FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

1. Ouvrir un chromatogramme en milieu de gamme

2. Cliquer sur « EDIT »  “integrated peaks” :

3. Zoomer sur les pics à quantifier, balayer entre le début et la fin du pic en
maintenant le clic droit de la souris en foncé:

Les temps de « starts » et

« end » apparaissent,
nommer le pic et cliquer
sur « add »

 Répéter l’opération
sur toutes les molécules à
quantifier
 Si vous cliquer sur
OK avant avoir terminé,
revenir sur « EDIT » 
integrated peaks

4. Copier/coller les pics dans la méthode de quantification : « EDIT » « copy

detected peaks ». Revenir sur la « sample list » « quantify »  » edit method »

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FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

RQ : un message peut apparaitre avec une croix rouge, il s’agit seulement d’une information
et non d’une erreur. Il apparait si c’est la première fois que vous créez une méthode ou si la
dernière méthode ouverte était vierge. Dans ce cas cliquer sur « OK »

Avant de coller les pics, veuillez à pré remplir la case « concentration of standards » (conc A
si toutes les molécules sont à la même concentration dans le mélange) et « peak matching »
« spectrum »  ceci pour gagner du temps, car le logiciel va appliquer ces paramètres pour
toutes les molécules directement.

 « EDIT »  « Paste chromatogram »

La page se remplie
automatiquement. Vérifier
la masse utilisée pour la
quantification, et renseigné
le ou les standards internes
si présence.

 Ajuster les
paramètres généraux et les
paramètres d’intégration.
 Ces paramètres sont
par défaut propagés à toutes
les molécules. Il est possible
de définir des paramètres
généraux et d’intégration par
molécule : « EDIT » 
« propagate general
parameters » et « propagate
integrate parameters »

 Dans les paramètres d’intégration, seul le « peak to peak

amplitude » est à renseigner. Il définit au logiciel les seuils de
détection des débuts et fins de pics.

TROP IMPORTANT les petits pics ne seront pas intégrés

TROP FAIBLE le bruit de fond sera intégré (une valeur de
concentration sera donc calculée pour un pic absent !)

Comment ajuster cette valeur ?

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FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

 Ouvrir la fenêtre « integrate parameters »  retourner sur le chromatogramme et

balayer le bruit de fond (au début du chromatogramme) en maintenant enfoncé le
clic droit de la souris :
La valeur est automatiquement
mise à jour dans les conditions
de votre analyse  cliquer sur
« OK »

La méthode de quantification est maintenant terminée, « file »  « save as »

5. Tracer la courbe d’étalonnage :

Sélectionner tous les standards sur la « sample list »

RQ : veillez à préciser le « sample type » dans la colonne : standard et préciser la

concentration des standards (rappelez-vous que dans la méthode vous avez spécifié
« concentration des standards » = concA)

 « quantify »  « process sample »

« integrate samples » « calibrate standards »

et « quantify samples » doivent être cochés.

La méthode est par défaut la dernière

ouverte, la courbe de calibration est à créer
sinon il vous écrasera celle présente dans la
case « curve ». Pour en créer « Browse » 
écrire un nom  « open », « OK »
 « OK »

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FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

Cette fenêtre s’ouvre automatiquement : (elle est cachée derrière la fenêtre de Turbomass
dans la barre des tâches). Sinon « quantify »  « view results »

Pour faire apparaître la courbe de calibration :

 Deux fenêtres sont affichées : « Graphs » et « summary ». Chacune d’entre elles

peuvent être « active », c’est-à-dire que vous avez la main sur l’une des deux. Dans
l’exemple ci-dessus la fenêtre « summary » est active (bleu foncé)
 Si la fenêtre active est le summary, un clic sur l’une des flèches noires
ouvrira le chromatogramme intégré du composé précédent ou suivant. Il est aussi
possible de double cliquer (clic gauche de la souris) directement sur l’échantillon
pour visualiser l’intégration du pic.

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FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

Depuis cette fenêtre vous

pouvez réintégrer le pic en
balayant le pic avec le clic
droit de la souris (maintenir
enfoncé)

RQ : ne pas fermer la petite

fenêtre « edit quantify peak »
pour réintégrer.

Une fois le pic réintégré 

« OK »

RQ : si c’est un standard
utilisé pour tracer la droite
une fenêtre apparait :

 ceci vous indique que la nouvelle aire du pic sera

utilisée pour retracer la courbe  « OK »

 Si la fenêtre active est la fenêtre « graphs », un clic sur l’une des flèches balayera
toutes les courbes de calibration (la fenêtre « summary » se met à jour en fonction de
lu composé). Dans ce cas vous ne visualisez que les résultats sans voir l’intégration.
Utile pour vérifier rapidement si les droites sont bien tracées !

RQ : En balayant les droites de calibration il est possible que le logiciel ne détecte pas
certains pics par lui-même. Généralement les points bas. Ceci est lié dans 99% des cas à la
valeur du « peak to peak amplitude ». C’est-à-dire que la valeur est certainement trop
élevée.  Retourner dans la méthode, « integrate parameters » et supprimer le dernier
chiffre  « save as »  revenir à l’étape 5. Si certains pics ne sont toujours pas intégrés
alors intégrer manuellement.

RQ : Toute intégration ou réintégration sera AUTOMATIQUMENT sauvegardée.

 Une fois toutes les droites de calibration réalisées, il est possible de quantifier tout
échantillon analysé dans les mêmes conditions GC et MS.

RQ : Si vous souhaitez modifier la façon de tracer la courbe : effectuer une pondération des
points de gamme, inclure le zéro ou passer en quadratique, fermer la fenêtre « view
results », revenir dans la méthode de quantification « quatify » « edit method ». Modifier les
paramètres généraux, « save »

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FICHE TURBOMASS : méthode de quantification en SCAN

Reprenez le début de l’étape 5 mais

NE PAS COCHER « integrate
samples », « OK »

 Les standards ont déjà été

intégrés, et vous avez probablement
réintégré certains pics : cela prend un
certain temps. Le logiciel a donc en
mémoire toutes les intégrations et n’a
donc pas besoin de réintégrer les pics
seulement pour tracer les courbes différemment (pondération, inclure, etc…)

6. Quantifier un ou plusieurs échantillons :

Sélectionner les lignes de la « sample list » à quantifier : « quantify » « process sample »

 Pour visualiser les résultats, revenir sur « view results ». La réintégration est
identique aux standards.

RQ : La réintégration implique un recalcule automatique de la concentration

RQ : la réintégration d’un standard implique le recalcule des concentrations de TOUS les

échantillons présents et intégrés.

RQ : Il est possible de créer une nouvelle « sample list » et quantifier les nouveaux
échantillons en utilisant la gamme tracée sur la précédente. Il suffit de sélectionner les lignes
de la « sample list » à quantifier, « quantify »  « process sample » et sélectionner grâce au
« Browse » la bonne méthode de quantification et la bonne courbe de calibration

Conseils : il est conseillé d’avoir une seule gamme par « sample list » (la méthode de
quantification est réutilisable dans n’importe quelle autre « sample list »), il faudra
seulement recréer une courbe de quantification ou écraser l’ancienne.