astro<-function(node.gwas,edge.string,all.nodes){ ##Diffusion net=graph_from_data_frame(d=edge.string,vertices=node.gwas,directed=F) E(net)$weight=as.numeric(as.character(edge.string[,"combined_score"])) net.clean=igraph::simplify(net, remove.loops = T, remove.multiple = T , edge.attr.comb = c(weight="max","ignore")) page.rank=page_rank(net.clean, personalized=as.numeric(node.gwas[,"padj"]), weights=E(net.clean)$weight) node.gwas=cbind(node.gwas,page.rank$vector) colnames(node.gwas)[ncol(node.gwas)]="page.rank" deg=igraph::degree(net.clean)

<think>好的，我现在需要帮助用户解决如何基于Seurat包的FindMarkers结果进行GO富集分析及绘图的问题。首先，我得回忆一下用户提供的引用内容。用户提到了三个引用，其中引用1是关于富集分析的，使用clusterProfiler进行GO、KEGG等分析，基于超几何分布。引用2是质控过滤的步骤，包括线粒体基因比例计算和可视化。引用3提到了参考基因组的注释文件来源，比如GENCODE。 用户的问题集中在如何利用FindMarkers的结果进行GO富集分析和绘图。他们可能已经完成了差异表达分析，现在需要进一步的富集分析来理解基因的功能。首先，我需要确定FindMarkers的输出结构。通常，FindMarkers会生成一个包含基因名、p值、logFC等信息的表格。用户需要提取显著差异表达的基因列表，通常是那些p值小于0.05且logFC绝对值较大的基因。 接下来，进行GO富集分析。根据引用1，用户需要使用clusterProfiler包，这可能涉及将基因标识转换为Entrez ID或者ENSEMBL ID，因为不同的数据库可能要求不同的ID格式。用户需要确保使用的注释文件与之前的分析一致，如引用3提到的gtf文件。这可能涉及到基因ID的转换步骤，比如使用org.Hs.eg.db这样的物种注释包。 然后，进行富集分析的具体步骤。使用enrichGO函数，指定正确的OrgDb、keyType（如SYMBOL），以及ontology（BP、CC、MF）。用户需要注意调整参数，比如pvalueCutoff和qvalueCutoff，以及是否使用readable参数来转换ID为可读的基因名。 绘图部分，常见的可视化方法包括点图、条形图、网络图等。clusterProfiler提供了dotplot、barplot、emapplot等功能。用户可能还需要调整图表样式，比如颜色、标签大小，以满足发表需求。此外，用户可能希望将富集结果与差异表达结果结合，比如火山图上标记富集通路的关键基因，但需要额外处理。 用户可能在步骤中遇到的常见问题包括基因ID不匹配、没有显著富集结果、或绘图时的美观调整。需要提醒他们检查基因ID是否正确转换，适当放宽或收紧p值阈值，以及调整图表参数。此外，如果使用其他数据库如KEGG，步骤类似，但需注意物种缩写是否正确。 最后，确保用户了解整个流程，从差异基因提取到富集分析再到可视化，每个步骤的代码是否正确，并引用相关资源，比如clusterProfiler的文档或教程。可能需要验证示例代码是否适应用户的数据结构，特别是基因名称的匹配问题，避免因ID类型不一致导致的错误。</think>### 基于Seurat差异基因的GO富集分析及可视化流程 ----- #### **步骤1：准备差异基因列表** 1. 通过`FindMarkers`获取差异表达基因（DEGs）结果： ```r # 假设seurat_obj为处理后的Seurat对象 deg_results <- FindMarkers(seurat_obj, ident.1 = "组1", ident.2 = "组2") # 筛选显著差异基因（示例阈值：p_val_adj < 0.05且|avg_log2FC| > 0.5） significant_genes <- rownames(subset(deg_results, p_val_adj < 0.05 & abs(avg_log2FC) > 0.5)) ``` ----- #### **步骤2：基因ID转换** 需将基因名称转换为Entrez ID或ENSEMBL ID以适应富集分析工具： ```r library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 替换为对应物种的注释包 # 基因符号转Entrez ID（需处理可能的重复或缺失） gene_ids <- bitr(significant_genes, fromType = "SYMBOL", toType = "ENTREZID", OrgDb = org.Hs.eg.db) entrez_ids <- gene_ids$ENTREZID ``` ----- #### **步骤3：执行GO富集分析** 使用`enrichGO`函数进行GO富集： ```r ego <- enrichGO(gene = entrez_ids, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType = "ENTREZID", ont = "BP", # 可选BP(生物过程)/CC(细胞组分)/MF(分子功能) pAdjustMethod = "BH", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, readable = TRUE) # 将Entrez ID转回基因符号 ``` ----- #### **步骤4：可视化富集结果** **1. 点图展示富集结果**（按p值排序）： ```r dotplot(ego, showCategory=20, font.size=10, title="GO Biological Process 富集分析") + theme(axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) ``` **2. 网络图显示功能关联**： ```r emapplot(ego, showCategory=15, color="p.adjust", layout="kk") + ggtitle("GO富集网络关系") ``` **3. 富集结果数据导出**： ```r write.csv(ego@result, "GO_enrichment_results.csv") ``` ----- #### **注意事项** 1. **注释文件一致性**：确保使用的基因注释文件（如`.gtf`）与单细胞测序分析时一致[^3]； 2. **ID类型验证**：若出现大量未注释基因，检查基因符号与数据库的命名规则是否匹配； 3. **阈值调整**：若无显著富集结果，可尝试放宽`pvalueCutoff`至0.1； 4. **多数据库联合分析**：结合KEGG/Reactome分析可提高结果可靠性[^1]。

这个错误信息是由于在计算网络的PageRank时，重置向量的元素和为零导致的无效值。重置向量是用来指定初始排名的向量，它的元素和必须不为零。 要解决这个问题，你可以检查一下你提供的参数，特别是`node.gwas`和`as.data.frame(string)`。确保它们的值和格式正确，并且不会导致重置向量的元素和为零。 另外，你还可以尝试使用其他合适的参数或调整现有参数，以确保计算PageRank时不会出现无效值的情况。