import nibabel as nib import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from scipy.ndimage import find_objects import matplotlib.patches as patches import cv2 import SimpleITK as sitk # 读取.nii.gz格式的图像文件 #nii_img = nib.load('flow_flow/warped_moving_img_3373.nii.gz') #nii_segmentation = nib.load('flow_flow/warped_moving_img_3373_seg.nii.gz') # 获取图像数据 name = '../logs/abdomenreg/SegReg_dice/35_warped_img.nii.gz' original_data = sitk.ReadImage(name) segmented_data = sitk.ReadImage(name.replace('35_warped_img.nii.gz', '35_warped_mask.nii.gz')) original_data = sitk.GetArrayFromImage(original_data)#[:2,0,k,:,:].transpose((1,2,0)) segmented_data = sitk.GetArrayFromImage(segmented_data) # 提取特定截面，例如第二个维度的第112层 # 提取特定截面，例如 Z=112 k = 40 print(original_data.shape) original_img = original_data[:, k, :]*255 segmented_img = segmented_data[:, k, :] # 为每个标签创建颜色映射 labels = np.unique(segmented_data) print(labels) #labels = [35,44,61,138,155,176,183,206] colors = plt.cm.jet(np.linspace(0, 1, len(labels))) # 创建一个与原始图像大小相同的空白图像 contour_img = np.zeros_like(original_img).astype(np.uint8) contour_img = cv2.cvtColor(contour_img, cv2.COLOR_GRAY2BGR) original_img = cv2.cvtColor(original_img.astype(np.uint8), cv2.COLOR_GRAY2BGR) i = 0 # 遍历所有标签，提取轮廓，并在空白图像上绘制轮廓 for label, color in zip(labels, colors): if label == 0: # 通常0是背景标签 continue i = i + 1 #print(i) mask = (segmented_img == label).astype(np.uint8) # 创建一个二值化掩码 #cv2.imshow('Contours Overlay', mask) #cv2.waitKey(0) contours, _ = cv2.findContours(mask, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) #print(contours) #cv2.drawContours(contour_img, contours, -1, color, 2) cv2.drawContours(contour_img, contours, -1, (int(color[0]*255), int(color[1]*255), int(color[2]*255)), 1) # 将绘制轮廓的图像与原图叠加 combined_img = cv2.addWeighted(original_img, 1, contour_img, 1, 0) print(combined_img.shape) # 显示结果 cv2.imshow('Original Image', original_img) cv2.imshow('Contours Overlay', contour_img) cv2.imshow('Combined Image', combined_img) cv2.imwrite(name.split('/')[3].split('.nii.gz')[0]+'160y_moved_ori'+'.png', original_img) cv2.imwrite(name.split('/')[3].split('.nii.gz')[0]+'160y_moved_seg'+'.png', combined_img) cv2.waitKey(0) cv2.destroyAllWindows() 现在我想在一张目标图像（尺寸为（96，128）,路径./img.png）上画出seg_image.nii.gz（尺寸为96，80，128）的第二维的第40张切片上的分割轮廓，修改代码

<think>好的，我需要帮助用户修改他们的Python代码，以便在一张目标图像上绘制特定切片的轮廓。首先，我需要理解他们提供的代码和需求。 用户原来的代码处理的是三维的.nii.gz图像文件，提取某一层的切片，并在该切片上绘制分割轮廓。现在他们想将这个过程应用到一个二维的目标图像（img.png，尺寸96x128）上，画出seg_image.nii.gz的第二维第40张切片的分割轮廓。seg_image的尺寸是96x80x128，所以第二维是80层，第40层是有效的。 首先，我需要确认seg_image.nii.gz的结构。通常，医学图像如nii.gz的维度顺序可能是（x, y, z）或者（z, y, x），但具体要看数据是如何存储的。用户原来的代码中，处理original_data时用了[:, k, :]，而segmented_data同样，所以假设第二维是y轴，切片k=40。但seg_image的尺寸是96x80x128，第二维是80，所以k=40是有效的。 接下来，用户的目标图像是img.png，尺寸96x128，这应该对应于seg_image.nii.gz中第二维切片的某个平面。可能需要将目标图像与seg_image的对应切片对齐，确保尺寸匹配。 用户需要修改代码，主要步骤包括： 1. 读取目标图像img.png，并确保其尺寸正确。 2. 读取seg_image.nii.gz，提取第二维第40层的切片。 3. 为该切片生成轮廓，并将轮廓绘制到目标图像上。 4. 显示并保存结果。 需要注意的问题： - 目标图像可能是灰度或彩色，需要统一颜色空间。原代码中将原始图像转换为BGR，这里也需要同样处理。 - 确保seg_image的切片与目标图像尺寸匹配。例如，seg_image的切片尺寸是否为96x128？根据用户给出的seg_image尺寸是96x80x128，第二维是80，所以切片的尺寸应该是96x128，与目标图像一致。 - 颜色映射的处理，可能需要为每个标签分配颜色，与原代码类似。 - 轮廓绘制时，确保在目标图像上正确叠加。 可能的代码修改步骤： 1. 使用cv2.imread读取目标图像，检查尺寸是否正确，并转换为BGR格式。 2. 使用SimpleITK或nibabel读取seg_image.nii.gz，提取第40层切片。 3. 生成轮廓，使用cv2.findContours和cv2.drawContours。 4. 将轮廓绘制到目标图像上，使用addWeighted叠加。 5. 显示和保存结果。 需要验证seg_image的数据是否正确读取，特别是切片的方向是否正确。例如，是否需要转置或调整维度顺序。原代码中使用了segmented_data[:, k, :]，假设segmented_data的形状是（depth, height, width），而提取的是height层的第k层。但根据用户给出的seg_image尺寸是96x80x128，第二维是80，所以切片应该是segmented_data[:, 40, :]，得到96x128的二维数组，与目标图像尺寸96x128匹配。 另外，处理目标图像时，可能需要将其转换为与轮廓图像相同的颜色空间，例如从灰度转为BGR，或者保持原样。需要确保叠加时的颜色通道一致。 最后，测试修改后的代码，确保轮廓正确绘制在目标图像上，并保存输出。</think>我将帮你修改代码，实现在目标图像上绘制分割轮廓的需求。以下是分步骤解释和修改后的代码： $分析原代码结构$ 原始代码主要包含以下步骤： 1. 读取NIfTI图像 2. 提取指定切片 3. 生成轮廓 4. 可视化叠加 $修改思路$ 1. 目标图像尺寸(96,128)需要与分割图像切片尺寸匹配 2. 需要确保维度对应正确 3. 保持颜色映射逻辑 ```python import SimpleITK as sitk import cv2 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # 读取目标图像 target_img = cv2.imread('./img.png') # 读取目标图像 target_img = cv2.cvtColor(target_img, cv2.COLOR_BGR2RGB) # 转换颜色空间 # 读取分割图像 seg_data = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage('seg_image.nii.gz')) # 提取第二维度第40层切片（注意维度顺序） # 根据seg_image.nii.gz的尺寸(96,80,128)，应取中间维度 seg_slice = seg_data[:, 40, :] # 得到(96,128)的二维数组 # 创建空白轮廓图像 contour_img = np.zeros_like(target_img) # 设置颜色映射 labels = np.unique(seg_slice) colors = plt.cm.jet(np.linspace(0, 1, len(labels))) # 绘制轮廓 for label, color in zip(labels, colors): if label == 0: continue mask = (seg_slice == label).astype(np.uint8) contours, _ = cv2.findContours(mask, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) cv2.drawContours( contour_img, contours, -1, (int(color[0]*255), int(color[1]*255), int(color[2]*255)), 1 ) # 叠加显示 combined = cv2.addWeighted(target_img, 1, contour_img, 1, 0) # 保存结果 cv2.imwrite('contour_overlay.png', cv2.cvtColor(combined, cv2.COLOR_RGB2BGR)) # 可视化（可选） plt.figure(figsize=(12,6)) plt.subplot(131), plt.imshow(target_img), plt.title('原图') plt.subplot(132), plt.imshow(contour_img), plt.title('轮廓') plt.subplot(133), plt.imshow(combined), plt.title('叠加效果') plt.show() ``` $关键修改说明$： 1. 使用`seg_data[:,40,:]`提取切片，保持与目标图像尺寸一致 2. 直接使用目标图像作为背景，不再需要原始医学图像 3. 增加Matplotlib可视化选项 4. 优化颜色空间转换流程 5. 输出结果图像尺寸保持(96,128)不变 $注意事项$： 1. 确保目标图像路径正确 2. 验证分割图像维度顺序是否与代码匹配 3. 如果颜色显示异常，可以调整`plt.cm.jet`颜色映射 4. 轮廓线宽可通过修改`cv2.drawContours`的最后一个参数调整（当前设置为1像素） 如果需要调整轮廓颜色或显示样式，可以修改颜色映射部分或绘制参数。