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MECANISMOS GENÉTICOS BÁSICOS
CAPÍTULO 4 DNA, cromossomos e genomas
ESTRUTURA E FUNÇÃO DO DNA
DNA é umlongo polímerocomposto por quatro tiposde subunidades quimicamente
O
semelhantes. Estudos de difração de raios X revelaram que o DNA é formado porduas fitas
de um polímero enroladas como uma hélice, uma observaçãocrucial para o modelo de
Watson e Crick, que elucida seu potencial de replicação e armazenamento de informação
genética.
● A molécula de DNA consiste em duas cadeias de nucleotídeos complementares.
○ Cada cadeia é umafita de DNA, composta por quatrotipos desubunidades
nucleotídicas.
○ As cadeias sãoantiparalelasentre si.
○ São unidas porligações de hidrogênioentre as porçõesdebasedos
nucleotídeos.
○ Osnucleotídeossão formados por umaçúcar de cincocarbonos
(desoxirribose), um ou maisgrupos fosfatoe umabasenitrogenada.
○ As quatro bases do DNA sãoadenina (A), citosina (C),guanina (G) e timina
(T).
○ Os nucleotídeos são ligados covalentemente por açúcares e fosfatos, formando
acadeia principal de açúcar-fosfato.
○ A sequência de bases (A, C, G, T) projeta-se da cadeia principal.
● A ligação dos nucleotídeos conferepolaridade químicaà fita de DNA, com
extremidades distintas: umaextremidade 3’ (hidroxila)e umaextremidade 5’
(fosfato). A cadeia de nucleotídeos é direcional elinear, permitindo a leitura da
informação como um texto.
● Aestrutura tridimensional da dupla-hélice de DNAderiva das características
químicas e estruturais das cadeias polinucleotídicas.
○ Todas asbases estão voltadas para o interior da dupla-hélice,enquanto a
cadeia principal de açúcar-fosfato está na região externa.
○ As bases se pareiam de forma complementar:adenina(A) sempre com timina
(T), eguanina (G) sempre com citosina (C).
■ Purinas (bases com dois anéis, A e G) pareiam com pirimidinas (bases
com um anel, T e C).
■ Duas ligações de hidrogênio são formadas entre A e T, e três entre G e
C.
○ Esse pareamento garante que cada par de bases tenha uma largura similar,
mantendo a estrutura uniforme ao longo da molécula.
○ As duas cadeias principais de açúcar-fosfato enrolam-se uma sobre a outra,
formando umadupla-hélice orientada à direita, completandouma volta a cada
10 pares de base.
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○ O pareamento de bases complementares só é possível se as duas fitas da
hélice foremantiparalelas.
● A estrutura do DNA oferece um mecanismo claro para ahereditariedade.
○ A informação genética é armazenada como umpolímerolinear de quatro tipos
de monômerosordenados em uma sequência definida.
○ Anatureza helicoidal duplado DNA permite a duplicação:cada fita de DNA
serve comomoldepara a síntese de uma nova fita complementar.Isso permite
que a informação genética seja fielmente copiada e transmitida às células
descendentes.
● Os organismos diferem uns dos outros por possuíremdiferentes sequências de
nucleotídeosem suas moléculas de DNA, que carregammensagens biológicas
distintas.
● Osgenes codificam proteínas. As propriedades e afunção biológica de uma proteína
são determinadas por suaestrutura tridimensional,que por sua vez é determinada
pelasequência linear de aminoácidosque a compõe.Portanto, a sequência linear de
nucleotídeos em um gene corresponde à sequência linear de aminoácidos em uma
proteína. Ocódigo genético(correspondência entreos quatro nucleotídeos do DNA e
os 20 aminoácidos) foi decifrado uma década após a descoberta da dupla-hélice. O
processo deexpressão gênicaconverte a sequêncianucleotídica do DNA em RNA e,
subsequentemente, em uma sequência de aminoácidos de uma proteína.
● Ogenomaé o conteúdo total da informação de um organismo,codificando todas as
moléculas de RNA e proteínas que ele pode sintetizar ao longo da vida. O genoma
humano possui3,2 bilhões de pares de nucleotídeose inclui aproximadamente21
mil genes que codificam proteínas.
● Em eucariotos, quase todo oDNA está contido no núcleocelular, um compartimento
que ocupa cerca de 10% do volume celular. O núcleo é delimitado por umenvelope
nuclearde duas membranas lipídicas concêntricas,perfuradas porporos nucleares. O
envelope nuclear é mecanicamente suportado por uma rede de filamentos
intermediários chamadalâmina nuclear. O envelopenuclear permite a concentração
de proteínas que atuam no DNA e mantém enzimas nucleares separadas das
citoplasmáticas, característica crucial para a função eucariótica.
DNA CROMOSSÔMICO E SUA COMPACTAÇÃO NA FIBRA DE
O
CROMATINA
função primordial do DNA écarregar os genes, queespecificam todas as moléculas de RNA
A
e proteínas de um organismo, incluindo quando, onde e em que quantidade devem ser
produzidas. O DNA nuclear dos eucariotos é organizado emcromossomos.
● O empacotamento do DNAé um desafio considerável:os 2 metros de DNA de uma
célula humana devem ser compactados em um núcleo de apenas 6 µm de diâmetro.
Essa tarefa complexa é realizada porproteínas especializadasque se ligam ao DNA,
enrolando-o em uma série de espirais e alças ordenadas, evitando emaranhados.
Apesar da intensa compactação, o DNA permanece acessível para replicação, reparo e
expressão gênica.
● Cadacromossomo eucarióticoconsiste em uma únicae enorme molécula deDNA
linearassociada a proteínas que a enovelam e empacotam.Esse complexo de DNA e
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roteínas fortemente associadas é denominadocromatina. Além das proteínas de
p
compactação (histonas), os cromossomos estão associados a outras proteínas e
moléculas de RNA essenciais para a expressão gênica, replicação e reparo do DNA.
● Com exceção de gametas e alguns tipos celulares especializados, cadanúcleo celular
humanocontémduas cópias de cada cromossomo(umaherdada da mãe e outra do
pai), que são chamadascromossomos homólogos. O únicopar de cromossomos não
homólogos é o dos cromossomos sexuais masculinos (X e Y). Uma célula humana
típica possui um total de46 cromossomos(22 paresautossômicos e dois
cromossomos sexuais).
● Os cromossomos humanos podem ser distinguidos individualmente pelacoloração
com corantes fluorescentesem uma técnica baseadaem hibridização de DNA
(cariotipagem espectral), que os identifica com cores diferentes. Essa coloração é mais
frequentemente realizada durante amitose, quandoos cromossomos estão mais
compactados e são facilmente visíveis. O arranjo ordenado do conjunto total de
cromossomos é chamadocariótipo.
● Anormalidades cromossômicas, como perda de partesou trocas entre cromossomos
(translocações), podem ser detectadas por alterações no padrão de bandas ou
coloração, sendo úteis para identificar condições hereditárias e rearranjos em células
tumorais.
● Oscromossomos carregam os genes, que são as unidadesfuncionais da
hereditariedade. Um gene é um segmento de DNA que contém instruções para produzir
uma proteína ou uma molécula de RNA funcionalmente importante.
● Existe uma correlação entre a complexidade de um organismo e onúmero de genes
em seu genoma. Genomas de plantas e animais multicelularescontêm, além dos
genes, umaenorme quantidade de DNA intercalantecomfunção ainda pouco
conhecida. Parte desse DNA extra é essencial para a expressão gênica adequada e
pode explicar sua abundância em organismos multicelulares, cujos genes precisam ser
regulados complexamente durante o desenvolvimento.
● Avariação no tamanho dos genomasentre espécies émuito mais explicada pelas
diferenças na quantidade deDNA intercalante(DNAnão codificador) do que pelas
diferenças no número de genes. Por exemplo, o genoma humano é 200 vezes maior
que o da levedura, mas 30 vezes menor que o de algumas plantas.
● Asequência nucleotídica do genoma humano(publicadaem 2004) revelou a
organização dos genes. Apenas cerca de1,5% do genomahumano codifica
proteínas. Quase metade do DNA cromossômico é compostaporsegmentos de DNA
móveis (elementos transponíveis).
● Otamanho médio dos genes que codificam proteínasem humanos é de 27 mil
pares de nucleotídeos, sendo que uma proteína de tamanhomédio requer apenas
cerca de 1.300 pares de nucleotídeos. A maior parte da sequência restante no gene
consiste emsegmentos de DNA não codificador que interrompemas sequências
codificadoras, chamados íntrons. As sequências codificadorassão denominadas
éxons. A maioria dos genes humanos é formada por umalonga sequência alternada de
éxons e íntrons, com os íntrons constituindo a maior parte. Em contraste, a maioria dos
genes de organismos com genomas compactos não possui íntrons.
● Cada gene está associado asequências de DNA regulador,que garantem que o gene
seja ativado e desativado no devido tempo, expresso no nível adequado e apenas em
determinados tipos celulares. Em humanos, essas sequências reguladoras estão
distribuídas por milhares de pares de nucleotídeos.
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● O genoma humano também contém milhares degenes que codificam moléculas de
RNA que não produzem proteínas, mas que desempenhamdiversas funções
importantes.
● Para formar umcromossomo funcional, uma moléculade DNA deve ser capaz de se
replicar, e as cópias replicadas devem ser separadas e fielmente divididas entre as
células-filhas a cada divisão celular. Esse processo ocorre nociclo celular.
● Durante ainterfase, os genes são expressos, e oscromossomos são replicados,
mantendo as duas réplicas unidas comocromátides-irmãs.Nessa fase, os
cromossomos estão estendidos. Durante amitose, oscromossomos se condensam,
permitindo a separação das cromátides-irmãs. Os cromossomos altamente
condensados em células em divisão são chamadoscromossomosmitóticos.
● Um cromossomo funcional precisa de três tipos de sequências nucleotídicas
especializadas no DNA, que controlam a replicação e segregação:
1. Origens de replicação do DNA: Locais onde a duplicaçãodo DNA é iniciada.
Cromossomos eucarióticos possuem muitas origens para garantir replicação
rápida.
2. Centrômero: Sequência de DNA que permite que uma cópiade cada
cromossomo duplicado seja levada a cada célula-filha. Umcinetocoro
(complexo proteico) se forma no centrômero, ligando o fuso mitótico aos
cromossomos duplicados. O centrômero também mantém as cromátides-irmãs
unidas até a segregação.
3. Telômeros: Extremidades dos cromossomos, contêm sequênciasnucleotídicas
repetidas que permitem replicação eficiente das extremidades e formam
estruturas que evitam que sejam confundidas com DNA danificado.
● Em eucariotos mais complexos, as sequências de DNA que formam os centrômeros e
as origens de replicação são muito mais longas do que em organismos simples como
leveduras. Um centrômero humano, por exemplo, pode ter até 1 milhão de pares de
nucleotídeos e é definido por uma grande estrutura de ácidos nucleicos e proteínas que
pode ser herdada, em vez de uma sequência de DNA específica.
● As moléculas de DNA estãoextremamente condensadasnos cromossomos. O
cromossomo 22 humano, por exemplo, tem 48 milhões de pares de nucleotídeos, que
estendidos teriam 1,5 cm, mas na mitose mede apenas 2 µm, representando uma
compactação de cerca de 7 mil vezes. Isso é alcançado por proteínas que enrolam e
enovelam o DNA em níveis crescentes de organização. O DNA dos cromossomos
interfásicos, embora menos condensado que os mitóticos, ainda é fortemente
compactado.
● Aestrutura cromossômica é dinâmica. Regiões específicasdos cromossomos de
interfase sedescondensampara permitir o acesso asequências de DNA para
expressão gênica, reparo e replicação, e então serecondensam. O empacotamento
deve permitir acesso rápido e localizado ao DNA conforme necessário.
● As proteínas que se ligam ao DNA para formar os cromossomos eucarióticos são
divididas em duas classes:histonaseproteínas cromossômicasnão histonas. O
complexo dessas proteínas com o DNA é acromatina.Em termos de massa, um
cromossomo é aproximadamente um terço DNA e dois terços proteína.
● Ashistonassão responsáveis pelo primeiro e maisbásico nível de organização
cromossômica: onucleossomo. A cromatina, quando parcialmentedesenrolada,
aparece como "contas em um colar", onde cada "conta" é umapartícula do cerne do
nucleossomo, que consiste em DNA enrolado em um núcleode histonas.
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● C adapartícula do cerne do nucleossomoé um complexo deoito proteínas histonas
(duas moléculas de H2A, H2B, H3 e H4) e uma fita dupla de DNA de 147 nucleotídeos
de comprimento. O octâmero de histonas forma um cerne proteico ao redor do qual a
fita dupla de DNA é enrolada.
● O comprimento da região deDNA de ligaçãoque separaum cerne de nucleossomo do
próximo pode variar. Em média, os nucleossomos se repetem a cada 200 pares de
nucleotídeos. A formação do nucleossomo compacta a molécula de DNA em uma fita
de cromatina com aproximadamente um terço de seu comprimento inicial.
● Aestrutura em alta resolução da partícula do cernedo nucleossomo(elucidada em
1997) mostra um cerne de histonas em forma de disco ao redor do qual o DNA se
enrola 1,7 vezes para a esquerda. As quatro histonas do cerne são pequenas e
apresentam um motivo estrutural comum chamadoenovelamentode histonas.
● A interface entre o DNA e a histona é extensa, com cerca de 142ligações de
hidrogênioe numerosas interações hidrofóbicas e pontessalinas. Mais de um quinto
dos aminoácidos das histonas são lisina ou arginina (básicas, carregadas
positivamente), que neutralizam a carga negativa da cadeia principal fosfodiéster do
DNA. Isso explica a capacidade das histonas de se ligarem a praticamente qualquer
sequência de DNA.
● Além do enovelamento, cada histona do cerne possui uma"cauda" N-terminal de
aminoácidosque se projeta para fora do cerne histona-DNA.Essas caudas são
sujeitas a diferentes tipos demodificações covalentesque controlam aspectos críticos
da estrutura e função da cromatina.
● As histonas são proteínas eucarióticas altamente conservadas evolutivamente,
sugerindo que quase todos os seus aminoácidos são essenciais para sua função.
Muitos organismos eucarióticos também produzem pequenas quantidades devariantes
de histonas especializadas, que diferem das histonasprincipais em sequência e,
combinadas com modificações covalentes, criam grande diversidade de estruturas da
cromatina.
● Os nucleossomos possuem umaestrutura dinâmica. ODNA em um nucleossomo
isolado se desenrola espontaneamente de suas extremidades a uma taxa de cerca de
quatro vezes por segundo, permanecendo exposto por 10 a 50 milissegundos antes de
se fechar novamente, tornando-o disponível para ligação com outras proteínas.
● Complexos de remodelagem da cromatina dependentes de ATPsão essenciais
para um "afrouxamento" adicional dos contatos entre DNA e histonas. Esses complexos
contêm uma subunidade ATPase que hidrolisa ATP para deslocar o DNA do cerne,
alterando temporariamente a estrutura do nucleossomo. Eles podem catalisar o
deslizamento dos nucleossomos, reposicionando-os paraexpor regiões específicas
do DNA e torná-las acessíveis a outras proteínas. Além disso, em cooperação com
chaperonas de histonas, alguns complexos podem removerdímeros de histonas
(H2A-H2B) ou o octâmero completo do cerne, permitindo a troca de histonas.
● As células possuem dezenas de complexos de remodelagem da cromatina
dependentes de ATP, cada um especializado em diferentes funções. Sua atividade é
cuidadosamente controlada, sendo direcionados a regiões específicas do DNA para
influenciar localmente a estrutura da cromatina.
● A posição exata de um nucleossomo ao longo de um segmento de DNA depende
principalmente da presença de outras proteínas fortemente associadas ao DNA, que
podem favorecer ou impedir a formação de nucleossomos adjacentes. O arranjo dos
nucleossomos no DNA é altamente dinâmico, adaptando-se rapidamente às
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ecessidades da célula devido à ação desses complexos de remodelagem.
n
● Os nucleossomos são geralmente condensados para formar umafibra de cromatina
compacta, tipicamente com 30 nm de diâmetro.
Ummodelo de zigue-zagueé proposto para o empilhamentodos nucleossomos em
●
uma fibra de 30 nm, embora a estrutura real seja menos regular em muitas regiões da
cromatina.
● O forte empilhamento entre os nucleossomos é mediado porligações
nucleossomo-nucleossomoque envolvem ascaudas dashistonas(especialmente a
cauda da H4) e a presença dahistona H1. A histonaH1 liga-se a cada nucleossomo,
fazendo contato com o DNA e a proteína, e alterando a direção do DNA ao sair do
nucleossomo, o que auxilia na compactação.
ESTRUTURA E FUNÇÃO DA CROMATINA
sta seção abordará os mecanismos que geram as diversas estruturas da cromatina em
E
diferentes regiões do genoma. Alguns tipos de estrutura da cromatina podem serherdados,
caracterizando uma forma deherança epigenética, quese baseia na estrutura da cromatina e
não em alterações da sequência de DNA. Essa herança se "sobrepõe" à herança genética
baseada no DNA.
● A herança epigenéticadesempenha uma função crucialna regulação da expressão
gênica. Serão detalhadas asmodificações covalentesdas histonasnos
nucleossomos, que atuam como sítios de reconhecimento para domínios proteicos que
se ligam a complexos específicos da cromatina. Assim, a estrutura da cromatina
influencia a expressão gênica e outros processos relacionados ao DNA, sendo vital para
o desenvolvimento, crescimento e manutenção de organismos eucarióticos.
● No núcleo interfásico de eucariotos superiores, distinguem-se dois tipos de cromatina: a
heterocromatina(forma altamente condensada) e aeucromatina(forma menos
condensada). A heterocromatina é uma forma compacta especial, grandemente
concentrada emcentrômeros e telômeros, mas tambémem outros locais dos
cromossomos, variando com o estado fisiológico da célula. Em uma célula de mamífero
típica, mais de 10% do genoma está empacotado como heterocromatina.
● O DNA na heterocromatina contém poucos genes; quando regiões de eucromatina são
convertidas em heterocromatina, seus genes são geralmentedesligados. A
heterocromatina não deve ser vista como "DNA morto", mas como domínios compactos
de cromatina que são anormalmente resistentes à expressão gênica.
● O estado da heterocromatina éautopropagável. A translocaçãode um segmento
eucromático para perto da heterocromatina pode causar osilenciamento (inativação)
de genes normalmente ativos, um fenômeno chamadoefeitoposicional. Esse efeito,
observado em Drosophila, leveduras, plantas e humanos, reflete a propagação do
estado de heterocromatina.
● Oefeito posicional variegadodemonstra que, uma vezestabelecida em um segmento
de cromatina, a condição de heterocromatina tende a ser herdada de forma estável pela
descendência da célula. Isso é análogo à inativação aleatória de um dos dois
cromossomos X em fêmeas de mamíferos, onde o cromossomo X inativado é mantido
em todas as células-filhas, formando um mosaico.
● Essa observação de "heterocromatina gera mais heterocromatina" sugere um
mecanismo de feedback positivoque propaga o estadode heterocromatina tanto no
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spaço (pelo cromossomo) quanto no tempo (entre gerações).
e
● Rastreamentos genéticos identificaram mais de cem genes cujos produtos aumentam
ou reduzem a propagação da heterocromatina. Muitos desses genes codificam
proteínas cromossômicas não histonasque interagemcom histonas e estão
envolvidas na modificação ou manutenção da estrutura da cromatina.
● Ascadeias laterais dos aminoácidos das quatro histonasdo cerne do
nucleossomoestão sujeitas a uma vasta gama demodificaçõescovalentes,
incluindoacetilação de lisinas, mono-, di- e trimetilaçãode lisinas e fosforilação de
serinas. Muitas dessas modificações ocorrem nascaudasN-terminais das histonas,
que se projetam para fora do nucleossomo. Existem mais de 20 modificações
específicas que também ocorrem no cerne globular do nucleossomo.
● Todas essas modificações sãoreversíveis, com enzimasespecíficas que as adicionam
(ex:histonas acetiltransferases (HATs),metiltransferasesde histonas) e outras que
as removem (ex:histonas desacetilases (HDACs),demetilasesde histonas). Essas
enzimas são recrutadas a sítios específicos da cromatina porproteínas reguladoras
da transcrição(fatores de transcrição). A sequênciade DNA, em última análise,
determina como as histonas são modificadas. As modificações covalentes nos
nucleossomos podem persistir por um longo tempo após o desaparecimento dos fatores
de transcrição que as induziram, proporcionando umamemóriaà célula que pode ser
transmitida entre gerações celulares.
● Diferentes padrões de modificações covalentes são observados em grupos de
nucleossomos, dependendo de sua posição no genoma e da história da célula. A
acetilação de lisinasnas caudas N-terminais relaxaa estrutura da cromatina, em parte
por remover a carga positiva da lisina e reduzir a afinidade das caudas aos
nucleossomos adjacentes. O efeito mais significativo das modificações de histonas é a
sua capacidade derecrutar outras proteínas específicaspara o segmento de
cromatina modificado. Por exemplo, atrimetilaçãode uma lisina específica na cauda
da histona H3 atrai a proteína HP1, que é específicada heterocromatina, contribuindo
para o estabelecimento e propagação da heterocromatina.
● Além das quatro histonas-padrão do cerne, os eucariotos contêm um pequeno conjunto
devariantes de histonasque podem formar nucleossomos.Essas variantes são
inseridas na cromatina já formada, principalmente durante a interfase, por um processo
de troca catalisado por complexos de remodelagem dependentes de ATP e chaperonas
de histonas.
● Modificações covalentes e variantes de histonas atuam em conjunto para
controlar as funções dos cromossomos. Embora hajaum vasto potencial de
diversidade nas marcações e variantes, as modificações de histonas ocorrem em
grupos coordenados.
● Algumas combinações de modificações de histonas têm um significado específico na
célula, determinando como o DNA compactado nos nucleossomos será acessado ou
manipulado, dando origem à ideia de um"código dehistonas". Diferentes marcas
podem indicar, por exemplo, replicação recente, dano ao DNA que requer reparo, ou o
momento e modo da expressão gênica. Váriasproteínasreguladoras contêm
pequenos domínios que se ligam a essas marcas específicas,como uma lisina
trimetilada na posição 4 da histona H3. Esses domínios frequentemente operam como
módulos em grandes proteínas ou complexos proteicos que reconhecem combinações
específicas de modificações nas histonas. O resultado é umcomplexo de leituraque
atrai outras proteínas para executar uma função biológica específica no momento certo.
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● A s marcas nos nucleossomos sãodinâmicas, sendo constantemente removidas e
adicionadas a velocidades que dependem da localização cromossômica. As caudas das
histonas, que se projetam para fora do cerne nucleossômico, são acessíveis e podem
ser prontamente alteradas de acordo com as necessidades da célula.
● Umcomplexo de proteínas de leitura e escrita (marcação)pode propagar
modificações específicas da cromatina ao longo do cromossomo. Enzimas que
adicionam modificações de histonas (enzimas de "escrita") podem ser inicialmente
recrutadas por proteínas de ligação ao DNA específicas da sequência. Após a enzima
de escrita criar sua marca em um ou alguns nucleossomos adjacentes, uma "proteína
de leitura" no mesmo complexo reconhece e se liga firmemente ao nucleossomo
recém-modificado. Essa ligação ativa a enzima de escrita, posicionando-a próxima ao
nucleossomo adjacente. Através de ciclos repetidos de escrita e leitura, a proteína de
leitura pode carregar a enzima de escrita ao longo do DNA, espalhando a marca pelo
cromossomo.
● Esse processo é complexo, envolvendo complexos proteicos que podem conter
diversas proteínas de leitura e escrita, e exigir várias marcas nos nucleossomos para
sua propagação. Muitos desses complexos também contêm uma proteína de
remodelagem da cromatina dependente de ATP, que pode atuar em conjunto para
condensar ou descondensar longos segmentos de cromatina.
● Um processo semelhante é usado para a remoção de modificações de histonas, onde
uma "enzima de remoção" (como uma histona demetilase ou desacetilase) é recrutada.
● Sequências de DNA de barreira bloqueiam a propagação dos complexos de leitura
e escrita, separando domínios de cromatina adjacentescom diferentes estruturas e
funções. Essas sequências indicam os limites dos domínios. Por exemplo, a sequência
HS4 separa o domínio de cromatina ativa do lócus da b-globina humana de uma região
adjacente silenciada. Sua remoção resulta no silenciamento de genes e um efeito
posicional variegado. As barreiras contêm sítios de ligação paraenzimas acetilases de
histonas, que acetilam lisinas e, assim, competemcom a metilação (necessária para a
propagação da heterocromatina).
● Acromatina nos centrômerosilustra como as variantesde histonas podem criar
estruturas especiais. Nucleossomos com variantes de histonas parecem produzir
marcas na cromatina de duração excepcionalmente longa. No centrômero, a região do
cromossomo essencial para a ligação ao fuso mitótico e a segregação das cópias do
genoma, há umavariante de histona H3 específica docentrômero, conhecida
como CENP-A.
● Centrômeros em organismos complexos são consideravelmente maiores do que em
leveduras e, embora contenham CENP-A, não parecem conter uma sequência de DNA
específica do centrômero. Eles consistem em sequências repetidas de DNA (DNA
satélite alfa em humanos), mas essas sequências também são encontradas em outras
posições não centroméricas. Isso indica que oscentrômerosde organismos
complexos são definidos por um conjunto de proteínas, em vez de uma sequência
específica de DNA. A formação espontânea de novoscentrômeros (neocentrômeros)
em cromossomos fragmentados, mesmo em regiões sem DNA satélite alfa, apoia essa
plasticidade.
● A inativação de centrômeros excessivos ou a formação de novos foram essenciais na
evolução para garantir que cada cromossomo contenha um e apenas um centrômero.
● Algumas estruturas da cromatina podem serherdadasdiretamente. A formação de um
centrômero requer um evento inicial de "semeadura" envolvendo nucleossomos com a
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ariante CENP-A. A presença de CENP-A em um nucleossomo herdado pode recrutar
v
seletivamente mais histonas CENP-A para nucleossomos recém-formados adjacentes,
assegurando que um novo centrômero seja produzido no mesmo local em ambos os
cromossomos-filhos após cada ciclo de divisão celular.
● A formação e manutenção dos centrômeros e de algumas regiões de heterocromatina
são processos altamente cooperativos, propagando-se de uma semente inicial de
maneira similar ao efeito posicional variegado. Esse recrutamento cooperativo de
proteínas, juntamente com a ação dos complexos de escrita e leitura, é responsável
pela propagação de formas específicas de cromatina no espaço e através das gerações
celulares.
● Aherança epigenéticaé crucial na formação de organismosmulticelulares, pois os
tipos celulares diferenciados são mantidos após repetidos ciclos de divisão celular. A
estrutura da cromatina desempenha um papel importante nessa transmissão
epigenética.
● Experimentos com embriões de rã sugerem que estruturas de cromatina de ativação e
repressão podem ser herdadas epigeneticamente. A dificuldade de reprogramar núcleos
de células diferenciadas em óvulos enucleados, especialmente de animais mais velhos,
deve-se, em parte, à manutenção e transmissão deestruturasespecíficas da
cromatina, resultando em expressão gênica inadequada.Isso demonstra que um
estado herdado da cromatina fundamenta amemória epigenética.
● O empacotamento do DNA em nucleossomos foi fundamental para a evolução dos
eucariotos, permitindo a especialização celular através da regulação de genes.
Variações locais na estrutura da cromatina, exclusivas de eucariotos, permitem que
genes permaneçam ativados ou desativados em estados estáveis. Isso inclui a
cromatina centromérica e a heterocromatina clássica (com proteína HP1), que
persistem de forma estável, e formas mais transitórias de cromatina condensada.
A ESTRUTURA GLOBAL DOS CROMOSSOMOS
urante a interfase, os cromossomos estão geralmente descondensados, dificultando a
D
visualização de detalhes estruturais. No entanto, presume-se um nível superior de
enovelamento, mesmo nesses cromossomos interfásicos, envolvendo o enrolamento da
cromatina em uma série de alças e espirais. A estrutura da cromatina interfásica é fluida e
muda em resposta às necessidades da célula.
● E studos decromossomos plumosos(lampbrush) em oócitosde anfíbios, que são
excepcionalmente grandes e estendidos, revelaram que os cromossomos são
organizados em uma série degrandes alças de cromatinaque se projetam de um eixo
cromossômico linear. A maioria dos genes presentes nessas alças está sendo
expressa, enquanto a maior parte do DNA permanece condensada no eixo do
cromossomo e não é expressa.
● Acredita-se que os cromossomos de interfase de todos os eucariotos sejam
organizados em alças de maneira similar. Tecnologias modernas de DNA, como a
captura de conformação cromossômica (3C), permiteminferir a presença dessas
alças, que podem ter de 50 mil a 200 mil pares de nucleotídeos, ou até 1 milhão.
● Oscromossomos politênicosde moscas (como a Drosophila),encontrados em
células poliploides gigantes com centenas de milhares de cópias do genoma alinhadas,
proporcionaram uma visualização detalhada de estruturas de cromatina.
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● N os cromossomos politênicos, observam-sebandas escuras e regiões interbandas
clarasalternadas. As bandas contêm cromatina maiscondensada e maior
concentração de proteínas, enquanto as interbandas contêm cromatina menos
condensada. Esse padrão de bandas se assemelha à organização em alças observada
nos cromossomos plumosos.
● Os cromossomos de interfase podem ser considerados ummosaico de estruturas de
cromatina, cada uma com modificações específicas nosnucleossomos e associada a
um conjunto particular de proteínas não histonas. O recrutamento dessas proteínas
pode se propagar por longas distâncias no DNA, transmitindo uma estrutura de
cromatina similar a grandes regiões do genoma, que são separadas por proteínas de
barreira.
● Análises em Drosophila identificarammúltiplas formasde cromatina, incluindo três
tipos principais de cromatina repressora e dois tipos em genes de transcrição ativa,
cada um associado a diferentes complexos de proteínas não histonas. A
heterocromatina clássica, por exemplo, contém a proteína HP1.
● Asalças de cromatina se descondensam quando os genesnelas contidos são
expressos. Nos cromossomos politênicos, isso se manifestacomo "puffs"
cromossômicos, que resultam da descondensação de uma única banda cromossômica.
A cromatina descondensada dentro de um puff sintetiza ativamente RNA.
● Observações em células humanas também indicam que alças de cromatina dobradas
se expandem e ocupam um volume maior quando um gene é expresso. Regiões
cromossômicas quiescentes aparecem como pontos compactos, mas ao expressar
seus genes, transformam-se em estruturas alongadas.
● Cada um dos 46 cromossomos de interfase em uma célula humana tende a ocupar seu
próprio território discretodentro do núcleo, sememaranhamento extensivo. Regiões
heterocromáticas estão intimamente associadas à lâmina nuclear, e regiões ricas em
genes parecem ausentes próximas ao envelope nuclear.
● A maior parte da cromatina nos cromossomos interfásicos, quando seus genes não
estão sendo expressos, está condensada em uma conformação deglóbulo fractal.
Este arranjo não emaranhado promove a máxima densidade de compactação e, ao
mesmo tempo, preserva a capacidade da fibra de cromatina de ser descondensada e
condensada facilmente.
● Aposição de um gene dentro do núcleo é alterada quandoeste é altamente
expresso. Uma região ativamente transcrita pode semover para fora de seu território
cromossômico, expandindo-se como uma alça. Esse movimento pode ser facilitado pela
reunião de proteínas necessárias para a transcrição em regiões nucleares específicas.
● O núcleo é altamente heterogêneo, contendoregiõesfuncionais distintas
(subcompartimentos nucleares)para onde determinadossegmentos de
cromossomos podem se mover para diferentes processos bioquímicos. Onucléoloé o
maior e mais evidente subcompartimento, sendo o local da formação das subunidades
ribossômicas e de outras reações especializadas. Outras organelas nucleares incluem
oscorpos de Cajale osaglomerados de grânulos deintercromatina.
● Esses subcompartimentos são compostos por redes de RNAs e proteínas que se
associam, formandoredes altamente permeáveisa outrasmacromoléculas, criando
ambientes bioquímicos distintos. Eles otimizam as reações complexas por meio de
compartimentalização, mas, por não possuírem membrana de bicamada lipídica, não
podem concentrar ou excluir pequenas moléculas específicas.
● A célula constrói esses ambientes para realizar tarefas bioquímicas complexas de forma
11
ficiente, como a expressão gênica. Eles são formados apenas quando necessário,
e
criando altas concentrações locais de enzimas e RNAs. Exemplos incluem "fábricas de
reparo" que se formam quando o DNA é danificado.
● Cromossomos mitóticos são especialmente supercondensados.Durante a mitose,
os cromossomos se tornam visíveis ao microscópio óptico, formando estruturas
altamente condensadas. Essa condensação reduz o comprimento de um cromossomo
interfásico em aproximadamente dez vezes, resultando em uma drástica mudança de
aparência.
● Um cromossomo mitótico típico no estágio de metáfase é composto porduas
cromátides-irmãs(moléculas de DNA replicadas) unidaspelos centrômeros. Cada
cromátide pode ser visualizada comoalças organizadasde cromatinaque emanam
de uma estrutura central. A ordem das características visíveis ao longo de um
cromossomo mitótico reflete grosseiramente a ordem dos genes na molécula de DNA. A
condensação dos cromossomos mitóticos é o nível final da hierarquia de compactação
cromossômica.
● A compactação dos cromossomos na mitose é um processo altamente organizado e
dinâmico, que serve a dois propósitos principais:
1. Desemaranhar as cromátides-irmãse dispô-las ladoa lado para facilitar a
separação pela maquinaria mitótica.
2. Proteger as moléculas de DNA, que são relativamentefrágeis, de quebras
durante a separação entre as células-filhas.
● A condensação dos cromossomos da interfase para os mitóticos começa no início da
fase M e está intimamente ligada à progressão do ciclo celular. Durante a fase M, a
expressão gênica é suspensa, e ocorrem modificações específicas nas histonas que
auxiliam na reorganização e compactação da cromatina. Duas classes de proteínas em
forma de anel, chamadascoesinas e condensinas, auxiliamnesse enovelamento.
COMO OS GENOMAS EVOLUEM
sequenciamento de genomas está revolucionando a compreensão da evolução, fornecendo
O
insights sobre o parentesco entre organismos e os mecanismos moleculares que
impulsionaram a evolução.
● G enes com funções semelhantes são encontrados em uma vasta gama de formas
de vida, e suas sequências nucleotídicas exibem umalto grau de conservação.Genes
homólogos, que são semelhantes em sequência e funçãodevido a um ancestral
comum, são frequentemente reconhecíveis mesmo através de grandes distâncias
filogenéticas. Homólogos de genes humanos podem ser encontrados em organismos
tão diversos quanto vermes, moscas, leveduras e bactérias, e a similaridade pode ser
tão acentuada que a porção codificadora de proteínas de um gene de levedura pode ser
substituída por seu homólogo humano.
● O reconhecimento de similaridades entre sequências é uma ferramenta importante para
associar genes a funções proteicas. Isso permite prevera função de genes humanos
para os quais não há informação bioquímica ou genética disponível, simplesmente
comparando suas sequências nucleotídicas com as de genes já caracterizados em
organismos mais estudados.
● A sequência de genes individuais é, em geral, mais fortemente conservada do que a
estrutura genômica completa. Características da organização dos genomas, como
12
tamanho, número de cromossomos, ordem dos genes, abundância e tamanho dos
íntrons, e quantidade de DNA repetitivo, variam consideravelmente entre organismos
distantes.
● Uma abordagem importante para decifrar o genoma humano é procurarsequências de
DNA muito semelhantes em diferentes espécies, partindodo princípio de que uma
sequência de DNA com função é mais provável de ser conservada do que uma sem
função. Por exemplo, humanos e camundongos divergiram há cerca de 80 milhões de
anos; as únicas regiões que permaneceram muito similares nos dois genomas são
aquelas onde mutações prejudicariam funções importantes e seriam eliminadas pela
seleção natural. Essasregiões conservadasinclueméxons codificadores de
proteínas, moléculas de RNA funcionalmente importantes, sequências reguladoras de
DNA e sequências com funções ainda desconhecidas. A maioria das regiões não
conservadas reflete DNA cuja sequência é menos crítica para a função.
● A comparação genômica de um grande número de espécies (incluindo ratos, galinhas,
peixes, cachorros, chimpanzés e humanos) revelou que cerca de5% do genoma
humano consiste em "sequências conservadas em multiespécies".Destas, apenas
cerca de um terço codifica proteínas. O restante consiste em regiões de sítios de
ligação a proteínas envolvidas na regulação gênica e moléculas de RNA não traduzidas
com outras finalidades. A função da maioria dessas sequências altamente conservadas
permanece sem explicação, indicando que ainda há muito a aprender sobre a biologia
celular de vertebrados.
● As alterações no genoma são causadas porfalhas nosmecanismos normais de
cópia e correção do DNA(erros na replicação, recombinaçãoou reparo) e pelo
movimento deelementos de DNA transponíveis. Os mecanismosde manutenção do
DNA são extremamente precisos, mas não perfeitos.
● Erros podem levar amutações pontuais(substituiçãode um par de bases) ou a
rearranjos genômicos de larga escala(deleções, duplicações,inversões e
translocações de DNA entre cromossomos).
● Oselementos móveis de DNA (transpósons)são uma fonteimportante de alterações
genômicas, pois são sequências parasitas de DNA capazes de se disseminar pelos
genomas, frequentemente interrompendo a função ou alterando a regulação de genes
existentes, e às vezes criando novos genes por fusões. Quase metade do DNA do
genoma humano consiste em vestígios de eventos de transposição passados.
● As diferenças entre os genomas de espécies vivas hoje são o resultado de mais de 3
bilhões de anos de acúmulo de alterações. Asárvoresfilogenéticas, baseadas na
comparação de sequências de genes e proteínas, descrevem a divergência evolutiva
entre as espécies. A grande similaridade entre os genes humanos e de chimpanzés, por
exemplo, é principalmente devido ao curto período de tempo para o acúmulo de
mutações.
● As alterações nas sequências de genes ou proteínas tendem a ocorrer a uma taxa
praticamente constante, fornecendo umrelógio molecularpara a evolução. Este
relógio anda mais rapidamente em sequências não sujeitas àseleção de purificação
(seleção que elimina mutações prejudiciais), como porções de íntrons não processadas,
a terceira posição de códons sinônimos, e pseudogenes (genes inativados por
mutações). Anda mais lentamente para sequências sob fortes restrições funcionais,
como as sequências de aminoácidos de proteínas que interagem com muitas outras, ou
sequências de RNA ribossômico.
● Em animais, oDNA mitocondrialtem um relógio molecularmuito mais rápido do que o
13
NA nuclear devido a uma taxa de mutação excepcionalmente alta. Categorias de DNA
D
com relógios mais rápidos são mais informativas para eventos evolutivos recentes (ex:
divergência entre Neandertais e Homo sapiens), enquanto as mais lentas são usadas
para eventos mais primitivos (ex: divergência entre bactérias, arqueias e eucariotos,
usando sequências de RNA ribossômico).
● Os relógios moleculares, quando bem escolhidos, oferecem uma definição temporal
mais específica e um guia mais confiável para as árvores filogenéticas do que os
métodos clássicos baseados em semelhanças anatômicas e de desenvolvimento.
● A comparação entre cromossomos humanos e de camundongos revela como a
estrutura dos genomas diverge. Embora os genomas tenham tamanhos e conjuntos de
genes semelhantes, a organização diverge significativamente, com cerca de 180
eventos de quebra e religação nas duas linhagens. No entanto, grandes blocos de DNA
mantêm a mesma ordem de genes, chamadosregiões desintenia.
● Pequenos blocos de sequência de DNA são removidos e adicionados aos genomas em
uma velocidade alta. Comparando genomas, camundongos perderam
aproximadamente 45% do genoma ancestral, enquanto humanos perderam 25%, mas a
aquisição de sequências por duplicações cromossômicas e transpósons compensou
essas perdas.
● Aadição de DNAnos genomas ocorre peladuplicaçãoespontânea de segmentos
cromossômicos(normalmente de dezenas de milharesde pares de nucleotídeos) e
pelainserção de novas cópias de transpósons ativos.Muitos eventos de
transposição são duplicativos, com o transpóson original permanecendo e uma cópia se
inserindo em um novo sítio.
● Otamanho do genoma de um vertebrado reflete as taxasrelativas de adição e
perda de DNAem uma linhagem. O peixe-baiacu,Fugurubripes, tem um genoma
mínimo para um vertebrado (0,4 bilhão de pares de nucleotídeos) devido ao pequeno
tamanho de seus íntrons e à ausência de DNA repetitivo em segmentos não
codificadores. Apesar disso, as posições dos íntrons emFugusão quase as mesmas
encontradas em genomas de mamíferos. Acredita-se que o genoma reduzido doFugu
seja resultado de uma taxa de adição de DNA muito reduzida ao longo de milhares de
anos, levando a uma "limpeza" do genoma, mantendo as sequências funcionalmente
importantes por seleção de purificação.
● Genomas ancestrais muito antigos não podem ser diretamente observados devido à
degradação do DNA. No entanto, é possível obter informações de sequências de DNA
de amostras ancestrais menos primitivas, como a reconstrução do genoma do homem
de Neandertal a partir de fragmentos ósseos de mais de 100 mil anos.
● Para ancestrais mais antigos, as sequências genômicas podem ser deduzidas
comparando simultaneamente sequências de DNA de diversas espécies modernas. Por
exemplo, as sequências de dezenas de mamíferos placentários podem ser usadas para
deduzir muito da sequência genômica do ancestral comum de 100 milhões de anos.
● Comparações multiespécies identificamsequências deDNA conservadas com
função desconhecida. Uma quantidade surpreendentede sequências de DNA não
codificadoras foi conservada durante a evolução dos mamíferos, a maioria delas curtas
(50 a 200 pares de nucleotídeos). As"sequências nãocodificadoras
ultraconservadas"são segmentos com mais de 100 nucleotídeosque são exatamente
os mesmos em humanos, camundongos e ratos, muitos deles inalterados desde a
divergência de aves e mamíferos há 300 milhões de anos. Essa rigorosa conservação
sugere uma função importante mantida pela seleção de purificação, mas a natureza
14
xata dessas funções é desconhecida.
e
● Muitas das sequências conservadas não codificadoras produzemmoléculas de RNA
não traduzido, como os milhares deRNAs não codificadoreslongos (lncRNAs), que
parecem desempenhar funções importantes na regulação da expressão gênica. Outras
são pequenas regiões de DNA que direcionam a ligação de proteínas envolvidas na
regulação gênica. No entanto, a função da maioria desse DNA conservado permanece
sem explicação, destacando a necessidade de mais pesquisas.
● Alterações em sequências previamente conservadas podem ajudar a decifrar etapas
críticas na evolução. A busca por alterações aceleradas em sequências conservadas
entre humanos e chimpanzés identificouRegiões AceleradasHumanas (HARs), que
são sequências de DNA que acumularam alterações nucleotídicas excepcionalmente
rápido durante os 6 milhões de anos de evolução humana. Essas HARs podem refletir
funções vantajosas que nos diferenciam. Um quarto das HARs identificadas estão
próximas a genes associados ao desenvolvimento neural. A HAR1F, um RNA não
codificador de 118 nucleotídeos, é expressa no córtex cerebral humano durante um
período decisivo do desenvolvimento cerebral.
● Deleções de sequências conservadas em outras espécies, mas ausentes em humanos,
também foram estudadas. Muitas dessas deleções afetam regiões que regulam a
expressão de genes próximos, frequentemente associados à função neural ou
sinalização por esteroides, sugerindo sua importância na evolução humana.
● Mutações nas sequências de DNA que controlam a expressão gênica
impulsionaram muitas das alterações evolutivas em vertebrados. Novas
sequências reguladoras de DNA que surgiram na evolução dos vertebrados estão
associadas a genes que codificam proteínas reguladoras de transcrição, proteínas
envolvidas na organização do desenvolvimento embrionário, receptores de sinalização
extracelular e proteínas que atuam na modificação pós-traducional. Isso sugere que a
lógica da rede de regulação gênica em vertebrados foi estabelecida precocemente, com
alterações evolutivas mais recentes focando no aprimoramento de parâmetros
quantitativos.
● Aduplicação gênica também fornece uma fonte importantede novidades
genéticasdurante a evolução, criando novos genese modificando os existentes.
Genes foram repetidamente duplicados, e as cópias divergiram para atuar em novas
funções, criando famílias de genes.
● A duplicação gênica ocorre em altas taxas em todas as linhagens evolutivas,
contribuindo para a adição de DNA. Duplicações de segmentos (50 mil a 250 mil pares
de nucleotídeos) são comuns e parecem resultar de erros na replicação do DNA ou
reparo inexato de quebras cromossômicas. Eventos de duplicação criaram mais
diferenças entre humanos e chimpanzés do que as substituições de nucleotídeos.
● Os destinos dos genes recém-duplicados são:
○ Perda de função: Na maioria dos casos, uma cópia podeser inativada por
mutações, tornando-se umpseudogene. A similaridadede sequência entre o
pseudogene e o gene funcional diminui com o tempo devido ao acúmulo de
mutações.
○ Duplicação e divergência: Ambas as cópias permanecemfuncionais, mas
divergem na sequência e no padrão de expressão, assumindo funções
diferentes. Esse processo explica a presença de grandes famílias de genes
relacionados em organismos complexos e é importante para o aumento da
complexidade biológica.
15
● A duplicação de genomas inteirosé um exemplo crítico de duplicação e divergência,
comum em fungos e plantas. Em mamíferos, é incerto se houve duplicação total do
genoma ou uma série de duplicações de segmentos.
● Estudos no genoma do peixe-zebra, que teve pelo menos uma duplicação de genoma
inteiro, revelaram que 30% a 50% das cópias duplicadas de genes divergiram
funcionalmente e permaneceram ativas. Muitas vezes, a diferença funcional mais óbvia
é a expressão em diferentes tecidos ou estágios de desenvolvimento. Uma teoria
sugere que mutações levemente deletérias em ambas as cópias as protegem da perda,
e elas então adquirem características novas e especializadas.
● Aevolução da família de genes da globinaexemplificacomo a duplicação produz
proteínas novas. As globinas derivam de um gene ancestral comum. A hemoglobina,
que transporta oxigênio, evoluiu de uma cadeia polipeptídica de globina simples para
uma molécula de quatro cadeias (duas alfa e duas beta), permitindo um transporte de
oxigênio mais eficiente por meio de interações alostéricas cooperativas.
● No genoma humano, os genes da b-globina estão dispostos em um cromossomo, e os
da a-globina em outro, resultado de uma translocação na linhagem de aves e
mamíferos há cerca de 300 milhões de anos.
● Existempseudogenes de globinanos blocos de genes,que são sequências
duplicadas, mas inativadas por mutações que impedem sua expressão como proteínas
funcionais.
● Genes que codificam novas proteínas podem ser criados pela recombinação de
éxons. Cada éxon geralmente codifica um domínio proteico.A organização em éxons
separados por íntrons longos facilitou a evolução de novas proteínas, permitindo
duplicações por quebra e religação em múltiplos sítios dentro dos íntrons, sem perturbar
o domínio.
● As sequências genômicas mostram que éxons e elementos reguladores funcionaram
como elementos modulares, que foram duplicados e se moveram pelo genoma, criando
a diversidade da vida.
● Mutações neutras(nem prejudiciais nem benéficas)também se difundem e são fixadas
na população, contribuindo significativamente para as alterações evolutivas dos
genomas. A probabilidade de fixação de uma nova mutação neutra em uma população
diploide de tamanho constante N é de aproximadamente 1/(2N).
● A variação entre humanos:
○ Duas pessoas aleatoriamente escolhidas tipicamente diferem em cerca de0,1%
de suas sequências de DNA.
○ Variações no número de cópias (CNVs - copy number variations):
Diferenças envolvendo perda ou ganho de longos blocos de DNA, totalizando
cerca de 3 milhões de pares de nucleotídeos por indivíduo, muitas vezes
contendo genes conhecidos. CNVs estão associadas a traços humanos como
daltonismo, infertilidade, hipertensão e suscetibilidades a doenças.
○ Polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs - single-nucleotide
polymorphisms): Mutações pontuais na sequência genômicaonde uma grande
proporção da população humana possui um nucleotídeo, e outra parte
substancial possui outro. Dois genomas humanos escolhidos aleatoriamente
diferirão em aproximadamente 2,5 milhões de SNPs (1 a cada 1.300 pares de
nucleotídeos). A maioria dos SNPs tem pouco ou nenhum efeito na aptidão
humana.
○ Repetições CA (microssatélites): Sequências com omotivo (CA)n que se
16
r eplicam com baixa fidelidade devido a deslizamentos durante a replicação,
resultando em grande variabilidade no número de repetições (n) entre genomas,
sendo marcadores genéticos ideais.
Um desafio crucial da genética humana é reconhecer as poucas variações
●
funcionalmente importantes em meio a uma enorme quantidade de variações neutras e
sem consequências. As variações podem modificar proteínas, alterar a dosagem de
genes e ter efeitos drásticos no desenvolvimento, saúde, fisiologia, comportamento e
físico humanos.