如何构造训练集跑vasp的AIMD和单点能？详细教程！

第一性原理、分子动力学与机器学习三者的交汇融合已在相关研究领域展现强劲的研究热潮。借助第一性原理计算揭示材料内在的量子特性，并结合分子动力学模拟探究材料在实际环境下的动态行为；运用机器学习算法与上述方法结合，开发高性能预测模型与模拟工具，能有效缩短研发周期，降低计算成本，实现对新型化合物性质的高精度预测。“ 第一性原理+ 分子动力学+ 机器学习”三位一体的综合手段 ，已经成为模拟计算的一个前沿方向，为解决传统计算化学方法面临的挑战提供了新的解决方案。

VASP 6.3 正式发布了机器学习力场功能，在IBRION=0 进行从头算分子动力学模拟（AIMD）时只需在INCAR中控制两个标签ML_LMLFF ；ML_ISTART便能在跑分子动力学时选择是否引入即时（on-the-fly）机器学习力场。官方宣称在从头算分子动力学模拟中引入on-the-fly机器学习力场将会显著降低模拟时间

本文介绍了如何利用VASP结合机器学习技术快速收敛AIMD（从头算分子动力学）模拟。首先，通过训练机器学习力场，生成关键文件如ML_ABN（包含结构数据集）、ML_FFN（存储回归结果）和ML_LOGFILE（记录训练日志）。接着，配置INCAR文件以设置计算参数，包括并行化、分子动力学和机器学习相关参数。KPOINTS文件用于定义K点网格。计算完成后，备份CONTCAR文件作为后续模拟的初始结构。最后，利用训练好的力场文件进行纯机器学习力场分子动力学模拟，并提交任务执行。

与经典分子动力学不同，第一性原理分子动力学不需要提供力场参数，只需要提供原子初始结构，就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力，求解牛顿运动方程。在运行优化任务时，VASP生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型；在运行AIMD任务时，记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多，能读取的兼容性也并不好。VASPKIT0.72版本之后支持了将XDATCAR转换成通用的多帧PDB文件的功能（504）以便可视化并进行后处理分析。但是并没有提供后处理分析接口，因此我们开发了一个P

需要有一个晶格大于10A的结构，这就需要你对原始结构进行超胞（如果原始结构小的话），比如说我现在有一个高精度优化的结构晶格常熟为a=b=c=6.4A，你就需要进行2x2x2的超胞得到新的结构POSCAR。然后你在将CONTCAR和POSCAR放入VESTA中进行对比，结构如果没有大的变化就代表稳定。TEBEG=300 TEEND=300 #温度，一般设置起始和终止温度为一个值进行讨论。NSW=5000 #5000步，你可以进行放大或缩小 但建议是5000起步。ISYM=0 #MD一般设置为0。

VASP做AIMD计算时，可以通过讲体系原子的初始速度都追加到POSCAR后面，具体参考CONTCAR的格式。在静力学计算过程输出的CONTCAR文件中，原子坐标后面追加的一行行的数字0.000…其实就是每个原子所对应的速度。系综设置主要通过MDALGO和ISIFSMASS只要是大于0就是NVT系综此外对于原子间的键长键角还可以通过输入文件ICONST来控制，具体参考官网说明：https://www.vasp.at/wiki/index.php/ICONST。

作者从图1（c）中发现， S和A（A=N，P或As）原子呈现明显的电子局域化，峰值在A–Z原子之间。Z=P，As）单层的能带结构，结果如图3所示。作者将Janus SZrAAs2（A=Si，Ge）中的电势差定义为ΔΦ，这归因于S侧和SiAs（GeAs）侧之间的轻微电负性差异，导致SZrAAs2（A=Si，Ge）内的电势差非常小。如图2所示，作者通过对SZrAZ2单层的声子色散谱进行分析，以评估其动力学稳定性，其中SZrSiN2和SZrGeN2单层具有虚频率，而其余四个结构的声子色散谱仅包含正频率。

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利用Device Studio生成文件的VASP基础计算个人总结

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之前的教程里我们介绍了一个XDATCAR_toolkit.py工具，将VASP的AIMD的轨迹转成PDB的格式，再借用VMD和MD Analysis软件包分析RDF(径向分布函数)和RMSD(均方根偏差)。可惜的是，PDB文件不能承载速度信息，因此我们用c++重新写了一个VASP2GRO程序，输出可以记录原子位置和原子速度的GRO轨迹，它是 GROMACS的私有文件格式，但是也被目前的...

大中小vasp做分子动力学的好处，由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件，在做电子scf速度方面有较好的优势。缺点：可选系综太少。尽管如此，对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。主要使用的系综是NVT和NVE。下面我将对主要参数进行介绍！一般做分子动力学的时候都需要较多原子，一般都超过100个。当原子数多的时候，k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行，不过这都需要严格的测试。通常超...