def __next__(self): if self.residue and self.index == self.n_batches: batches = self.batches[self.index * self.batch_size: len(self.batches)] self.index += 1 batches = self._to_tensor(batches) return batches elif self.index >= self.n_batches: self.index = 0 raise StopIteration else: batches = self.batches[self.index * self.batch_size: (self.index + 1) * self.batch_size] self.index += 1 batches = self._to_tensor(batches) return batches

时间: 2024-02-15 08:28:46 浏览: 59
这段代码实现了 Python 迭代器的 next 方法,用于遍历输入数据集中的所有批次。具体来说,该方法首先判断数据集的 batch 数量是否为整数,如果是并且当前遍历到了最后一个 batch,那么就将 self.index 设置为 0,然后抛出 StopIteration 异常。如果 batch 数量不是整数并且当前遍历到了最后一个 batch,那么就取出最后一个 batch,并将 self.index 加 1。如果以上两种情况都不是,那么就取出下一个 batch,并将 self.index 加 1,然后将这个 batch 转换成 PyTorch Tensor 的形式并返回。这个迭代器可以用于将数据集中的所有批次依次输入神经网络模型中进行训练。
相关问题

def __init__(self, batches, batch_size, device): self.batch_size = batch_size self.batches = batches self.n_batches = len(batches) // batch_size self.residue = False # 记录batch数量是否为整数 if len(batches) % self.n_batches != 0: self.residue = True self.index = 0 self.device = device

这段代码是定义了一个类的初始化方法,接收三个参数:batches、batch_size和device。它的作用是对传入的数据进行一些处理并初始化一些变量。其中,batches是一个包含所有批次数据的列表,batch_size是指定的批次大小,device是指定的设备。具体来说,代码中通过计算获得了总批次数(n_batches),并记录了是否存在不能整除的余数(residue)。同时,该类还记录了当前处理到的批次的索引(index)。

def __len__(self): if self.residue: return self.n_batches + 1 else: return self.n_batches

这是一个 Python 函数,它计算一个数据集的批次数量。具体而言,如果数据集的大小不能被批次大小整除,那么会有一些剩余的数据点,这些数据点需要在最后一个批次中处理。这个函数首先检查是否有剩余数据点,如果有,则返回批次数量加 1;否则,返回批次数量。其中,批次数量等于数据集大小除以批次大小,使用整数除法(//)进行计算。
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(proteinMPNN) lizl@LAPTOP-LZL:~/ProteinMPNN/ProteinMPNN$ # 正确执行方式:将代码保存为.py文件后运行 # 1. 创建验证脚本 echo 'from Bio.PDB import PDBParser def validate_ca_only(pdb_path): parser = PDBParser() structure = parser.get_structure("input", pdb_path) for model in structure: for chain in model: for residue in chain: if "CA" not in residue: raise ValueError("非CA-only结构检测到其他原子") print("PDB格式验证通过") if __name__ == "__main__": validate_ca_only("inputs/osil1psingle.pdb")' > pdb_validation.py # 2. 安装依赖(在proteinMPNN虚拟环境中) pip install biopython # 3. 执行验证脚本 python pdb_validation.py Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Collecting biopython Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/b4/0d/b7a0f10f5100dcf51ae36ba31490169bfa45617323bd82af43e1fb0098fb/biopython-1.85-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (3.3 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.3/3.3 MB 13.1 MB/s eta 0:00:00 Requirement already satisfied: numpy in /home/lizl/miniconda3/envs/proteinMPNN/lib/python3.12/site-packages (from biopython) (2.2.5) Installing collected packages: biopython Successfully installed biopython-1.85 Traceback (most recent call last): File "/home/lizl/ProteinMPNN/ProteinMPNN/pdb_validation.py", line 14, in <module> validate_ca_only("inputs/osil1psingle.pdb") File "/home/lizl/ProteinMPNN/ProteinMPNN/pdb_validation.py", line 5, in validate_ca_only structure = parser.get_structure("input", pdb_path) ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ File "/home/lizl/miniconda3/envs/proteinMPNN/lib/python3.12/site-packages/Bio/PDB/PDBParser.py", line 85, in get_structure with as_handle(file) as handle: ^^^^^^^^^^^^^^^ File "/home/lizl/miniconda3/envs/proteinMPNN/lib/python3.12/contextlib.py", line 137, in __enter__ return next(self.gen) ^^^^^^^^^^^^^^ File "/home/lizl/miniconda3/envs/proteinMPNN/lib/python3.12/site-packages/Bio/File.py", line 72, in as_handle with open(handleish, mode, **kwargs) as fp: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'inputs/osil1psingle.pdb'

MP_Public::MM_MaybeOk MW_TaskWorkRegion::checkTaskBeforeRun(const QString& _taskName) { LifePara m_LifePara = getWorkStation()->getTaskParam()->getLifePara(); if ((m_LifePara.remainingGlueWeight < m_LifePara.onePieceNeedMinGlue) && m_LifePara.glueRemainingEnable) { return ME_Error(ME_GeneralAlarm::ALARM_GLUE_RESIDUE_NOT_ENOUGH); } if (getStopProcessOccasion().has_value() && getStopProcessOccasion().value() != MT_ProcessOccasionType::CanIgnore) { return ME_Error(ME_TaskProcessAlarm::ALARM_TASK_PROCESS_MAKE_MISTAKE, QObject::tr("正在停止中!")); } //检查任务是否存在 if (getTaskControl()->getAllTasks().empty()) { return ME_Error(ME_TaskProcessAlarm::ALARM_TASK_EXECUTEPREREQUISITES_ARE_NOT_MET, QObject::tr("任务为空!")); } auto findTaskResult{ getTaskControl()->getTaskRef(_taskName) }; if (!findTaskResult.has_value()) { return ME_Error(ME_TaskProcessAlarm::ALARM_TASK_EXECUTEPREREQUISITES_ARE_NOT_MET, QObject::tr("未找到执行任务名!")); } if (findTaskResult.value().get().task_instruction.isEmpty()) { return ME_Error(ME_TaskProcessAlarm::ALARM_TASK_EXECUTEPREREQUISITES_ARE_NOT_MET, QObject::tr("任务-") + _taskName + QObject::tr("为空!")); } auto paramMng = ParameterMng::getInstance(); Q_ASSERT(paramMng); //喷胶模式下总气源开关报警 2019.8.19 if (paramMng->m_workmode == WORKMODE::MODE_WETWORK && paramMng->m_bAirOpen && this->getWorkStation()->isAirPressureOpen() == false) { this->sendEvent(ME_TotalGasSourceAlarmEvent()); return ME_Error(ME_GeneralAlarm::ALARM_AIROPEN, QObject::tr("喷胶模式总气源报警!")); } //阀加热按钮 auto heatValveButtonIsPressedResult = this->isHeatValveEnable(); if (!heatValveButtonIsPressedResult.has_value()) { return ME_Error(ME_GeneralAlarm::ALARM_READ_INPUT_IO_FAIL, QObject::tr("读取阀加热控制按钮按下IO失败!")); } if (!heatValveButtonIsPressedResult.value()) { return ME_Error{ ME_GeneralAlarm::ALARM_HEAT_

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