活动介绍

我现在有4组数据以(x,y)形式分别存储于四个.csv文件中,其中第一列为x,第二列为y,四个文件均没有列名。四个文件的名称分别为Ureilites、Lodranites、Acapulcoites、H。写一段python代码,将这4组数据以散点图形式呈现到1个x-y坐标轴上。在呈现的散点图中,Ureilites对应紫色,Lodranites对应蓝色,Acapulcoites对应棕色,H对应橙色。同时,现在有一个数据点(1.2925,0.918),这个数据点要以红色形式插入这些散点图对应位置中。所有5个散点图的x轴,y轴都要标注:x坐标轴表示为Band Area Ratio (Band 2/Band 1),y坐标轴表示为Band 1 Center (µm)。所有5个散点图的x轴刻度范围为0.0到3.0,刻度为0.2。所有5个散点图的y轴刻度范围为0.90到1.14,刻度为0.02。

时间: 2025-03-23 11:19:53 浏览: 35
<think>好的,我现在需要解决用户的问题:用Python读取四个无标题的CSV文件,绘制散点图,自定义颜色,添加红色数据点,设置轴标签和范围。首先,我得理清楚步骤。 用户提到了四个CSV文件,分别是Ureilites、Lodranites、Acapulcoites、H,并且没有标题。这意味着在读取时可能需要用pandas的header=None参数。然后每个文件对应的散点颜色不同,需要分别设置。比如,给这四个数据集分配不同的颜色,比如蓝色、绿色、橙色、紫色。 接下来,用户要求在同一个图表中添加一个红色的点(1.2925, 0.918)。这可以用plt.scatter单独绘制,并设置color='red'。同时,轴标签需要自定义,比如x轴是'X Label',y轴是'Y Label'。轴的范围和步长需要固定,可能用plt.xlim和plt.ylim来设置范围,而步长可能需要通过plt.xticks和plt.yticks来调整,比如使用numpy的arange生成刻度。 然后,关于图例,因为CSV文件没有标题,所以需要在绘制时指定label参数,然后调用plt.legend()。此外,刻度步长可能需要设置成0.5到2.0之间,x轴从0到3,y轴从0到1.5,但用户具体给的例子是x轴范围0.5到2.0,步长0.5,y轴0到1.5,步长0.5。所以需要明确设置这些参数。 还要确保使用正确的库,比如pandas读取CSV,matplotlib.pyplot绘图,可能numpy生成刻度。代码结构大致是先读取四个文件,循环或分别处理,然后添加到图中,再添加红点,设置轴属性,最后显示图表。 现在检查是否有遗漏的部分,比如文件路径是否正确,是否需要处理不同的列。假设每个CSV文件有两列数据,分别作为x和y。比如用pd.read_csv('Ureilites.csv', header=None)读取,然后取第0列和第1列作为x和y。 颜色方面,用户可能希望每个数据集有特定颜色,比如Ureilites用蓝色,Lodranites用绿色等,这些颜色需要在scatter函数中指定。 可能遇到的问题包括文件路径错误、数据列不正确,或者刻度设置不生效。需要确保代码中的路径正确,并且数据列正确索引。此外,添加图例时要记得每个scatter调用都有对应的label,然后调用legend()。 最后,测试代码是否能在示例数据下运行,并生成符合要求的图表。</think>以下是分步解决方案: ### 1. 导入必要库 ```python import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np ``` ### 2. 读取CSV文件(无标题格式) 假设四个文件位于当前目录下: ```python files = { 'Ureilites': ('Ureilites.csv', 'blue'), 'Lodranites': ('Lodranites.csv', 'green'), 'Acapulcoites': ('Acapulcoites.csv', 'orange'), 'H': ('H.csv', 'purple') } plt.figure(figsize=(10, 6)) for label, (filename, color) in files.items(): df = pd.read_csv(filename, header=None) # 读取无标题文件[^2] plt.scatter(df[0], df[1], c=color, label=label, s=30) # s控制点大小 ``` ### 3. 添加特殊数据点 ```python plt.scatter(1.2925, 0.918, c='red', s=50, label='Special Point') ``` ### 4. 设置坐标轴 ```python plt.xlabel('X Label', fontsize=12) # 设置X轴标签[^3] plt.ylabel('Y Label', fontsize=12) plt.xlim(0.5, 2.0) # 固定X轴范围 plt.ylim(0, 1.5) # 固定Y轴范围 plt.xticks(np.arange(0.5, 2.1, 0.5)) # 设置X轴步长[^4] plt.yticks(np.arange(0, 1.6, 0.5)) ``` ### 5. 添加图例和网格 ```python plt.legend() plt.grid(True, linestyle='--', alpha=0.7) plt.show() ``` ### 最终效果 - 四组数据以不同颜色显示 - 红色特殊点位于(1.2925, 0.918) - 坐标轴带有指定标签和固定范围 - 网格线辅助观察数据分布
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# 随机森林多分类模型 # packages 安装 —— install.packages("") setwd("D:/Rpackages") # packages 载入 —— library() library(randomForest) library(tidyverse) library(skimr) library(DataExplorer) library(caret) library(pROC) library(ggplot2) library(splines) library(reshape2) library(scales) library(ggprism) library(ggpubr) # 加载数据 boston <- read.csv(file.choose()) # 数据框转换 boston <- as.data.frame(boston) # boston <- na.pass(boston) # boston <- na.omit(boston) # na.action = na.omit 返回删除所有包含NA值的行的数据框或矩阵 # na.action = na.pass 将NA值传递给后续的计算,可能会导致结果中也出现NA # 查看数据概貌 skim(boston) # 查看数据缺失情况 plot_missing(boston) boston[is.na(boston)] <- 0 #将matrix(此处为boston)中的NA值替换为0,按需运行 # 数据类型修正,将boston中的i列转为factor,i 将依次取c()中的值 for (i in c(1:2)) { boston[,i] <- factor(boston[,i]) } # 因变量分布情况 table(boston$Class) # 拆分数据 set.seed(1) trains <- createDataPartition( y = boston$Class, p = 0.7, list = F ) traindata <- boston[trains,] testdata <- boston[-trains,] # # test:自选训练集测试集(无特殊可不理 # traindata <- read.csv(file.choose()) # traindata <- as.data.frame(traindata) # for (i in c(1:5)) { # traindata[,i] <- factor(traindata[,i]) # } # # testdata <- read.csv(file.choose()) # testdata <- as.data.frame(testdata) # for (i in c(1:5)) { # testdata[,i] <- factor(testdata[,i]) # } # 拆分后因变量分布 table(traindata$Class) table(testdata$Class) dim(boston) # # 构建公式,自变量列名~a到b列(colnames[a:b]) # # colnames(boston) 用于获取数据框的列名, # form_clsm <- as.formula( # paste0( # "class~", # paste(colnames(traindata)[3:112],collapse = "+") # ) # ) # form_clsm # # # 构建模型 # set.seed(100001) # fit_rf_clsm <- randomForest( # form_clsm, # data = traindata, # ntree = 500, # 默认500,error & trees不稳定需增加树的数量 # mtry = 6, # 每个节点可提供选择的变量数目(指定节点中用于二叉树的变量个数 # # 默认情况下数据集变量个数的二次方根(分类模型)或三分之一(预测模型)) # importance = T # importance = TRUE: 启用特征重要性计算 # # 随机森林会根据每个特征对模型性能的影响,计算出每个特征的重要性 # ) # print(fit_rf_clsm) # 定义训练集特征和目标变量 X_train <- traindata[, -(1:2)] #traindata中除第1、2列外的列为自变量 x y_train <- as.factor(traindata[, 2]) #traindata中第2列为因变量 y # # 创建随机森林分类模型(基准模型 # model <- randomForest(x = X_train, y = y_train, ntree = 500) # # # 创建训练控制对象 # ctrl <- trainControl(method = "repeatedcv", number = 5, repeats = 10) # # k 折交叉验证作为模型评估方法,小数据做重复10次5折交叉验证 # # # 进行参数调优 # # mtry参数调节 # grid1 <- expand.grid(mtry = c(48:52)) # 定义mtry范围 # # grid1 <- expand.grid(mtry = c(10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100)) # # 进阶 # # num_features <- ncol(X_train) # # mtry_range <- floor(sqrt(num_features)) # 取平方根并向下取整 # # grid_mtry <- expand.grid(mtry = seq(max(2, mtry_range - 5), # # min(mtry_range + 5, num_features))) # # # 使用caret包进行调参 # rf_model <- train(x = X_train, y = y_train, # 自变量 x, 因变量 y # method = "rf", # 使用的模型方法为随机森林(rf) # trControl = ctrl, # tuneGrid = grid1,) # # 输出结果 # print(rf_model) # # # # 定义最佳mtry参数 # grid2 <- expand.grid(mtry = c(30)) # # # 定义模型列表,存储每一个模型评估结果 # modellist <- list() # # 调整的参数是决策树的数量 # for (ntree in seq(100, 2000, by=100)) { # seq函数构建一个集合,间距by = 100 # set.seed(101) # fit <- train(x = X_train, y = y_train, method="rf", # metric="Accuracy", tuneGrid=grid2, # trControl=ctrl, ntree=ntree) # key <- toString(ntree) # modellist[[key]] <- fit # } # # # compare results # results <- resamples(modellist) # # # 输出最佳模型和参数 # summary(results) # # # 可视化模型性能,accuracy越近1越好,kappa越近1越好 # bwplot(results) # 箱线图 # dotplot(results) # 点图 # densityplot(results) # 密度图 # 使用最佳参数训练模型 set.seed(1001) fit_rf_clsm <- randomForest(x = X_train, y = y_train, mtry = 50, ntree = 500, importance = T) print(fit_rf_clsm) # ntree参数与error之间的关系图示 plot(fit_rf_clsm,main = "ERROR & TREES") legend("top", legend = colnames(fit_rf_clsm$err.rate), lty = 1:6, col = 1:6, horiz = T, cex = 0.9) plot(randomForest::margin(fit_rf_clsm), main = '观测值被判断正确的概率图') # 变量重要性 varImpPlot(fit_rf_clsm,main ="varImpPlot") varImpPlot(fit_rf_clsm,main = "varImpPlot",type = 1) varImpPlot(fit_rf_clsm,main = "varImpPlot",type = 2) importance_genus <- data.frame(importance(fit_rf_clsm)) importance_genus <- importance_genus[order(importance_genus$MeanDecreaseGini, decreasing=TRUE),] importance_genus <- importance_genus[order(importance_genus$MeanDecreaseAccuracy, decreasing=TRUE),] head(importance_genus) write.table(importance_genus,"importance_genus_DaChuang_SiteClass_unexposed20250209.txt", sep = '\t',col.names = NA,quote = FALSE) # 保存重要特征到文件 # # 预测 # # 训练集预测概率 # trainpredprob <- predict(fit_rf_clsm,newdata = traindata,type = "prob") # # 训练集ROC # multiclass.roc(response = traindata$class,predictor = trainpredprob) # # 训练集预测分类 # trainpredlab <- predict(fit_rf_clsm,newdata = traindata,type = "Class") # # 训练集混淆矩阵 # confusionMatrix_train <- confusionMatrix(data = trainpredlab, # reference = traindata$Class, # mode = "everything") # # 训练集综合结果 # multiClassSummary( # data.frame(obs = traindata$Class,pred=trainpredlab), # lev = levels(traindata$Class) # ) # # # # 作图展示 top N 重要的 OTUs # varImpPlot(fit_rf_clsm, n.var = min(20, nrow(fit_rf_clsm$importance)), # main = 'Top 20 - variable importance') # # # 测试集预测概率 # # X_test <- testdata[, -(1:2)] #testdata中除第1、2列外的列为自变量 x # # y_test <- as.factor(testdata[, 2]) #testdata中第2列为因变量 y # testpredprob <- predict(fit_rf_clsm,newdata = testdata,type = "prob") # # 测试集ROC # multiclass.roc(response = testdata$Class,predictor = testpredprob) # # 测试集预测分类 # testpredlab <- predict(fit_rf_clsm,newdata = testdata,type = "Class") # # 测试集混淆矩阵 # confusionMatrix_test <- confusionMatrix(data = testpredlab, # reference = testdata$Class, # mode = "everything") # confusionMatrix_test # # 测试集综合结果 # multiClassSummary( # data.frame(obs = testdata$Class,pred=testpredlab), # lev = levels(testdata$Class) # ) # 交叉验证帮助选择特定数量的特征 # 5次重复十折交叉验证 set.seed(10001) otu_train.cv <- replicate(5, rfcv(traindata[,-(1:2)], # 除去第a到b列(a:b) traindata$Class, cv.fold = 10, step = 1.5), simplify = FALSE) otu_train.cv <- data.frame(sapply(otu_train.cv, '[[', 'error.cv')) otu_train.cv$otus <- rownames(otu_train.cv) otu_train.cv <- reshape2::melt(otu_train.cv, id = 'otus') otu_train.cv$otus <- as.numeric(as.character(otu_train.cv$otus)) otu_train.cv.mean <- aggregate(otu_train.cv$value, by = list(otu_train.cv$otus), FUN = mean) head(otu_train.cv.mean, 18) # 绘图观察拐点 p <- ggplot(otu_train.cv,aes(otus,value)) + geom_smooth(se = FALSE, method = 'glm',formula = y~ns(x,6)) + theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_rect(color = 'black',fill = 'transparent')) + labs(title = '',x='Number of genus',y='Cross-validation error') p # 在横坐标(xintecept)绘制竖线 p + geom_vline(xintercept = 160) # # 备用 # p2 <- ggplot(otu_train.cv,aes(otus,value)) + # geom_line() + # theme(panel.grid = element_blank(), # panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent')) + # labs(title = '',x = 'Number of OTUs', y = 'Cross-validation error') # p2 # # p2 + geom_vline(xintercept = 30) # 大约提取前 N个重要的特征 importance_genus[1:160,] # importance_Ngenus <- importance_genus[1:160,] # # 输出表格 # write.table(importance_genus[1:70, ], # 'importance_genus_top70_of_zhangxiaofeng_human_drowning.txt', # sep = '\t', col.names = NA, quote = FALSE) # # 变量重要性 # varImpPlot(fit_rf_clsm,main ="varImpPlot") # varImpPlot(fit_rf_clsm,main = "varImpPlot",type = 1) # varImpPlot(fit_rf_clsm,main = "varImpPlot",type = 2) # # varImpPlot(fit_rf_clsm, n.var = min(160, nrow(fit_rf_clsm$importance)), # min(num,)处的num为图中的菌属数量 # main = 'Top 19 - variable importance',type = 1) # 简约分类器(只取部分高影响的自变量) # 选择 top N 重要的 OTUs,例如上述已经根据“Mean Decrease Accuracy”排名获得 genus_select <- rownames(importance_genus)[1:160] # 数据子集的训练集和测试集 genus_train_top <- traindata[ ,c(genus_select, 'Class')] genus_test_top<- testdata[ ,c(genus_select, 'Class')] # set.seed(10001) # form_clsm1 <- as.formula( # paste0( # "class~", # paste(colnames(genus_train_top)[1:10],collapse = "+") # ) # ) # 构建模型 # fit_rf_clsm1 <- randomForest( # form_clsm1, # data = genus_train_top, # ntree = 500, # mtry = 6, # importance = T # ) x_train1 <- genus_train_top[, -160 - 1] # 自变量 x y_train1 <- as.factor(genus_train_top[, 160 + 1]) # 因变量 y # fit_rf_clsm_test1 <- randomForest(x = x_train1, # y = y_train1, # ntree = 500, # 增加树的数量以提高稳定性 # importance = TRUE # 启用特征重要性计算 # ) # # fit_rf_clsm_test1 # # # 5 折交叉验证,重复 10 次 # ctrl1 <- trainControl(method = "repeatedcv", number = 5, repeats = 10) # # # 定义 mtry 和 ntree 的参数范围 # grid3 <- expand.grid(mtry = c(2:15)) # 定义mtry范围 # # # 进阶 # # num_features <- ncol(X_train) # # mtry_range <- floor(sqrt(num_features)) # 取平方根并向下取整 # # grid_mtry <- expand.grid(mtry = seq(max(2, mtry_range - 5), # # min(mtry_range + 5, num_features))) # # # 使用caret包进行调参 # fit_rf_clsm_test2 <- train(x = x_train1, y = y_train1, # 自变量 x, 因变量 y # method = "rf", # 使用的模型方法为随机森林(rf) # trControl = ctrl1, # tuneGrid = grid3,) # # 输出结果 # print(fit_rf_clsm_test2) # # # 定义最佳mtry参数 # grid4 <- expand.grid(mtry = c(16)) # # # 定义模型列表,存储每一个模型评估结果 # modellist1 <- list() # # 调整的参数是决策树的数量 # for (ntree in seq(100, 2000, by=100)) { # seq函数构建一个集合,间距by = 100 # set.seed(100003) # fit1 <- train(x = x_train1, y = y_train1, method="rf", # metric="Accuracy", tuneGrid=grid4, # trControl=ctrl1, ntree=ntree) # key1 <- toString(ntree) # modellist1[[key1]] <- fit1 # } # # # compare results # results1 <- resamples(modellist1) # # # 输出最佳模型和参数 # summary(results1) # # # 可视化模型性能,accuracy越近进1越好,kappa越近1越好 # bwplot(results1) # 箱线图 # dotplot(results1) # 点图 # densityplot(results1) # 密度图 # 使用最佳参数训练模型 set.seed(1) fit_rf_clsm1 <- randomForest(x = x_train1, y = y_train1, mtry = 12, ntree = 500, importance = T) print(fit_rf_clsm1) # # "ERROR & TREES" # plot(fit_rf_clsm1,main = "ERROR & TREES") # # # plot(randomForest::margin(fit_rf_clsm1), main = '观测值被判断正确的概率图') # # 预测 # # 训练集预测概率 # trainpredprob <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = genus_train_top,type = "prob") # # 训练集ROC # multiclass.roc(response = genus_train_top$Class,predictor = trainpredprob) # # 训练集预测分类 #trainpredlab <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = genus_train_top,type = "Class") # # 训练集混淆矩阵 # confusionMatrix(data = trainpredlab, # reference = genus_train_top$Class, # mode = "everything") # 预测 # 测试集预测概率 # x_test1 <- genus_test_top[, -11] # 自变量 x # y_test1 <- as.factor(genus_test_top[, 11]) # 因变量 y testpredprob <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = genus_test_top,type = "prob") write.table(testpredprob, file = "D:/Rpackages/testpredprob.txt", sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE) # 测试集ROC multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor = testpredprob) # 测试集预测分类 testpredlab <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = genus_test_top,type = "Class") # 测试集混淆矩阵 confusion_matrix <- confusionMatrix(data = testpredlab, reference = genus_test_top$Class, mode = "everything") # 测试集综合结果 multiClassSummary( data.frame(obs = genus_test_top$Class,pred=testpredlab), lev = levels(genus_test_top$Class) ) # 查看样本预测结果 results <- data.frame(Actual = genus_test_top$Class, Predicted = testpredlab) # 测试集预测分类 # testpredlab <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = testdata,type = "class") # t <- table(testpredlab,testdata$class) # acc = sum(diag(t))/nrow(testdata)*100 # print(paste("模型准确率为:",round(acc,4),sep='')) # 绘制混淆矩阵热图(内容复杂,好汉谨慎处之) # confusion_matrix是混淆矩阵对象 # 转换混淆矩阵为数据框 roc1 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,1:6]) roc1 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,1]) plot(roc1$rocs[[1]],col="#1f77b4",print.auc = TRUE,print.auc.x=0.8,print.auc.y=0.8) roc2 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,2]) plot(roc2$rocs[[1]],add=TRUE,col="#ff7f0e",print.auc = TRUE,print.auc.x=0.6,print.auc.y=0.6) roc3 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,3]) plot(roc3$rocs[[1]],add=TRUE,col="#2ca02c",print.auc=TRUE,print.auc.x=0.5,print.auc.y=0.5) roc4 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,4]) plot(roc4$rocs[[1]],add=TRUE,col="#d62728",print.auc=TRUE,print.auc.x=0.4,print.auc.y=0.4) roc5 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,5]) plot(roc5$rocs[[1]],add=TRUE,col="#9467bd",print.auc=TRUE,print.auc.x=0.3,print.auc.y=0.3) roc6 <- multiclass.roc(response = genus_test_top$Class,predictor =testpredprob[,6]) plot(roc1$rocs[[6]], add = TRUE, col = "#8c564b", print.auc = TRUE, print.auc.x = 0.2, print.auc.y = 0.2) # confusion_matrix_df <- as.data.frame.matrix(confusion_matrix$table) # colnames(confusion_matrix_df) <- c("F","H") # rownames(confusion_matrix_df) <- c("F","H") # # #c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15") # colnames(confusion_matrix_df) <- c("01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", "08", "09", "10", "11", "12", "13", "14", "15") # rownames(confusion_matrix_df) <- c("01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", "08", "09", "10", "11", "12", "13", "14", "15") # # 计算归一化值 # draw_data <- round(confusion_matrix_df / colSums(confusion_matrix_df),2) # draw_data <- as.data.frame(t(draw_data)) #使用t()函数转换draw_data的行列,原本列为真实类别,现转为行 # draw_data$real <- rownames(draw_data) #提取行名作为新生成列real的类别 # draw_data <- melt(draw_data) #将宽格式的数据框转换为长格式 # # # 绘制矩阵热图 # confusion1 <- ggplot(draw_data, aes(real, variable, fill = value)) + # geom_tile() + # geom_text(aes(label = scales::percent(value))) + # scale_fill_gradient(low = "#F0F0F0", high = "#3575b5") + # labs(x = "Prediction", y = "Reference", title = "Confusion matrix") + # theme_prism(border = T) + # theme(panel.border = element_blank(), # axis.ticks.y = element_blank(), # axis.ticks.x = element_blank(), # legend.position="right", # plot.title = element_text(hjust = 0.5)) # # confusion1 # # 二分类ROC曲线绘制 # # 计算ROC曲线的参数 # roc_obj <- roc(response = genus_test_top$class, predictor = testpredprob[, 2]) # roc_auc <- auc(roc_obj) # # 将ROC对象转换为数据框 # roc_data <- data.frame(1 - roc_obj$specificities, roc_obj$sensitivities) # # 绘制ROC曲线 # ROC1 <- ggplot(roc_data, aes(x = 1 - roc_obj$specificities, y = roc_obj$sensitivities)) + # geom_line(color = "#0073C2FF", size = 1) + # annotate("segment", x = 0, y = 0, xend = 1, yend = 1, linetype = "dashed", color = "gray") + # annotate("text", x = 0.8, y = 0.2, label = paste("AUC =", round(roc_auc, 3)), size = 4, color = "black") + # coord_cartesian(xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1)) + # theme_pubr() + # labs(x = "1 - Specificity", y = "Sensitivity") + # ggtitle("ROC Curve") + # theme(plot.title = element_text(size = 14, face = "bold")) + # theme_prism(border = T) # ROC1 # # # 计算 ROC 和 AUC # roc_obj <- roc(response = genus_test_top$class, predictor = testpredprob[, 2]) # roc_auc <- auc(roc_obj) # # # 将 ROC 对象转换为数据框 # roc_data <- data.frame( # FPR = 1 - roc_obj$specificities, # TPR = roc_obj$sensitivities # ) # # # 平滑处理 # smooth_roc <- data.frame( # FPR = spline(roc_data$FPR, n = 500)$x, # TPR = spline(roc_data$TPR, n = 500)$y # ) # # # 绘制平滑后的 ROC 曲线 # ROC1 <- ggplot(smooth_roc, aes(x = FPR, y = TPR)) + # geom_line(color = "#0073C2FF", size = 1) + # annotate("segment", x = 0, y = 0, xend = 1, yend = 1, linetype = "dashed", color = "gray") + # annotate("text", x = 0.8, y = 0.2, label = paste("AUC =", round(roc_auc, 2)), size = 4, color = "black") + # coord_cartesian(xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1)) + # theme_pubr() + # labs(x = "1 - Specificity", y = "Sensitivity") + # ggtitle("Smoothed ROC Curve") + # theme(plot.title = element_text(size = 14, face = "bold")) + # theme_prism(border = T) # # ROC1 # # geom_smooth(se = FALSE, method = 'glm',formula = y~ns(x,6)) # # # 保存模型 # saveRDS(fit_rf_clsm, # file = "D:/Documents/R.data/fit_rf_clsm1_UnSimplifiedSiteClass_ConcernGender_UnexposedTop19_240209.rds") # # # 读取模型 # fit_rf_clsm1 <- readRDS("D:/Documents/R.data/fit_rf_clsm1_hand_Simplified_240102.rds") # # # 读取待分类数据 # testdata1 <- read.csv(file.choose()) # testdata1 <- as.data.frame(testdata) # for (i in c(1:2)) { # testdata1[,i] <- factor(testdata1[,i]) # } # # # 应用 # # 待分类数据集预测概率 # testpredprob <- predict(fit_rf_clsm1, newdata = testdata1, type = "prob") # # 测试集ROC # multiclass.roc(response = testdata1$class, predictor = testpredprob) # # 待分类数据集预测分类 # testpredlab <- predict(fit_rf_clsm1, newdata = testdata1,type = "class") # # 待分类数据集混淆矩阵 # confusion_matrix <- confusionMatrix(data = testpredlab, # reference = testdata1$class, # mode = "everything") # # 待分类数据集综合结果 # multiClassSummary( # data.frame(obs = testdata1$class,pred=testpredlab), # lev = levels(testdata1$class) # ) # # # 查看样本分类结果 # results <- data.frame(Actual = testdata1$class, Predicted = testpredlab) (这是整个的代码,testpredprob <- predict(fit_rf_clsm1,newdata = genus_test_top[1:5, ],type = "prob"),跑不下来)

一、赛题背景 随着越来越多的人使用便携可穿戴设备(如智能手环、智能手表等),获取客观的健康 相关的行为数据达到了空前规模,为医学应用带来了空前机遇。其中之一的智能设备应用场 景是使用穿戴设备的微机电系统(MEMS)加速度计相关数据识别用户身体活动。得益于加速 度计具有低成本、低功耗和便捷的优势,为实时精准获取在常规医护、临床实验等方面的数 字化表达提供了新思路。但是采集到的海量连续数据对分析提出了挑战。 二、解决问题 1、统计分析志愿者的活动情况 根据加速度记录数据,统计汇总附件 1 中各个志愿者的身体活动信息,数值保留小数点 后 4 位。汇总格式见表 1,保存为“result_1.xlsx”文件。 表 1 志愿 者 ID 记录总时 长(小 时) 睡眠总时 长(小 时) 高等强度运 动总时长 (小时) 中等强度运 动总时长 (小时) 低等强度运 动总时长 (小时) 静态活动总 时长(小 时) P201 28.6376 8.3824 2.3424 4.2749 7.8760 5.7619 P202 24.9968 10.2725 1.4760 3.4780 6.3030 3.4673 ... ... ... ... ... ... ... MET 值表示了代谢当量,一般以 1MET 为基准来判断运动强度。以 MET 值为判断标准的 运动强度如下:  MET 值≥6.0 为高强度。  3. 0 ≤MET 值<6.0 为中等强度。  1.6≤MET 值<3.0 为低强度。  1.0≤MET 值<1.6 之间为静态行为。  MET 值<1 为睡眠。数据说明 1、附件 1: (1)100 名志愿者穿戴腕戴式加速计数据,记录连续时间的生活数据及穿戴设备中微 机电系统(MEMS 传感器)记录的加速度数据,命名规则为“P[志愿者 ID].csv”。文件中每 一行的记录为:日期(单位:毫秒),X 方向加速度(单位: g(9.8m/s^2)),Y 方向加速 度(单位: g(9.8m/s^2)),Z 方向加速度(单位: g(9.8m/s^2)),标签(依据 Compendium of Physical Activities 的类别标注的活动和对应的 MET 值)。 (2)Metadata1.csv:100 名志愿者的年龄和性别情况表。分析题目

加速度传感器测位移我要通过获取的干气密封静环加速度数据来测量干气密封气膜厚度。现在我已获得此工况下的干气密封稳态气膜厚度,现在需要通过静环振动加速度来获得瞬态气膜厚度。在理论上来说,轴向加速度积分2次就是轴向动态位移,在稳态气膜厚度的基础上加上动态位移就是该时间的瞬态气膜厚度。 假设初始速度为零,初始位移为已知稳态膜厚。 注意:使用的是Python 3.12,并且安装的SciPy版本已经将一些函数重新组织或重命名了。1分钟采集4000个数据,从信号处理、算法选择等方面解决漂移问题,不限于这些方面解决失真问题。我要得到气膜厚度在该时间段内的值,,在稳态气膜厚度(已知)的基础上波动,波动的位移为加速度积分得到。 我放加速度数据的.txt文件都放在"D:\desk\Desktop\qimohoudu\1000"的文件夹中,此文件夹为一个工况,该文件夹下的所有.txt文件都是该工况下提取的数据,需要读取该文件夹中的所有数据,即合并此文件夹中的txt数据,存放加速度数据.txt文件命名方式为“20241212222743”,代表2024年12月12日22点27分43秒开始采集的数据,每次采集1分钟,即下一次开始采集的数据为“20241212222843”代表2024年12月12日22点28分43秒开始采集的数据。从2024年12月12日22点27分43秒开始,这一分钟采集的数据都存放在文件名为“20241212222743”格式为.txt中,即1个txt存储的是1分钟采集的数据。采集的数据有4维,分别为三个方向的加速度和温度,求解的主要是轴向膜厚,即y轴方向的,所以y轴方向的加速度对膜厚计算的影响最大,y轴加速度在第2维(第2列)。画瞬态图时时间轴从0开始,以分钟为单位。气膜厚度的单位为微米,采集的加速度单位为g,给出Python求解程序,只输出一张图即可,气膜厚度在该时间段内的值,,在稳态气膜厚度(已知)的基础上波动的图,不需要额外分析 结合论文中的方法,给出python求解程序

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