R语言自定义编程进行决策曲线分析DCA曲线绘制(Decision Curve Analysis)

本文介绍了如何在R语言中自定义编程进行决策曲线分析DCA(Decision Curve Analysis),针对已有的预测概率和标签数据,提供两种实验方案。内容包括输出原始数据、绘制DCA曲线,以及提供了相关教程和参考资料。

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R语言自定义编程进行决策曲线分析DCA曲线绘制(Decision Curve Analysis)

我们可能使用别的语言获得了机器学习模型以及对应的预测概率和标签,我们想直接使用这些信息进行DCA曲线的绘制,可是R包中默认提供的方案都是打包的方法:

主要R函数及工具:

decision_curve_analysis

plot_decision_curve

plot_clinical_impact

我想要自定义怎么办????

我这里有一个方案:

# 输出原始数据并绘制DCA曲线(Decision Curve Analysis);

# 这样我们可以使用dca函数本身绘制的结果也可以导出数据使用python进行精细绘制都没有问题;

# 自定义决策曲线分析DCA曲线绘制(Decision Curve Analysis)

dca <- function(data, outcome, predictors, xstart=0.01, xstop=0.99, xby=0.01, 
  ymin=-0.05, probability=NULL, harm=NULL,graph=TRUE, intervention=FALSE, 
  interventionper=100, smooth=FALSE,loess.span=0.10) {
  
  # LOADING REQUIRED LIBRARIES
  require(stats)

  # data MUST BE 
### R语言DCA决策曲线分析绘制 #### 安装必要的软件包 为了执行决策曲线分析Decision Curve Analysis),首先需要安装`dca`或其他支持此功能的R包。可以使用如下命令完成安装: ```r install.packages("dcurves") # dcurves是一个专门用于处理DCA的库 ``` #### 加载数据集和准备环境 加载所需的库以及导入要分析的数据集,这里假设有一个名为`data.csv`的数据文件。 ```r library(dcurves) # 导入CSV格式的数据集 dataset <- read.csv("path/to/your/data.csv") # 查看前几行记录以确认数据结构 head(dataset) ``` #### 执行单个模型的DCA分析 对于单一预测模型而言,可以通过指定目标变量(`y`)预测概率列名来进行基本的DCA计算。 ```r result_single_model <- dca( data = dataset, outcome = "target_variable", # 替换为目标变量的实际名称 predictors = c("predicted_probabilities"), # 预测概率所在的列名 prevalence = NULL # 如果已知患病率可提供该参数 )[^1] print(result_single_model) # 输出结果概览 plot(result_single_model) # 绘制默认设置下的DCA图 ``` #### 多个模型对比的DCA绘图 当有多个竞争性的预测模型时,在同一张图表上展示它们各自的DCA表现有助于直观比较其优劣之处。 ```r results_multiple_models <- dca( data = dataset, outcome = "target_variable", predictors = c("modelA_probs", "modelB_probs", "modelC_probs"), prevalence = NULL )[^2] plot(results_multiple_models, plot_type="net_benefit", # 可选其他类型的图形表示方式 color_scheme="jco" # 设置配色方案 )[^4] ``` 以上代码片段展示了如何利用R语言及其相关包来实施决策曲线分析,并生成对应的可视化图形。这不仅能够帮助研究人员更好地理解各个预测模型在实际应用中的价值,而且也为医疗等领域提供了科学依据以便做出更合理的诊疗决定[^3]。
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