(hotTopic) D:\Top\hotTopic>pip install rust Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Collecting rust Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/c3/ff/1ffe5c38505fd5226e344aaf91fd43dc38648ccf79ae7096ea0fa4f7f815/RUST-0.1.1.tar.gz (13 kB) Preparing metadata (setup.py) ... done Requirement already satisfied: matplotlib in c:\users\shangtong\.conda\envs\hottopic\lib\site-packages (from rust) (3.5.3) Collecting biopython Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/f2/12/66bc9e4506edd7c778980ea0bc5597bc125288bc6573c78031017571ca0b/biopython-1.81-cp37-cp37m-win_amd64.whl (2.7 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 2.7/2.7 MB 4.2 MB/s eta 0:00:00 Collecting pysam Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/f7/ca/88ea596efed2900b830aa36f705742aa192b52ffa0c47577f9aa88e45ab0/pysam-0.23.0.tar.gz (4.8 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 4.8/4.8 MB 6.3 MB/s eta 0:00:00 Installing build dependencies ... done Getting requirements to build wheel ... error error: subprocess-exited-with-error × Getting requirements to build wheel did not run successfully. │ exit code: 1 ╰─> [34 lines of output] # pysam: cython is available - using cythonize if necessary # pysam: htslib mode is shared # pysam: HTSLIB_CONFIGURE_OPTIONS=None '.' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序 或批处理文件。 '.' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序 或批处理文件。 # pysam: htslib configure options: None Traceback (most recent call last): File "C:\Users\SHANGTONG\.conda\envs\hotTopic\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 351, in <module> main() File "C:\Users\SHANGTONG\.conda\envs\hotTopic\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 333, in main json_out['return_val'] = hook(**hook_input['kwargs']) File "C:\Users\SHANGTONG\.conda\envs\hotTopic\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 1
时间: 2025-03-28 14:01:35 浏览: 48
### pysam 安装错误分析与解决方案
在 Windows 的 Conda 环境下通过 `pip` 安装 `pysam` 时遇到 `subprocess-exited-with-error` 错误,通常是由以下几个原因引起的:
#### 1. **Python 版本兼容性**
某些版本的 Python 和 `setuptools` 可能不完全支持最新的依赖项构建过程。建议降级到更稳定的 `setuptools` 版本来解决问题[^1]。
```bash
pip install setuptools==57.5.0
```
此操作可以帮助修复因 `setuptools` 不兼容而导致的子进程退出错误。
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#### 2. **缺少必要的系统库**
如果目标包(如 `pysam`)需要特定的 C 库或编译器工具链,则可能因为这些资源缺失而失败。例如,`pysam` 需要 `libcurl` 支持网络功能。可以通过以下命令确认当前环境中是否存在 `libcurl`[^3]:
```bash
conda list | grep libcurl
```
如果未发现 `libcurl`,则需手动安装该库:
```bash
conda install -c conda-forge libcurl
```
这一步确保了所需的底层库被正确加载并可供 `pip` 使用。
---
#### 3. **Pip 工具本身的问题**
有时,`pip` 自身可能存在 bug 或者配置不当的情况。更新至最新版 `pip` 是一种常见做法,但如果仍然报错,可考虑回退到稳定版本[^2]:
```bash
pip install --upgrade pip
# 如果仍存在问题,尝试指定旧版本
pip install pip==21.3.1
```
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#### 4. **Conda 环境冲突**
当混合使用 `conda` 和 `pip` 进行软件管理时,可能会引发路径混乱或其他未知问题。推荐优先利用 Conda 渠道完成安装,而非直接调用 `pip`:
```bash
conda install -c bioconda pysam
```
这种方式不仅简化了依赖关系处理流程,还减少了潜在的风险因素。
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#### 综合解决步骤
以下是综合上述要点后的具体执行方案:
1. 升级/降级必要组件;
2. 补充所需外部库文件;
3. 尝试切换不同的安装方式。
最终代码如下所示:
```bash
# Step A: 调整 setuptools 到合适版本
pip install setuptools==57.5.0
# Step B: 添加 libcurl 至现有环境
conda install -c conda-forge libcurl
# Step C: 更新或者重置 pip
pip install --upgrade pip
# Optional D: 使用 Conda 替代 Pip 实施部署
conda install -c bioconda pysam
```
以上措施应能有效缓解乃至彻底消除所描述的技术难题。
---
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