linkET热力图

### 使用 `linkET` 绘制热力图 #### 软件包简介 `linkET` 是一个来自 GitHub 的 R 包，其目标是通过 `ggplot2` 提供简单直观的方式来创建矩阵热力图[^1]。该工具适用于数据处理以及多种类型的图形绘制。 以下是使用 `linkET` 创建热力图的具体方法： --- #### 安装与加载软件包 由于 `linkET` 并未发布于 CRAN 上，因此需要从 GitHub 进行安装。可以利用 `devtools::install_github()` 函数完成这一操作。具体代码如下所示： ```r if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) { install.packages("devtools") } library(devtools) install_github("author_name/linkET") # 替换 author_name 为实际作者名 ``` 成功安装后，需加载此包以便后续调用函数功能： ```r library(linkET) ``` --- #### 数据准备 为了演示目的，假设我们有一组随机生成的数据集用于构建热力图。如果已有特定数据，则可跳过本部分。 ```r set.seed(123) # 设置种子以确保结果一致 data_matrix <- matrix(rnorm(100), nrow = 10, ncol = 10) rownames(data_matrix) <- paste0("Row_", 1:10) colnames(data_matrix) <- paste0("Col_", 1:10) head(data_matrix[, 1:5]) # 查看前几列的部分数据 ``` 上述代码片段会生成一个大小为 \(10 \times 10\) 的数值型矩阵，并为其赋予行列名称方便识别。 --- #### 基础热力图绘制 借助 `linkET` 中的核心绘图函数即可快速生成基础版本的热力图。通常情况下，默认参数已能提供良好的视觉效果。 ```r heatmap_basic <- linkET_heatmap( data = data_matrix, title = "Basic Heatmap Example" ) print(heatmap_basic) ``` 此处假定存在名为 `linkET_heatmap` 的核心函数负责执行主要任务；若实际情况有所不同，请参照官方文档调整相应命令结构。 --- #### 高级定制化选项 除了基本样式外，还可以进一步自定义配色方案、标注字体以及其他美学属性来增强图表表现力。例如更改颜色渐变范围或者添加聚类树形图等附加组件。 ```r customized_heatmap <- linkET_heatmap( data = data_matrix, color_scheme = c(low = "#FFFFFF", high = "#FF0000"), # 自定义低高值对应的颜色 cluster_rows = TRUE, # 对行启用分层聚类 cluster_cols = FALSE # 不对列应用聚类算法 ) print(customized_heatmap) ``` 以上实例展示了如何灵活运用不同设置打造个性化热力图作品。 --- #### 结合相关性分析 当研究多维变量间的关系时，常结合计算所得的相关系数（如 Pearson、Spearman 和 Kendall）作为输入源制作关联度量表并最终呈现成图像形式[^2]。此类应用场景下推荐先求取两两之间的相似性指标再传递至绘图模块继续加工。 ---