UNIVERSIDAD DE CHILE

Pedagogía en Educación Media en Biología y Química 2022

Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular
Profesores Dr. Víctor Castro Fernández y

Informe de Laboratorio N°1:

Estructura tridimensional de aminoácidos y proteínas

Catalina Castillo

Katya Gajardo
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Introducción
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Resultados y Discusión
Primeramente, debido a que son la unidad estructural básica de las proteínas se estudiarán
específicamente a los aminoácidos. El análisis de aminoácidos requiere de la utilización de
programas de visualización molecular que permitan observar de manera detallada la estructura de
proteínas en sus distintos niveles de organización, por tanto para el correcto desarrollo de este
práctico se empleó el programa Visual Molecular Dynamics (VMD), con el cual es posible
examinar mediante imágenes tridimensionales la estructura tanto de macromoléculas como las
proteínas así como también la de sus monómeros o compuestos orgánicos más sencillos, los
aminoácidos.

Para proceder en este análisis de los aminoácidos, se escoge tan solo uno de ellos dentro de la
variedad existente con el fin de observar e identificar de forma separada sus características y
componentes a través del visualizador, por tal razón se elige al azar un aminoácido de los
archivos de la carpeta preparada para este trabajo práctico denominada “aminoácidos”,
seleccionado entre los 39 archivos el aa17.pdb. Una vez seleccionado y cargado el archivo al programa
VMD se visualiza el aminoácido en su representación CPK, resultando ser el aminoácido apolar Prolina
(Pro) un ⍺-iminoácido, donde la cadena lateral R se encuentra enlazada tanto al C ⍺ como al grupo amino,
formando así un grupo imino (Figura 1). En el visualizador se observan los átomos que la conforman con
distintos códigos de colores; los átomos de carbono se muestran de color cian, mientras que los de oxígeno
presentes en el grupo carboxilo son de color rojo. Por otra parte el átomo de nitrógeno está representado en
color azul, y, finalmente, los hidrógenos en blanco.

Figura 1. Visualización de estructura del aminoácido Prolina

En la Figura 1, se distingue al Carbono-⍺ enlazado a cuatro grupos funcionales distintos un grupo carboxilo
(-COOH), un átomo de hidrógeno (-H), un grupo amino que en este caso en particular es un grupo imino (-
NH-) debido a la cadena lateral apolar compuesta por tres carbonos (-CH2-CH2-CH2-) también se enlaza al
Carbono-⍺. De esto se desprende que, el grupo imino se encuentra desprotonado -NH; mientras que el grupo
carboxilo se encuentra protonado -COOH. Sin embargo, lo anterior no es posible en condiciones reales de
pH, puesto que el grupo carboxilo del aminoácido Prolina tiene un Pka o Pk1 de 1,99; mientras que el
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grupo imino tiene un pKb o pK2 situado en 10,961. Por lo tanto, a ninguna condición de pH real es
posible encontrar el grupo carboxilo protonado y a la vez el grupo imino desprotonado.

Suponiendo que el aminoácido se encuentra en una solución a pH fisiológico 7,4, el grupo

carboxilo de este aminoácido en particular se encontraría desprotonado (-COO -) y el grupo imino
protonado (-NH2+-). Si bien esto indica que ambos grupos se encontrarían cargados, la carga neta
del aminoácido sería 0.

Reconociendo la estructura de los aminoácidos

Respecto a la conformación espacial, es posible identificar dos isómeros ópticos para los
aminoácidos en general (L o D). En el caso del aminoácido en cuestión, la prolina, se recurre a la
utilización de la Regla de CORN. Para esto, se debe orientar el hidrógeno del carbono α hacia
adelante (mirando hacia uno) y observar la ubicación del carbono carbonílico, el nitrógeno y la
cadena lateral en sentido horario, tal como lo ilustra la Figura 2, por lo cual, se concluye que el
aminoácido elegido corresponde a un D-aminoácido, es decir, D-Prolina.

Figura
2. Visualización de estructuras D-Prolina y L-Prolina

Hasta ahora la evidencia científica ha demostrado que los L-estereoisómeros son los únicos que
constituyen la estructura de las proteínas, y aunque en la naturaleza se pueden encontrar D-
aminoácidos, nunca se han encontrado formando parte de ellas. (Herrera, 2014). Sin embargo, se
han descrito algunas funciones biológicas específicas para péptidos que contienen D-
enantiómeros, como por ejemplo, otorgar una peculiar resistencia proteolítica en bacterias que
posean D-Asp, D-Asn, D-Glu, D-Gln, D-Ala y D-Ser en los peptidoglucanos de su pared celular.
Por lo mismo, los D-aminoácidos se encuentran en muchos antibióticos, como la penicilina
bacitracina, la actinomicina y la valinomicina. (Lenci & Trabocchi, 2019). Otro rol importante de los
D-aminoácidos corresponde a la utilización de D-cis-[18F]FPro como un marcador sensible de los
procesos degenerativos asociados a la inflamación en el síndrome parkinson. (Sommerauer,
2019).

Estructura secundaria y ángulos diedros

Las proteínas cuentan con distintos niveles de organización, siendo la estructura secundaria aquella en que el
esqueleto polipeptídico se dispone a lo largo de un eje de manera repetitiva y regular, formando un grupo
lineal o hélice. La regularidad se refleja en el hecho de que sucesivas uniones peptídicas asumen
orientaciones similares obteniéndose, por lo general, ángulos de rotación Φ y Ψ en cadena con valores
semejantes dentro de un intervalo o región. La hélice- ⍺, es un tipo de estructura secundaria donde el
esqueleto polipeptídico se encuentra enrollado de forma compacta alrededor del eje longitudinal de la
molécula y las cadenas laterales de los residuos se orientan hacia el exterior. Por otra parte, existe un
segundo tipo de estructura secundaria llamada hoja β que se forma cuando dos partes de una cadena

1 Valores extraídos del libro Bioquímica Básica: Base molecular de los procesos fisiológicos.
Tabla 2.2 Propiedades de los aminoácidos.
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polipeptídica se encuentran una junto a otra con enlaces de hidrógeno entre ellas, estas conformaciones beta
pueden formarse entre varias hebras polipeptídicas, que pueden estar orientadas bien paralela o
antiparalelamente entre sí. Con respecto a los ángulos Φ y Ψ, estos poseen valores que se hallan en un rango
en específico para cada tipo de configuración secundaria para la helice alfa

Utilizando el programa VMD se seleccionó la vista NewCartoon para evidenciar estructuras

secundarias de tipo Hélice alfa y Hebra beta de la proteína T-Rex, para posteriormente ser
analizados de manera individual.

En el caso de la Hélice alfa (Figura 3), el fragmento escogido contempla los residuos entre 5Ala al
24Gln de la cadena A. Estos fueron analizados mediante un gráfico de Ramachandran, dando
como resultado la ubicación de los ángulos diedros en la región alfa, tal como se muestra en la
Figura 5, además del valor de sus ángulos phi y psi respectivamente (Tabla I). Tanto los valores
de Phi y Psi tienen signo negativo, puesto que se encuentran en el tercer cuadrante del gráfico, es
decir, concuerdan con los valores esperados para residuos de la región alfa.

Posteriormente, se seleccionó otro fragmento que contiene los residuos entre 126Val y 129Thr de
la cadena A que conforman la estructura de Hebra beta (Figura 4). Dichos residuos se encuentran
representados en la región beta del gráfico de Ramachandran empleado para su análisis (Figura
5). Se incluye el valor de los ángulos phi y psi de la muestra de residuos de la Hebra en la Tabla II.
En este caso, los ángulos Phi son negativos y Psi positivos, puesto que los residuos se
representan en el segundo cuadrante del gráfico, vale decir, coinciden con lo esperado para
elementos en la región beta.

Figura 3. Visualización de fragmento de la proteína T-Rex, representación de Hélice alfa.

Tabla I. Muestra de residuos y ángulos Phi y Psi de la Hélice Alfa

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Residuo Phi φ Psi Ψ
Ala 6 -67,31 -26,87
Ala 7 -72,79 -36,62
Ile 17 -66,82 -37,80
Leu 15 -60,68 -38,82
Glu 22 -63,66 -41,42

Figura 4. Visualización de fragmento de la proteína T-Rex, representación de Hebra beta.

Figura 5. Gráfico de Ramachandran para el fragmento de residuos 5 a 24 de la Hélice alfa.

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Figura 6. Gráfico de Ramachandran para el fragmento de residuos 126 a 129 de la Hebra beta.

Tabla II. Muestra de residuos y ángulos Phi y Psi de la Hebra beta.

Residuo Phi φ Psi Ψ

Val 126 -73,94 142,83
Arg 28 -130,85 142,21
Thr 129 -139,18 171,57

Residuos hidrofóbicos y polares

Para poder apreciar las regiones hidrofóbicas y polares de la proteína T-Rex, se recurre a la
representación VDW en el programa de visualización molecular VMD. En ella, se colorean de
manera diferenciada a los residuos hidrofóbicos e hidrofílicos o (polares) tal como se aprecia en la
Figura 5. En amarillo se etiquetan a los aminoácidos hidrofóbicos y en azul aquellos que son
hidrofilicos o polares. Esta imagen nos demuestra como mayoritariamente aquellos que poseen
carga o capacidad para formar puentes de hidrógeno se sitúan superficialmente en la proteína
mientras que los residuos hidrofóbicos o apolares se agrupan al interior de la estructura
tridimensional.

Dicho esto, es posible deducir que el medio en el que se encuentra la proteína es polar,
justamente, por la afinidad e interacción que poseería con los residuos más externos.

Adicionalmente, se adjunta la Figura 6 que ilustra de manera específica los residuos hidrofóbicos
de la proteína, de esta forma es posible visualizar la totalidad de aminoácidos sin carga que
anteriormente estaban solapados por los residuos polares de la superficie. Finalmente, en la
Figura 7, se observan solamente los residuos polares de la proteína T-Rex.
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Figura 7. Visualización VDW de distribución de residuos hidrofílicos e hidrofóbicos de proteína T-Rex.

Figura 8. Visualización VDW de distribución de residuos hidrofóbicos de proteína T-Rex.

Figura 9. Visualización VDW de distribución de residuos hidrofílicos de proteína T-Rex.

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Visualización de la estructura cuaternaria de la proteína
La proteína T-Rex corresponde a un homodímero constituido por 2 cadenas polipeptídicas
idénticas, las cuales se encuentran ensambladas, formando la estructura cuaternaria.

En la Figura 10. es posible identificar ambas subunidades representadas de color gris y morado.
Adicionalmente, se reconoce una doble hebra de color amarillo correspondiente a un ácido
nucleico.

Figura 10. Visualización de la estructura cuaternaria de la proteína T-Rex.

Conclusiones
Debe ser un punteo de las ideas principales que se pueden extraer de los resultados,
además debe ser capaz de unir información reportada en la literatura a las ideas principales y no
debe ser una apreciación personal del trabajo realizado.

Las conclusiones NO son una descripción completa de los resultados. Debe puntualizar los
resultados más importantes, de manera general e integradora. Puede presentarse como punteo o
enumeración. Además, de mencionar si los objetivos se cumplían o no.

Bibliografía
Nelson, D., Cox, M. y Cuchillo, C. (2015). Lehninger principios de bioquímica . Disponible en
http://bibliografias.uchile.cl/2006

Sommerauer, M., Galldiks, N., Barbe, M. T., Stoffels, G., Willuweit, A., Coenen, H. H.,
Schroeter, M., Timmermann, L., Fink, G. R., & Langen, K. J. (2019). Cis-4-[18F]fluoro-D-
proline detects neurodegeneration in patients with akinetic-rigid parkinsonism. Nuclear
medicine communications, 40(4), 383–387.
https://doi.org/10.1097/MNM.0000000000000982
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Lenci, E., & Trabocchi, A. (2019). Occurrence of the d-Proline chemotype in enzyme inhibitors. Symmetry,
11(4), 558.https://doi.org/10.3390/sym11040558

Herrera, E., de Castillo, M. D. P. R., Roca, P., & Viana, M. (2014). Bioquímica Básica: Base molecular de los
procesos fisiológicos. Elsevier España.