Programa Profesional de Ingenieria Biotecnologica
BIOINFORMATICA Erwin Renzo Valero Quispe
PROTEINAS 3D ESTRUCTURAS Desarrollo
En esta prctica se tom una secuencia ( target) y se compar con otras secuencias con un parecido tomando en cuenta el e-value .Despus se escogi la ms homologa y se ingreso a estas pginas:
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit Prediccin de estructuras secundarias. Introducimos nuestro target T0522 y de ah le ponemos un nombre http://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html descargamos un programa llamado SWISS PDB WEABER. y instalamos en Windows . Tenemos aqu mi homologa y target: Target: >T0522 NP_384335.1, SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021, 134 residues MTTFTLDERLERDGIPIGTLGLCQMRLMNDRRWPWLILVPQRADIKEV FELTPLDQAMLTFETNLVAAGLKKATGAEKINIGALGNIVRQLHVHVIA RREGDPNWPGPVWGFGKAEPWPE EEHRTFAARIMENL Homologa: 2OIK_A e-value 3e-10 >gi|126031601|pdb|2OIK|A Chain A, Crystal Structure Of A Histidine Triad (Hit) Protein (Mfla_2506) From Methylobacillus Flagellatus Kt At 1.65 A Resolution GXTRTXSFHKNCELCTTAGGEILWQDALCRVVHVENQDYPGFCRVILN RHVKEXSDLRPAERDHLXLVVFAVEEAVREVXRPDKINLASLGNXTPHV HWHVIPRFKRDRHFPNSVWGETKRESLPQALDQGSTTALKKAI SVRLDQGEPVFXGX
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Para la siguiente pagina: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit
Aqu est la target : Como vemos en el grfico se puede apreciar :
H son las hlices que se forman. A y b son las estructuras que se juntan. Si han eliminado todas las molculas solo carbonos se ven.( se puede ver as tambin)
Lab aparecen los nombres de la protena. Energa que lo rodea ::v eso significa los enlaces.
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Se ve la cantidad o cuanto mide en nmeros el aminocido y su protena. Valores ms cercanos a 9 existe una alta confiabilidad esa h o c sea cierta.
SWISS PDB WEABER: Primero se guarda en formato txt y pdb nuestra secuencia target homologa para usarla en el swisspdb weaber. Ahora se seguir los siguientes pasos:
Abrimos nuestra secuencia target en pdb y la homologa nos aparece este grfico.
Acto siguiente se va a la opcin prefer se coloca swiss mode y ponemos nuestro nombre y correo
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Pongo click en mi secuencia target y de ah pongo enter.
Click en mi secuencia homologa de ah fit colocamos en reference Sale en cuadro en donde se pone arriba homologa abajo la target.
Fit generate structural aligament: esta poniendo una sobre la otra . Swis mode de ah upugrading display now.
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Informe ubicamos en esta pagina.
Verificamos y compramos seanaldo con colores los aminoacidos presneted
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Lo pintamos y corroboramos en:
Buscamos dominios en mi protena homologa (PDB: 2OIK_A) y target y los ponemos aqu en este programa viendo asi la cantidad de aminocidos que hay en comn.
Viendo sus dominios en el ncbi TARGET
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PDB: 2OIK_A
Hallo mi dominio de donde a donde target de 40 a 120 de ah lo coloreo en mi target en mi figura igual hago para la homologa y de ah comparo si tiene el mismo bien EL HIT familia: HIT (histidina trada) de protenas, llamadas as por un motivo relacionado con la secuencia HxHxH / Qxx (x, un aminocido
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hidrofbico), son una superfamilia de hidrolasas de nucletidos y transferasas, que actan sobre la alfa-fosfato de ribonucletidos. Sobre la base de la secuencia, el sustrato especificidad, estructura, evolucin y el mecanismo, las protenas HIT se clasifican en la literacture en tres ramas principales: la rama Pista, que consta de adenosina 5 '-monophosphoramide hidrolasas, la rama Fhit, que consta de polifosfato diadenosine hidrolasas, y la rama GalT que consiste en transferasas especficas nucloside monofosfato. Anlisis de la secuencia revela adems varios de los nuevos estrechamente relacionados, sin embargo, los subgrupos no caracterizados.
