alphafold3安装

### 如何在不同操作系统上安装 AlphaFold3 #### Windows 上的安装方法 对于希望在Windows环境下运行AlphaFold3的研究人员来说，推荐的方法是通过WSL2(Windows Subsystem for Linux 2)来创建一个Linux环境[^1]。一旦设置了WSL2并选择了合适的Linux发行版之后，就可以按照Linux下的说明继续操作。 为了简化过程，在Windows上的另一种选择是利用Docker容器技术。这可以通过下载官方提供的Docker镜像文件实现自动化配置所需的依赖关系和库版本控制[^2]。 #### macOS 上的安装指南 针对macOS用户而言，由于其基于Unix的操作系统特性，可以直接参照Linux部分来进行设置。然而需要注意的是，某些特定硬件加速功能可能无法得到充分利用，因为并非所有的GPU都支持必要的CUDA驱动程序。因此建议先确认设备兼容性再做决定是否采用此路径前进。 另外一种方式是在Mac电脑上面使用虚拟机软件如VirtualBox或者Parallels Desktop加载Ubuntu等linux发行板从而间接完成部署工作；又或者是借助Homebrew包管理器配合Conda环境构建工具达成目的。 #### Linux 上的具体步骤 当涉及到具体执行命令时，则主要集中在以下几个方面： - **准备阶段**：确保已更新系统的软件源列表，并安装基本开发工具集以及Python解释器。 - **环境搭建**：创建独立的工作空间用于存放项目代码及相关数据集；激活virtualenv或conda virtual environment以隔离全局环境的影响。 - **获取资源**：克隆GitHub仓库中的AlphaFold3源码至本地目录下；依据README文档指示下载预训练模型参数及其他辅助材料。 - **编译与测试**：根据个人需求调整Makefile里的选项开关后尝试编译整个工程；最后跑一遍自带的例子验证一切正常运作即可。 ```bash # 更新apt-get索引并安装基础组件 sudo apt update && sudo apt install -y build-essential git python3-pip wget # 创建一个新的conda环境名为alphafold_env conda create --name alphafold_env python=3.8 conda activate alphafold_env # 使用pip安装其他必需品 pip install --upgrade pip setuptools wheel pip install tensorflow==2.5.0 jax jaxlib dm-haiku ml-collections numpy scipy matplotlib pandas seaborn absl-py chex reverb optax biopython openmm openmmplugin pdbfixer isambard py3dmol kalignprogs # 下载AlphaFold3源代码 git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git ~/alphafold cd ~/alphafold # 设置环境变量指向OpenMM插件位置 export OPENMM_PLUGIN_DIR=/usr/local/lib/plugins/ # 运行预测示例脚本 python3 run_alphafold.py \ --fasta_paths=<path_to_your_protein_sequence_file> \ --output_dir=./results/ ```