学习threejs，导入pdb格式的模型

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分类专栏： gis工程师 threejs 文章标签： threejs pdb模型 THREE.PDBLoader
于 2024-12-31 10:16:26 首次发布
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文章目录

一、🍀前言

本文详细介绍如何基于threejs在三维场景中导入pdb格式的模型，亲测可用。希望能帮助到您。一起学习，加油！加油！

1.1 ☘️THREE.PDBLoader pdb模型加载器

THREE.ColladaLoader用于加载和处理Collada（.dae）格式3D模型文件的扩展。
pdb三维文件：
PDB文件（Protein Data Bank file）是一种常用的生物分子结构文件格式，由​​Protein Data Bank​​​（蛋白质数据银行）创建，主要用于存储蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构信息。PDB文件包含了分子的原子坐标、连接关系、结构拓扑等数据，以及相关的实验测定方法和参考文献等元数据。蛋白质数据银行（​​www.rcsb.org​​​）包含了很多分子和蛋白质的详细信息，还可以用​​PDB​​​格式下载这些分子的数据结构。

PDB文件中的数据结构包括以下几个方面：

  • 原子坐标：PDB文件记录了分子中每个原子的三维坐标信息，包括原子的X、Y、Z坐标值。
  • 原子类型：PDB文件中对每个原子都有相应的原子类型标识，如碳、氧、氮等。
  • 原子连接关系：PDB文件中描述了原子之间的连接关系，即原子之间的化学键类型和连接方式。
  • 结构拓扑：PDB文件中还包含了分子的结构拓扑信息，如氨基酸残基之间的连接方式、螺旋、折叠等结构特征。
  • 元数据：PDB文件中还包含了实验测定方法、分辨率、作者、参考文献等元数据，用于描述分子结构的来源和相关信息。

PDB 应用：
PDB文件在生物分子结构研究、药物设计、蛋白质工程等领域具有广泛的应用场景。科研人员可以通过分析PDB文件中的结构信息，了解分子的空间构型、功能区域等特征，从而揭示生物分子的结构与功能之间的关系。

二、🍀导入pdb格式的模型

1. ☘️实现思路

  • 1、初始化renderer渲染器
  • 2、初始化Scene三维场景scene
  • 3、初始化camera相机，定义相机位置 camera.position.set，设置相机方向camera.lookAt。
  • 4、创建三个THREE.DirectionalLight平行光源dir1、dir2、dir3，设置三个平行光源的位置信息，场景scene中添加dir1、dir2、dir3平行光源。创建THREE.SpotLight聚光灯光源spotLight，设置spotLight的位置信息，场景scene中添加spotLight。
  • 5、加载几何模型：创建THREE.PDBLoader加载器loader，loader调用load方法加载‘aspirin.pdb’分子模型。在load回调函数中，处理分子顶点，使用球体几何体网格对象代表分子的原子顶点，scene中添加原子顶点，处理分子连线，使用管道几何体网格对象代表原子键，scene中添加原子键。具体代码参考代码样例。
  • 6、加入stats监控器，监控帧数信息。

2. ☘️代码样例

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
    <title>导入pdb格式的模型</title>
    <script type="text/javascript" src="../libs/three.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="../libs/PDBLoader.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="../libs/stats.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="../libs/dat.gui.js"></script>
    <style
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`THREE.PDBLoader` 是 Three.js 中的一个加载器，用于加载 PDB（Protein Data Bank）格式的文件。PDB 文件通常用于存储生物大分子（如蛋白质、核酸等）的原子坐标信息，以及相关的结构数据。这种格式广泛应用于生物化学、分子生物学和药物设计等领域。
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BufferAttribute:这个类用于存储与BufferGeometry相关联的 attribute（例如顶点位置向量，面片索引，法向量，颜色值，UV坐标以及任何自定义 attribute ）。在该向量与传入的向量v之间的线性插值，alpha是沿着线的长度的百分比 —— alpha = 0 时表示的是当前向量，alpha = 1 时表示的是所传入的向量v。获取给定索引的矢量的第一维元素 （即 X 值）。获取给定索引的矢量的第二维元素 （即 Y 值）。获取给定索引的矢量的第三维元素 （即 Z 值）。
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