最佳的RNA-Seq定量在具有标准RNA-Seq数据的基准测试中， kallisto可以在Mac台式计算机上不到3分钟的时间内，仅使用读取序列和本身需要10分钟即可完成的转录组索引，就可以定量分析3000万个人的大量RNA-seq读数。读数的伪比对保留了...
评级：0 浏览量：466 收藏量：1 资源大小：2.71MB 上传时间：2021-04-28

: RNAseq_ChIPseq_course:使用PAF1 Cell 2015进行RNA-seq和ChIP-seq数据分析简介 RNA-seq和ChIP-seq数据分析：课程资料数据和会话设置资料呈现会话设置序列，注释和索引基因组序列（fasta）注释（GTF文件）： STAR指数 Bowtie2指数笔录序列原始数据（读取） RNA序列原始读取-质量控制-...
评级：0 浏览量：256 收藏量：0 资源大小：7.97MB 上传时间：2021-05-09

: BlackOPs: RNA-Seq Variant Blacklist Tool:黑行动-开源该页面包含必要的软件，用于表征RNA-Seq读段的可定位性，并创建错配读段的基因组位置的“黑名单”。此黑名单可用于过滤来自变体或RNA编辑调用的潜在误报。 CR Cabanski等人在“ BlackOPs：通过可映射性过滤提高变异...
评级：0 浏览量：114 收藏量：0 资源大小：10.03MB 上传时间：2021-05-27

: spladder:用于检测和定量RNA-Seq数据中可变剪接事件的工具本自述文件介绍了SplAdder软件，它是Splicing Adder的缩写，SplAdder是基于RNA-Seq比对数据进行选择性剪接分析的工具箱。简而言之，该软件以标准格式获取给定的批注和RNA-Seq读取比对，将批注转换为剪接图表示形式...
评级：0 浏览量：529 收藏量：1 资源大小：5.11MB 上传时间：2021-05-16

: 论文研究 - RNA-Seq和散装分离基因分析与高生长的相关基因我们通过在转录组水平上开发多态性分子标记，将mRNA测序（RNA-Seq）与大量分离子分析（BSA）结合起来，精细绘制重要的农艺性状基因。在这项研究中，对银杏半同胞家族的高生长（GD）和低生长（BD）样品进行了转录组...
评级：0 浏览量：284 收藏量：0 资源大小：3.97MB 上传时间：2020-05-23

: matlab集成c代码-RNA-seq:RNA序列 Matlab集成的c代码RNA序列工具出版年份特色功能程式语言包经理所需的专业知识软件网址类型 1.旨在托管源代码的Web服务 2.其他（例如个人和/或大学网络服务）一种。数据质量控制 iSeqQC 2020年基于表达式...
评级：0 浏览量：165 收藏量：0 资源大小：3.71MB 上传时间：2021-05-22

: RNA-seq、FPKM和Cuffdiff RNA-seq即转录组测序技术，是将细胞内mRNA，nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术，RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。 RNA-seq的主要步骤如下：分离RNA...
评级：0 浏览量：1266 收藏量：0 资源大小：439KB 上传时间：2021-01-06

: 文献研究：基于单细胞RNA-seq与批量RNA-seq数据的肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）特征解析与风险特征... 文献研究：基于单细胞RNA-seq与批量RNA-seq数据的肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）特征解析与风险特征构建实例研究,文献复现：基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据构建肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）风险...
评级：0 浏览量：52 收藏量：0 资源大小：543KB 上传时间：2025-02-13

: SOAPfuse:一种从双端 RNA-Seq 数据中识别融合转录本的工具-开源 SOAPfuse 是一种开源工具，开发用于从双端 RNA-Seq 数据中全基因组检测融合转录本。与之前发布的工具相比，SOAPfuse 具有良好的性能。它是用 perl 开发的，只能在 linux 操作系统上使用。运行整个分析需要大约 8G...
评级：0 浏览量：201 收藏量：0 资源大小：40.84MB 上传时间：2021-06-28

: sashimiplot:一个JBrowse插件，用于根据RNA-seq数据创建生鱼片或接合点样式图具有将RNA-seq BAM文件转换为内含子支持覆盖率功能的商店类，添加菜单选项的轨道类型以及绘制弧线的特征字形。追踪选项 style-> color-返回颜色字符串的颜色字符串（RGB，HSL，十六进制）或回调函数。对于正链，...
评级：0 浏览量：455 收藏量：0 资源大小：423KB 上传时间：2021-05-12

: RNA-seq转录组近十年技术发展和分析流程综述 RNA测序技术，或称RNA-seq技术，是现代转录组学研究的重要工具，自其诞生以来已经经历了近十年的技术进步和分析流程的演变。RNA-seq技术的主要优势在于其高通量、高灵敏度以及能够全面覆盖转录本的特性，包括那些...
评级：0 浏览量：139 收藏量：0 资源大小：10.45MB 上传时间：2024-09-20

: 重金属镉胁迫水生动物的毒性效应研究现状及RNA-seq在环境毒理学中的应用重金属镉胁迫水生动物的毒性效应研究现状及RNA-seq在环境毒理学中的应用，孙敏，刘洋，水环境重金属污染的严重现状给水生动物和人类的生存、健康及生态环境的安全带来极大的威胁。镉是具极强毒性的蓄积性环境污染物...
评级：0 浏览量：188 收藏量：0 资源大小：214KB 上传时间：2019-12-26

: Tornado-seq-protocol：用于分析目标RNA-seq原始数据的自定义代码【Tornado-seq-protocol】是一种专门用于处理和分析目标RNA-seq（即RNA测序）原始数据的自定义代码库。RNA-seq是生物信息学领域中的一个重要技术，它通过高通量测序来获取细胞或组织的转录本信息，从而揭示基因表达...
评级：0 浏览量：168 收藏量：0 资源大小：33KB 上传时间：2021-02-28

: EPIG-Seq:从 RNA-Seq 中提取模式和识别共表达基因-开源 RNA-Seq技术是一种广泛应用的分子生物学方法，用于研究细胞或组织中的基因表达情况。通过高通量测序，我们可以获取大量的转录本序列数据，从而分析基因表达水平、转录剪接变异以及非编码RNA的功能等。在生物信息学...
评级：0 浏览量：144 收藏量：0 资源大小：13.97MB 上传时间：2021-07-01

: RNA -seq Intro ### RNA-seq 入门详解 #### 一、引言 RNA-seq 技术作为新一代测序技术（Next Generation Sequencing, NGS）的重要组成部分，近年来在基因表达分析领域得到了广泛应用。它不仅可以用于定量基因表达水平，还能帮助...
评级：0 浏览量：296 收藏量：1 资源大小：3.5MB 上传时间：2015-04-21

: rna-seq-vae：使用变分自动编码器生成合成基因表达数据 GTEx数据集（V8）的条件变量自动编码器该项目旨在使用生成模型生成合成基因表达数据。我们首先研究数据的3D表示形式以及可能要依据的变量，以便有效地分离分布。当前模型以组织为条件。组织着色的GTEx数据集...
评级：0 浏览量：623 收藏量：2 资源大小：1.65MB 上传时间：2021-02-26

: circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据 RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-...
评级：5 浏览量：1556 收藏量：1 资源大小：990KB 上传时间：2021-03-11

: SARTools：RNA-Seq工具的统计分析 RNA-Seq技术是一种广泛应用的高通量测序方法，用于研究细胞或组织中的转录组。SARTools（Statistical Analysis for RNA-Seq Tools）是一个专门针对RNA-Seq数据进行统计分析的工具集，旨在帮助生物信息学家和研究人员...
评级：0 浏览量：320 收藏量：0 资源大小：1.37MB 上传时间：2021-02-05

: brainmapr:R包通过将单细胞RNA-seq数据与来自Allen发育中小鼠大脑图集的原位RNA模式整合来推断发育中小鼠... 我们通过将单细胞RNA-seq数据与原位RNA模式整合在一起，开发了brainmapr来推断发育中的小鼠脑内神经祖细胞亚群的空间位置。首先使用单细胞RNA-seq数据鉴定推定的神经祖细胞亚群。分析可鉴定与每个亚群相关的基因...
评级：0 浏览量：193 收藏量：0 资源大小：19.95MB 上传时间：2021-05-21

: grape-nf:使用Nextflow的自动RNA-seq管道 Grape提供了广泛的RNA-Seq分析渠道。它允许创建自动化和集成的工作流程来管理和分析RNA-Seq数据。它使用作为执行后端。请查看以获取更多信息。在IHEC联盟中，Grape已被用于RNA-seq整合分析。根据IHEC建议，...
评级：0 浏览量：277 收藏量：0 资源大小：3.63MB 上传时间：2021-05-19

: RNA-combine:RNA-seq数据综合数据分析工具箱 1批量NGS RNA-seq数据分析 1.1预处理_RNA 预处理bulf RNA-seq数据。输入是fastq文件。输出主要包括对齐的bam文件和基因计数矩阵，中间文件保存在4个目录中。 1.rm_rrna删除rRNA序列后保存序列，日志文件记录每个...
评级：0 浏览量：232 收藏量：1 资源大小：1.56MB 上传时间：2021-04-07

: olego:OLego –短或长RNA-seq读图，可发现外显子连接-开源 OLego是专门为从头剪接mRNA-seq读图而设计的程序。 OLego采用播种和扩展方案，并且不依赖于单独的外部映射器。通过使用很小的种子（12-14 nt），使用Burrows-Wheeler变换（BWT）和FM-index进行有效映射，可以实现高...
评级：0 浏览量：182 收藏量：0 资源大小：1.36MB 上传时间：2021-04-29

: PUseqClust_一种RNA-seq数据聚类分析方法.pdf RNA-seq（RNA sequencing）技术是现代生物学中用于定量基因表达水平的常用工具，它通过测序RNA分子来揭示细胞或组织中的基因活性状态。然而，由于RNA-seq产生的数据具有高复杂性和噪声，对其进行有效分析是一项挑战...
评级：0 浏览量：102 收藏量：1 资源大小：1.34MB 上传时间：2022-12-16

: kallisto-nf:Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的nextflow实现 Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的Nextflow实现快速开始确保您已在上一节中列出了所有必需的依赖项。通过运行以下命令来安装Nextflow运行时： $ curl -fsSL get.nextflow.io | bash 完成后，您可以通过输入以下...
评级：0 浏览量：281 收藏量：0 资源大小：107.07MB 上传时间：2021-05-15

: gogadget:用于解释和可视化RNA-seq GO分析的工具箱-开源 gogadget是一个R包，可以帮助可视化和解释RNA序列数据的GO富集分析。它是专门为与goseq结合使用而开发的。用户指南中详细介绍了此软件包中提供的功能。要安装软件包，请下载“ gogadget_2.1.tar.gz”文件，打开R...
评级：0 浏览量：170 收藏量：0 资源大小：6KB 上传时间：2021-04-29

: RNA-Seq-annotation-and-comparison RNA-Seq-注释和比较 Olson_lab 存储库 Augustus_gene_predict_RNA_seq_data 存储库：augustus_beocat.txt - autoAugPred.pl - intron_filter.pl - shellForAug - KSU_bioinfo_lab 引用为：Jennifer Shelton 等人...
评级：0 浏览量：134 收藏量：0 资源大小：7.92MB 上传时间：2021-06-06

: rnatoy:使用Nextflow的概念验证RNA-Seq管道 RNA-Seq玩具管道 RNA-Seq管道概念的证明，旨在显示Nextflow脚本和可重复性功能。如何执行在您的计算机上安装Docker。在此处了解更多信息安装Nextflow（版本20.01.0或更高版本） curl -fsSL get.nextflow.io | ...
评级：0 浏览量：187 收藏量：0 资源大小：780KB 上传时间：2021-05-28

: RASflow:RNA-Seq分析工作流程 RASflow：RNA-Seq分析Snakemake工作流程 RASflow是一种模块化，灵活且用户友好的RNA-Seq分析工作流程。 RASflow可以应用于模型生物和非模型生物。它支持将RNA-Seq原始读物映射到基因组和转录组（可以从公共数据库...
评级：0 浏览量：465 收藏量：0 资源大小：49.08MB 上传时间：2021-04-28

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