ADNANE Yassmine

SRUCTURE ET CLASSIFICATION DES VIRUS 2024/2025

1. Définition et caractéristiques générales

- Un virus est un parasite intracellulaire obligatoire, non vivant, incapable de vivre ou se reproduire sans une
cellule hôte « parasites cellulaires absolus ».
- Il infecte tous les êtres vivants (bactéries, plantes, animaux, humains).
- Taille : très petite (20 à 300 nm), observable au microscope électronique.
- Incapacité de se répliquer en dehors d’une cellule hôte à cause de l’absence des enzymes du métabolisme
énergétique et de biosynthèse.
- Leur pouvoir pathogène varie : infections bénignes, graves, chroniques ou cancérigènes.
-Virus : forme avant d’être répliquer et Virion : résultats après réplication

2. Structure des virus

Les virus sont constitués de l’association d’éléments constants et inconstants :
Constant :
- Génome : un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN, jamais les deux).
- Capside : coque protéique qui protège le génome.
Inconstant :
- Enveloppe virale : membrane lipidique dérivée de la cellule hôte, contient des glycoprotéines virales
(spicules), constitue le point faible du virus à cause de la solubilité du lipide.
- Matrice ou tégument : protéines internes qui structurent certains virus enveloppés. Matrice donne la forme
du virus et le rend volumineux.

3. Cycle infectieux
1. Attachement : reconnaissance du récepteur de la cellule hôte par des protéines virales.
2. Pénétration : libération du génome dans le cytoplasme ou noyau.
3. Réplication : détournement du métabolisme cellulaire pour produire du matériel viral.
4. Assemblage : formation de nouvelles particules virales.
5. Libération : par bourgeonnement (virus enveloppés) ou lyse (virus nus).

4. Génome viral
a. La nature de l’acide nucléique du virus : premier critère de classification
Les virus peuvent avoir :
• Un génome à ARN.
• Un génome à ADN.
Le génome peut être :
• Linéaire ou circulaire.
• Monocaténaire (simple brin) ou bicaténaire (double brin).
• Segmenté (divisé en plusieurs fragments) ou non segmenté.
b. Virus à ARN :
- Monocaténaire (simple brin) :
- ARN+ (m̂ polarité que ARN messager) : directement traduit en protéines.
- ARN- : doit être converti en ARN+ par une polymérase virale qui l’accompagne obligatoirement.
- Bicaténaire (rare, ex : rotavirus).
c. Virus à ADN :
- Bicaténaire+++ (ex : Herpesviridae).
- Monocaténaire (rare).
- Linéaire ou circulaire.
- Taille : variable 3,2 kb à 235 kb. Moins sujet aux mutations que l’ARN.
-Parfois présence de protéines basiques

5. Capside
a. Définition : Coque protéique rigide qui protège le génome viral.
Capsomères : unités formant la capside, composées de protéines identiques ou différentes.
Nucléocapside : Structure résultant de l’association des protéines de la capside avec le génome viral
b. Rôle : Protection du génome en l’enfermant dans une nucléocapside
Attachement aux récepteurs cellulaires (pour les virus nus).
c. Types de symétrie :
-Tubulaire à symétrie hélicoïdale : ARN en spirale avec protéines en hélice.
-Icosaédrique à symétrie cubique : Polyèdre régulier, structure résistante.
-Complexe : comme VIH

6. Enveloppe virale ou peplos

a. Origine : membrane cellulaire de l’hôte modifiée avec insertion de glycoprotéines virales : spicules.
Acquise lors du bourgeonnement à partir : de la membrane plasmique, ou des membranes nucléaires, ou
d’organites intracellulaires (Golgi, RE…).
b. Composition : Bicouche lipidique de la cellule hôte, Spicules (glycoprotéines) : rôle infectieux
(attachement) et antigénique (détection).
c. Conséquences :
-Fragilité : sensible à l’éther, aux détergents, au pH et à la chaleur.
-Transmission : nécessite un contact rapproché.
REMARQUE : Tous les virus ARN à symétrie hélicoïdale sont enveloppés

7. Matrice et téguments
Présents chez certains virus enveloppés :
Matrice : sous l’enveloppe, assure la structure de la particule.
Tégument : protéines entre capside et enveloppe.

8. Protéines virales
a. Protéines structurales : édification (forment) la particule virale : capside, spicules, matrice.
b. Protéines non structurales : peuvent être présente dans le virion ou le plus souvent sont synthétisé lors du
cycle de réplication et ne sont pas présente dans la particule virale : Enzymes virales (ex : polymérases,
intégrases…), Protéines de régulation.
Différences entre virus nus et virus enveloppés
| Caractéristiques | Virus nus | Virus enveloppés |
| Enveloppe | Absente | Présente |
| Résistance | Plus résistants | Fragiles (sensibles à l’éther, pH…) |
| Transmission | Directe ou indirecte | Par contact rapproché |

9. Classification des virus

Critères phénotypiques :
- Type d’acide nucléique (ARN ou ADN)
- Structure du génome (mono/bicaténaire, linéaire/circulaire, segmenté)
- Type de capside (cubique ou hélicoïdale)
- Présence ou absence d’enveloppe
- Taille du virus
Autres : nature de l’hôte, pouvoir infectieux et pathogène
a. Système hiérarchique :
- Ordre : -virales (en fonction des caractères fondamentaux)
- Famille : -viridae (en fonction d’une morphologie unique et une même stratégie de réplication)
- Sous-famille : -virinae (en fonction des propriétés biologiques communes)
- Genre : -virus (en fonction des Caractères communs)
- Espèce : ex. HSV-1, HSV-2 (en fonction Particularités antigéniques et niche écologique spécifique.)
b. Critères de classification LHT
-La nature du matériel génétique : type de l’acide nucléique (ARN+ ou -, ADN db ou sb...)
-Le type de symétrie de la capside
-Virus nu ou enveloppé
c. Classification de Baltimore (1971) :
- Basée sur la nature du génome et le mode de réplication.
- 7 groupes en chiffres romains

10. Exemple particulier : VIH

- Virus enveloppé à ARN diploïde (2 copies identiques).
- Capside conique tronquée ni hélicoïdale ni cubique (complexe).
- Enveloppe classique avec présence de spicules et d’une matrice
- Infection chronique, intégration du génome viral dans l’ADN cellulaire.

Citation : "A virus is bad news surrounded by proteins." — P. Medawar, Prix Nobel 1960
Les méthodes du diagnostic virologique
I. Introduction
Le diagnostic virologique vise à identifier le ou les virus responsables d’une infection virale.
Il repose sur la détection de marqueurs viraux : Marqueurs directs : virus entier ou composants (antigènes,
génome) ; Marqueurs indirects : réponse immunitaire via les anticorps (IgM, IgG).
Utilités du diagnostic virologique : Diagnostic : confirmation de l’infection, Thérapeutique : adaptation du
traitement et suivi de son efficacité et Prophylactique : prévention de la transmission.

II. Phase pré-analytique en virologie

Cette phase inclut toutes les étapes précédant l'analyse qui sont sous la responsabilité du biologiste :
1. Prescription médicale : demande d’analyse prescrite à un malade par son médecin traitant, elle est porte deux
volets d’information : volet administratives (identité, âge, prescripteur) et cliniques (nature et motif de
l’analyse, type de prélèvement).
2. Réalisation du prélèvement : selon le virus, la localisation de l’infection, le stade, l’âge… Le prélèvement doit
respecter les conditions de réalisation (être aseptique…) et riche en cellules.
3. Acheminement au laboratoire : transport rapide, emballage étanche et fiche de prescription jointe.
4. Réception er vérification de la conformité
5. Enregistrement de la demande d’analyse
6. Traitement pré-analytique du prélèvement
7. Conservation : - À +4°C pour sérologies (max 48h).
- À -20°C pour biologie moléculaire (PCR) ou culture cellulaire.

III. Techniques du diagnostic virologique direct

But : détecter directement le virus ou ses composants.
1. Culture cellulaire : « isolement » ensemble de techniques biologiques pour croître des cellules hors de leur
organisme (in vitro). « Il n’y a pas de cellules de culture universelle : chaque virus a son tropisme particulier »
- Types de cellules de cultivation :
• Cellules primaires : Cellules d’organes (Rein de singe, lymphocytes humaines) avec durée de vie limitée :
une à deux générations.
• Lignées continues++++ : cellules transformées (immortelles) soit humaines ou animales avec nombre
infinie de subcultures
• Cellules embryonnaires : cellules obtenues du tissus fœtaux (fœtus) avec quarantaine de générations
- Milieu vivant nécessaire : cellules + Eléments nutritifs, facteurs de croissances, antibiotiques….
- Observation à l’incubation :
• Cellules non permissives : Absence de réplication virale
• Effet cytopathique (ECP) : résultat de la réplication virale entrainant des altérations morphologiques
- Identification par techniques immunologiques et moléculaires à la recherche Ag et/ou des acides nucléiques
viraux comme : immunofluorescence, sérotypage, inhibition de l’hémagglutination, amplification génomique
- Avantages : technique de référence, étude antiviraux, création de vaccins.
2. Microscopie électronique « visualisation direct du virus » :
- Immuno-microscopie : Utilisation des antisérums pour faciliter la détection des virus.
3. Recherche des antigènes viraux +++ : basées sur l’utilisation des Ac monoclonaux (marqués) qui forment des
complexes immuns avec les Ag recherchés. Selon la nature du marqueur utilisé on distingue :
 - Immunofluorescence (IF) : utilisent un fluorochrome et a
présence du virus se traduit par une fluorescence vert-
pomme intracellulaire, peut être directe ou indirect.
- Techniques immuno-enzymatiques (ELISA et apparentés) : Ac marqué par une enzyme résulte d’une réaction
colorimétrique dont l’intensité est proportionnelle à la quantité d'Ag présent et se traduit par une couleur jaune.
Elle est rapide, sensible, spécifique, automatisée, utilise des microplaques puits.
- Agglutination sur latex
- Tests rapides (immunochromatographie) : réalisé sur une bandelette, l’Ag
recherché est pris en sandwich après migration
4. Détection du génome viral +++ :
- Extraction de l’ADN/ARN
- Amplification : PCR «polymérase chain reaction» (étapes : dénaturation, hybridation, élongation), PCR en
temps réel (plus quantification : charge virale en UI/ml) et RT-PCR (pour virus à ARN le transformant en ADNc)
- Séquençage (méthode : Sanger, NGS)
- Avantages : rapide, sensible, spécifique.

IV. Techniques du diagnostic virologique indirect

But : détecter les anticorps (Immunoglobulines) produits par le patient, la présence de IgM : infection
aiguë/récente ou IgG : infection ancienne ou passée (état immunitaire).
Techniques : par utilisation d’Ag viraux (virus entier purifié, protéines virales extraites ou recombinantes,
oligopeptides synthétiques). On distingue 2 catégories de techniques :
1. Ne distinguant pas les isotypes des Ac : par inhibition de l’hémagglutination.
2. Distinguant les isotypes des Ac +++ : fixation de l’antigène viral sur un support, contact avec le sérum du
patient, étape de lavage puis détection par un anticorps secondaire anti-Ig humaine couplé d’un système de
révélation qui détermine le type de la technique marqué (fluorescent, enzymatique ou radioactif).
- ELISA (immuno-enzymatique) +++ : détection et quantification IgM/IgG.
- ELISA immunocapture : détection des IgM
- ELISA combiné : détection Ag + Ac dans un seul test
- Western Blot : confirmation de sérologie positive, spécifique à la technique ELISA
Intérêt : diagnostic, dépistage, détermination de l’état immunitaire.