gmx_mmpbsa脚本

时间: 2025-01-04 12:14:00 浏览: 123
### gmx_MMPBSA 脚本使用教程 #### 1. 安装与环境准备 为了运行 `gmx_MMPBSA` 工具,需先安装必要的依赖项并设置好工作环境。通常情况下,该工具适用于已经完成分子动力学模拟的数据处理。 #### 2. 配置文件说明 在开始之前,了解几个重要的配置文件是非常有帮助的: - **setup.cfg**: 此文件包含了 setuptools 的配置选项,用于指定项目的各种配置,如包的元数据、脚本、扩展等[^3]。 - **mkdocs.yml**: 这是一个文档构建工具 MkDocs 所使用的配置文件,主要用于管理项目的技术文档结构。 然而,在实际操作过程中,对于 MMPBSA 计算来说更为重要的是输入拓扑文件和轨迹文件。 #### 3. 使用示例 下面提供了一个简单的命令行调用方式来启动基于 GROMACS 的 MM-PBSA 分析流程: ```bash # 假设已经在正确的工作目录内,并且具备所需的 tpr 和 trr/xtc 文件 $ source activate your_gromacs_env # 如果适用的话,激活相应的 conda 环境 $ module load gromacs # 或者通过模块加载 GROMACS (取决于集群配置) # 接下来可以按照如下方式进行计算: $ python -m gmx_MMPBSA -f traj.xtc -s topol.tpr -o output.dat \ --gb sa=0 igb=8 saltcon=0.15 # GB 模型参数可以根据需求调整 ``` 上述例子展示了如何利用 Python 模块形式调用 `gmx_MMPBSA` 来执行一次典型的 MM/PB(GB)SA 自由能分析任务。注意这里的 `-f`, `-s` 参数分别指向轨迹文件和顶层定义文件;而其他选项则用来控制溶剂模型的选择及其他物理化学条件设定。 更多详细的参数列表以及高级功能建议查阅官方手册或访问其主页获取最新信息[^2]。
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我使用的是linux Ubuntuubuntu@ubuntu-virtual-machine:~/桌面/gromacs-2018.8/build$ sudo cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/ubuntu/gmx2018.8 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake-3.22/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message): The package name passed to find_package_handle_standard_args (pygments) does not match the name of the calling package (Sphinx). This can lead to problems in calling code that expects find_package result variables (e.g., _FOUND) to follow a certain pattern. Call Stack (most recent call first): cmake/FindPythonModule.cmake:76 (find_package_handle_standard_args) cmake/FindSphinx.cmake:61 (find_python_module) docs/CMakeLists.txt:68 (find_package) This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it. -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /home/ubuntu/桌面/gromacs-2018.8/build ubuntu@ubuntu-virtual-machine:~/桌面/gromacs-2018.8/build$ sudo make install Consolidate compiler generated dependencies of target tng_io_zlib [ 0%] Built target tng_io_zlib Consolidate compiler generated dependencies of target tng_io_obj [ 2%] Built target tng_io_obj Consolidate compiler generated dependencies of target libgromacs [ 2%] Building CXX object src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/mdlib/minimize.cpp.o /home/ubuntu/桌面/gromacs-2018.8/src/gromacs/mdlib/minimize.cpp: In function ‘double gmx::do_steep(FILE*, t_commrec*, const gmx::MDLogger&, int, const t_filenm*, const gmx_output_env_t*, const MdrunOptions&, gmx_vsite_t*, gmx_constr_t, gmx::IMDOutputProvider*, t_inputrec*, gmx_mtop_t*, t_fcdata*, t_state*, ObservablesHistory*, gmx::MDAtoms*, t_nrnb*, gmx_wallcycle_t, t_forcerec*, const ReplicaExchangeParameters&, gmx_membed_t*, gmx_walltime_accounting_t)’: /home/ubuntu/桌面/gromacs-2018.8/src/gromacs/mdlib/minimize.cpp:2542:32: error: ‘numeric_limits’ is not a member of ‘std’ 2542 | s_try->epot = std::numeric_limits<real>::infi

这是我的mdp文件title = GROMOS 54A7 BSLA MD simulation integrator = md dt = 0.001 nsteps = 50000000 ; 50 ns ; OUTPUT CONTROL OPTIONS nstxout = 0 ; suppress .trr output nstvout = 0 ; suppress .trr output nstlog = 500000 ; Writing to the log file every 500 ps nstenergy = 500000 ; Writing out energy information every 500 ps nstxtcout = 500000 ; Writing coordinates every 500 ps cutoff-scheme = Verlet nstlist = 10 ns-type = Grid pbc = xyz rlist = 1.0 coulombtype = PME pme_order = 4 fourierspacing = 0.16 rcoulomb = 1.0 vdw-type = Cut-off rvdw = 1.0 Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein Non-Protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 298 298 DispCorr = EnerPres Pcoupl = C-rescale Pcoupltype = Isotropic tau_p = 2.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no constraints = none continuation = yes constraint_algorithm = lincs lincs_iter = 2 lincs_order = 2 这是错误内容 Executable: /public/software/gromacs-2023.2-gpu/bin/gmx_mpi Data prefix: /public/software/gromacs-2023.2-gpu Working dir: /public/home/zkj/BSLA_in_Menthol_and_Olecicacid/run1 Command line: gmx_mpi mdrun -deffnm npt-nopr -v -update gpu -ntmpi 0 -ntomp 1 -nb gpu -bonded gpu -gpu_id 0 Reading file npt-nopr.tpr, VERSION 2023.2 (single precision) Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 1 to 1.065 Update groups can not be used for this system because there are three or more consecutively coupled constraints Program: gmx mdrun, version 2023.2 Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 786) Function: bool gmx::decideWhetherToUseGpuForUpdate(bool, bool, PmeRunMode, bool, bool, gmx::TaskTarget, bool, const t_inputrec&, const gmx_mtop_t&, bool, bool, bool, bool, bool, const gmx::MDLogger&) Inconsistency in user input: Update task on the GPU was required, but the following condition(s) were not satisfied: The number of coupled constraints is higher than supported in the GPU LINCS code. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. [warn] Epoll MOD(1) on fd 8 failed. Old events were 6; read change was 0 (none); write change was 2 (del): Bad file descriptor [warn] Epoll MOD(4) on fd 8 failed. Old events were 6; read change was 2 (del); write change was 0 (none): Bad file descriptor

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