import torch import torch.nn.functional as F from torch_geometric.nn import GCNConv class GCN(torch.nn.Module): def __init__(self, in_channels, hidden_channels, out_channels): super(GCN, self).__init__() self.conv1 = GCNConv(in_channels, hidden_channels) self.conv2 = GCNConv(hidden_channels, out_channels) def forward(self, x, edge_index): # 第一层卷积 + ReLU x = F.relu(self.conv1(x, edge_index)) # 第二层卷积 + LogSoftmax x = self.conv2(x, edge_index) return F.log_softmax(x, dim=1) # 初始化模型 model = GCN(dataset.num_node_features, 16, dataset.num_classes) optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01, weight_decay=5e-4)

时间: 2025-03-24 22:13:20 浏览: 40
### 定义和初始化基于 PyTorch Geometric 的 GCN 模型 在 PyTorch Geometric 中,定义和初始化一个图卷积网络(Graph Convolutional Network, GCN)模型可以通过继承 `torch.nn.Module` 并利用内置的 `GCNConv` 层来完成。以下是详细的说明以及代码示例。 #### 1. 图卷积网络的核心参数 当构建 GCN 模型时,通常需要指定以下几个核心参数: - **num_nodes**: 图中节点的数量[^3]。 - **in_channels**: 输入特征的维度。 - **out_channels**: 输出特征的维度。 - **hidden_channels**: 隐藏层的特征维度。 - **num_layers**: 卷积层数量。 这些参数决定了模型的结构及其复杂度。 #### 2. 初始化策略 对于 GCN 模型的权重矩阵,可以采用多种初始化方式,例如 Xavier 初始化、正态分布初始化等[^2]。PyTorch 提供了便捷的方法来进行这种初始化。 #### 3. 归一化计算 为了提高收敛速度并防止梯度爆炸或消失,在 GCN 的前向传播过程中会涉及边索引 (`edge_index`) 和节点特征 (`x`) 的归一化处理[^4]。这一步骤通过调整邻接矩阵的幂次实现。 下面是完整的代码实现: ```python import torch from torch.nn import Linear from torch_geometric.nn import GCNConv from torch_geometric.utils import degree class GCN(torch.nn.Module): def __init__(self, num_features, hidden_channels, out_channels, num_layers=2, dropout=0.5): super(GCN, self).__init__() # 构建多层GCN架构 self.convs = torch.nn.ModuleList() self.convs.append(GCNConv(num_features, hidden_channels)) # 第一层输入到隐藏层 for _ in range(num_layers - 2): self.convs.append(GCNConv(hidden_channels, hidden_channels)) self.convs.append(GCNConv(hidden_channels, out_channels)) # 最后一层从隐藏层到输出 self.dropout = dropout def forward(self, data): x, edge_index = data.x, data.edge_index # 前向传播过程 for i, conv in enumerate(self.convs[:-1]): x = conv(x, edge_index) x = torch.relu(x) # 使用ReLU激活函数 x = torch.dropout(x, p=self.dropout, training=self.training) # 最后的卷积层不需要激活函数 x = self.convs[-1](x, edge_index) return x # 示例:创建一个具有两层的GCN模型 model = GCN( num_features=16, hidden_channels=32, out_channels=7, num_layers=2, dropout=0.5 ) print(model) ``` 上述代码展示了如何定义一个多层 GCN 模型,并设置了默认的超参数值。每一层都应用了 ReLU 激活函数以引入非线性特性[^5]。 #### 关于归一化的进一步解释 如果需要手动执行归一化,则可以在 `forward()` 方法之前加入以下逻辑: ```python row, col = edge_index deg = degree(col, x.size(0), dtype=x.dtype) deg_inv_sqrt = deg.pow(-0.5) deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0 norm = deg_inv_sqrt[row] * deg_inv_sqrt[col] data.edge_weight = norm # 将归一化系数存储为属性 ``` 此部分代码实现了对邻接矩阵的对称归一化操作。 --- ###
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# 环境需求:pip install torch torch_geometric import torch import torch.nn.functional as F from torch_geometric.data import Data, Dataset from torch_geometric.nn import GCNConv from torch_geometric.loader import DataLoader # 1. 定义GNN模型 class FaultDetector(torch.nn.Module): def __init__(self, num_features, hidden_dim): super().__init__() self.conv1 = GCNConv(num_features, hidden_dim) self.conv2 = GCNConv(hidden_dim, 2) # 二分类输出 def forward(self, data): x, edge_index = data.x, data.edge_index x = self.conv1(x, edge_index) x = F.relu(x) x = F.dropout(x, training=self.training) x = self.conv2(x, edge_index) return F.log_softmax(x, dim=1) # 2. 生成模拟数据(实际使用时需替换为真实数据) def generate_sample(): # 节点特征(假设每个节点有5个传感器特征) x = torch.randn(10, 5) # 10个节点,每个节点5个特征 # 边连接(随机生成示例拓扑) edge_index = torch.tensor([[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8], [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]], dtype=torch.long) # 标签(随机生成示例标签,0表示正常,1表示故障) y = torch.tensor([0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0], dtype=torch.long) return Data(x=x, edge_index=edge_index, y=y) # 3. 训练参数设置 device = torch.device('cpu') model = FaultDetector(num_features=5, hidden_dim=16).to(device) optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01) # 4. 训练循环 def train(): model.train() data = generate_sample().to(device) for epoch in range(100): optimizer.zero_grad() out = model(data) loss = F.nll_loss(out, data.y) loss.backward() optimizer.step() if epoch % 10 == 0: pred = out.argmax(dim=1) correct = (pred == data.y).sum().item() acc = correct / data.y.size(0) print(f'Epoch {epoch:3d} | Loss: {loss:.4f} | Acc: {acc:.2f}') # 5. 执行训练 if __name__ == "__main__": train()显示这段代码的运行结果

import scipy.io import torch from torch_geometric.data import Data from torch_geometric.nn import GNNExplainer from torch_geometric.utils import to_networkx import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx from edge_index_to_adj_node_edge import edge_index_to_adj_node_edge # 加载 .mat 文件 mat_file = "D:/GNN/wy0303-62OLD/data/data0318/data0318.mat" # 替换为你的 .mat 文件路径 mat_data = scipy.io.loadmat(mat_file) # 提取数据 edge_index = mat_data['edge_index'] # 边的索引 n_s = mat_data['n_s'] # 源节点特征 n_d = mat_data['n_d'] # 目标节点特征 m_s = mat_data['m_s'] # 可能是边特征 m_d = mat_data['m_d'] # 可能是边特征 E = mat_data['E'] # 可能是一些额外的图特征 sc = mat_data['sc'] # 可能是额外的图特征 adj_matrix = edge_index_to_adj_node_edge(edge_index) # 如果存在邻接矩阵 # 转换为 PyTorch 张量 edge_index_tensor = torch.tensor(edge_index, dtype=torch.long) node_features_tensor = torch.cat((torch.tensor(n_s, dtype=torch.float), torch.tensor(n_d, dtype=torch.float)), dim=0) # 处理节点特征(聚合特征维度,得到一个二维张量) node_features_processed = node_features_tensor.mean(dim=(1, 2, 3)) # 你可以根据需要修改此方法 # 创建 PyTorch Geometric 数据对象 data = Data(x=node_features_processed, edge_index=edge_index_tensor) # 加载预训练的模型 model = torch.load('D:/GNN/wy0303-62OLD/best_model.pt') model.eval() # 设置为评估模式 # 选择一个节点进行解释 node_idx = 0 # 选择图中的一个节点进行解释 # 使用 GNNExplainer 进行解释 explainer = GNNExplainer(model, epochs=200) print(f"edge_index type: {type(data.edge_index)}") print(f"edge_index shape: {data.edge_index.shape}") # 在调用 explain_node 时传递所有额外的输入(包括 edge_index) # 这里我们明确传递 edge_index 给模型和 explainer # n_s, n_d, m_s, m_d, E, sc,edge_index,adj_matrix explanation = explainer.explain_node( node_idx, data.x, data.edge_index, m_d=m_d, m_s=m_s, E=E, sc=sc, adj_matrix=adj_matrix, ) # 可视化结果 G = to_networkx(data) # 转换为 NetworkX 图对象 pos = nx.spring_layout(G) # 获取图的布局 # 可视化图 plt.figure(figsize=(8, 8)) nx.draw(G, pos, with_labels=True, node_color='lightblue', node_size=500) nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=explanation.edge_mask, edge_color='r'

这段代码:“class FastGATv2(nn.Module): def __init__(self, in_dim, out_dim, heads=8): super().__init__() self.heads = heads self.out_dim = out_dim self.W = nn.Linear(in_dim, heads * out_dim, bias=False) self.attn = nn.Sequential( nn.Linear(2 * out_dim, 256), nn.LeakyReLU(0.2), nn.Linear(256, 1), nn.LayerNorm(1)) self.proj = nn.Linear(heads * out_dim, out_dim) nn.init.xavier_uniform_(self.W.weight) def forward(self, x, edge_index, edge_weight): row, col = edge_index # [2, E] N = x.size(0) # 特征变换 h = self.W(x).view(N, self.heads, -1) # [N, H, D] # 注意力计算 h_cat = torch.cat([h[row], h[col]], dim=-1) alpha = self.attn(h_cat).squeeze(-1) # [E, H] # 应用边权重 if edge_weight is not None: alpha = alpha * edge_weight.view(-1, 1) # 稳定的softmax alpha = scatter_softmax(alpha, col, dim=0) # 消息聚合 out = torch.zeros(N, self.heads, self.out_dim, device=x.device) scatter_add(alpha.unsqueeze(-1) * h[row], col, dim=0, out=out) return self.proj(out.view(N, -1))”报错:“ File "E:/YF文件/GCN_predict/GAT/KM-实验/gat_gru_no-test3.py", line 144, in forward scatter_add(alpha.unsqueeze(-1) * h[row], col, dim=0, out=out) File "E:\deeplearning\project\BiLSTM-CRF-NER-main\venv\lib\site-packages\torch_scatter\scatter.py", line 29, in scatter_add return scatter_sum(src, index, dim, out, dim_size) File "E:\deeplearning\project\BiLSTM-CRF-NER-main\venv\lib\site-packages\torch_scatter\scatter.py", line 23, in scatter_sum return out.scatter_add_(dim, index, src) RuntimeError: Expected all tensors to be on the same device, but found at least two devices, cuda:0 and cpu! (when checking argument for argument index in method wrapper_scatter_add_) ”请修改

def preprocess_adj(edge_index, num_nodes, device='cuda'): # 步骤1:构建稀疏邻接矩阵 row, col = edge_index adj = torch.sparse_coo_tensor( indices=edge_index, values=torch.ones_like(row, dtype=torch.float), size=(num_nodes, num_nodes) ).to(device) # 步骤2:添加自环 adj_selfloop = adj + torch.eye(num_nodes).to(device) # 步骤3:对称归一化 (D^-0.5 A D^-0.5) deg = torch.sparse.sum(adj_selfloop, dim=1).to_dense() # 计算度矩阵 deg_inv_sqrt = torch.pow(deg, -0.5) deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0 deg_inv_sqrt = torch.diag(deg_inv_sqrt).to_sparse() # 转换为稀疏对角矩阵 # 稀疏矩阵乘法优化 adj_norm = torch.sparse.mm(deg_inv_sqrt, adj_selfloop) adj_norm = torch.sparse.mm(adj_norm, deg_inv_sqrt) return adj_norm.coalesce() # 优化存储格Traceback (most recent call last): File "D:\LHH_BSYJ\LP-5\ControlSCD\models\Step_1.py", line 361, in <module> loss,x_heatmap,y_heatmap,x1,x2,x3,x,y1,y2,y3,y,mask1,mask2,mask3,mask = model(x1,x2,mask) File "D:\Anaconda3\envs\LINHAIHAN\lib\site-packages\torch\nn\modules\module.py", line 1194, in _call_impl return forward_call(*input, **kwargs) File "D:\LHH_BSYJ\LP-5\ControlSCD\models\Step_1.py", line 333, in forward x1,x2,x3,x,y1,y2,y3,y,mask1,mask2,mask3,mask = self.encoder(x, y,mask) File "D:\LHH_BSYJ\LP-5\ControlSCD\models\Step_1.py", line 304, in encoder x = self.FCN.layer1(self.GCN_1(torch.cat([x, mask],dim=1))) File "D:\Anaconda3\envs\LINHAIHAN\lib\site-packages\torch\nn\modules\module.py", line 1194, in _call_impl return forward_call(*input, **kwargs) File "D:\LHH_BSYJ\LP-5\ControlSCD\models\Step_1.py", line 245, in forward self.adj_norm = preprocess_adj(edge_index, x.size(1)) File "D:\LHH_BSYJ\LP-5\ControlSCD\models\Step_1.py", line 184, in preprocess_adj adj_selfloop = adj + torch.eye(num_nodes).to(device) RuntimeError: add(sparse, dense) is not supported. Use add(dense, sparse) instead.

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