``` mpirun -r ssh -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch -n 16 gmx_mpi mdrun -s em.tpr -deffnm em```在xshell运行pds文件要怎么操作
时间: 2024-12-17 07:20:47 浏览: 65
这个命令行是在使用MPICH的并行运行环境(MPIRUN)通过SSH远程连接的方式,在一台机器上分配16个处理器核心(`-n 16`),并将它们按照`bunch`模式进行pinning(`-r ssh -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch`)。这里的`gmx_mpi mdrun`是用来运行GROMACS模拟软件的,`-s em.tpr`指定了输入的坐标文件(topology file),`-deffnm em`表示使用的基准名是`em`。
如果你想在XShell(一种Windows下的终端模拟器)上运行PDS(Parallel Data Server)文件,首先你需要确保你已经在XShell中配置了SSH访问,并且你的机器上安装了必要的软件,包括GROMACS、MPICH和PDS支持。步骤大致如下:
1. **打开XShell**:启动XShell客户端,并连接到目标服务器,如果需要密码登录,输入正确的用户名和密码。
2. **切换目录**:进入包含PDS脚本和依赖文件的目录,例如:`cd /path/to/pds/script/directory`
3. **设置环境变量**:如果你的PDS脚本需要特定的环境变量设置,可以使用类似`setenv`或`export`的命令提前设置好。
4. **运行PDS脚本**:运行类似于`mpirun`的命令,不过要用PDS提供的`pdsh`工具替换,语法通常是:
```
pdsh -l 16 your_pds_script.pds
```
这里 `-l 16` 表示请求的节点数,替换`your_pds_script.pds`为你实际的PDS脚本名称。
5. **查看输出**:PDS会将每个节点的任务输出分别显示在XShell的不同窗口中。
阅读全文
相关推荐


















