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densenet 3D代码

时间: 2023-07-23 07:59:41 浏览: 176
DenseNet是一种深度神经网络模型,它的主要特点是在网络中引入了密集连接(Dense Connection),使得网络中的信息流动更加充分,从而提高了模型的性能。PyTorch是一个基于Python的深度学习框架,它提供了丰富的工具和接口,方便用户进行模型的构建、训练和测试。 以下是一个基于PyTorch实现的DenseNet代码示例: ```python import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F class Bottleneck(nn.Module): def __init__(self, in_channels, growth_rate): super(Bottleneck, self).__init__() self.bn1 = nn.BatchNorm2d(in_channels) self.conv1 = nn.Conv2d(in_channels, 4 * growth_rate, kernel_size=1, bias=False) self.bn2 = nn.BatchNorm2d(4 * growth_rate) self.conv2 = nn.Conv2d(4 * growth_rate, growth_rate, kernel_size=3, padding=1, bias=False) def forward(self, x): out = self.conv1(F.relu(self.bn1(x))) out = self.conv2(F.relu(self.bn2(out))) out = torch.cat([out, x], 1) return out class DenseBlock(nn.Module): def __init__(self, in_channels, growth_rate, num_layers): super(DenseBlock, self).__init__() self.layers = nn.ModuleList([Bottleneck(in_channels + i * growth_rate, growth_rate) for i in range(num_layers)]) def forward(self, x): for layer in self.layers: x = layer(x) return x class Transition(nn.Module): def __init__(self, in_channels, out_channels): super(Transition, self).__init__() self.bn = nn.BatchNorm2d(in_channels) self.conv = nn.Conv2d(in_channels, out_channels, kernel_size=1, bias=False) self.pool = nn.AvgPool2d(kernel_size=2, stride=2) def forward(self, x): out = self.conv(F.relu(self.bn(x))) out = self.pool(out) return out class DenseNet(nn.Module): def __init__(self, growth_rate=32, block_config=(6, 12, 24, 16), num_classes=100): super(DenseNet, self).__init__() self.conv1 = nn.Conv2d(3, 64, kernel_size=7, stride=2, padding=3, bias=False) self.bn1 = nn.BatchNorm2d(64) self.pool1 = nn.MaxPool2d(kernel_size=3, stride=2, padding=1) self.dense1 = DenseBlock(64, growth_rate, block_config[]) self.trans1 = Transition(256, 128) self.dense2 = DenseBlock(128, growth_rate, block_config[1]) self.trans2 = Transition(512, 256) self.dense3 = DenseBlock(256, growth_rate, block_config[2]) self.trans3 = Transition(1024, 512) self.dense4 = DenseBlock(512, growth_rate, block_config[3]) self.avgpool = nn.AdaptiveAvgPool2d((1, 1)) self.fc = nn.Linear(1024, num_classes) def forward(self, x): out = self.conv1(x) out = self.bn1(out) out = F.relu(out) out = self.pool1(out) out = self.dense1(out) out = self.trans1(out) out = self.dense2(out) out = self.trans2(out) out = self.dense3(out) out = self.trans3(out) out = self.dense4(out) out = self.avgpool(out) out = out.view(out.size(), -1) out = self.fc(out) return out ``` 这个代码实现了一个DenseNet模型,包括Bottleneck、DenseBlock、Transition和DenseNet四个部分。其中Bottleneck是DenseNet中的基本单元,DenseBlock由多个Bottleneck组成,Transition用于进行下采样,DenseNet则由多个DenseBlock和Transition组成。在实现过程中,我们使用了PyTorch提供的各种模块和函数,如nn.Module、nn.ModuleList、nn.BatchNorm2d、nn.Conv2d、nn.AvgPool2d、nn.AdaptiveAvgPool2d、F.relu等,这些工具和接口大大简化了模型的构建过程。
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import torch import torch.nn as nn import torch.optim as optim from monai.networks.nets import DenseNet121 from monai.transforms import Compose, LoadImage, EnsureChannelFirst, ToTensor from torch.utils.data import DataLoader, Dataset import os # 设定 CPU 运行 device = torch.device("cpu") train_root = r"E:\dataset\train" test_root = r"E:\dataset\test" # **遍历患者文件夹** class NiftiDataset(Dataset): def __init__(self, data_dir): self.data_files = [] for patient_folder in os.listdir(data_dir): patient_path = os.path.join(data_dir, patient_folder) if os.path.isdir(patient_path): for file in os.listdir(patient_path): if file.endswith(".nii.gz"): self.data_files.append(os.path.join(patient_path, file)) # **修正 LoadImage,确保正确读取 NIfTI** self.transform = Compose([ LoadImage(image_only=True, reader="NibabelReader"), # 指定 NIfTI 读取方式 EnsureChannelFirst(), # 确保 3D 数据格式正确 ToTensor() ]) def __len__(self): return len(self.data_files) def __getitem__(self, idx): img = self.transform(self.data_files[idx]) label = 1 if "positive" in self.data_files[idx] else 0 return img, torch.tensor(label, dtype=torch.long) # **添加 if __name__ == "__main__": 保护代码** if __name__ == "__main__": # **加载数据** train_dataset = NiftiDataset(train_root) test_dataset = NiftiDataset(test_root) # **Windows 下 num_workers=0 避免多进程问题** train_loader = DataLoader(train_dataset, batch_size=2, shuffle=True, num_workers=0, pin_memory=True) test_loader = DataLoader(test_dataset, batch_size=2, num_workers=0, pin_memory=True) # **定义 3D CNN 模型** model = DenseNet121(spatial_dims=3, in_channels=1, out_channels=2).to(device) # 改为 CPU 运行 criterion = nn.CrossEntropyLoss() optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=0.001) # **训练 3D CNN** for epoch in range(10): model.train() for images, labels in train_loader: images, labels = images.to(device), labels.to(device) # 确保数据也在 CPU 上 optimizer.zero_grad() outputs = model(images) loss = criterion(outputs, labels) loss.backward() optimizer.step() print(f"✅ Epoch {epoch + 1} Loss: {loss.item():.4f}") # **保存模型** torch.save(model.state_dict(), "3d_cnn_model_cpu.pth") 这个代码出现错误EOFError: Compressed file ended before the end-of-stream marker was reached The above exception was the direct cause of the following exception:

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