pycharm读取nii.gz

### 使用 Python 读取 `.nii.gz` 文件 为了在 PyCharm 中使用 Python 读取 `.nii.gz` 文件，可以采用 `nibabel` 库来加载这些文件。以下是具体实现方法： 安装所需的库可以通过命令行工具 pip 完成： ```bash pip install nibabel numpy matplotlib ``` 接着，在 PyCharm 的项目环境中创建一个新的 Python 脚本，并输入以下代码片段以完成数据的读取与可视化操作。 #### 加载 NIfTI 数据并显示三维切片图 ```python import os import nibabel as nib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def load_and_show_nifti(file_path): # Load the image data using nibabel. img = nib.load(file_path) # Access raw data array from loaded object. img_data = img.get_fdata() # Show ortho-sliced view of 3D volume with interactive window (optional). viewer = OrthoSlicer3D(img.dataobj) viewer.show() # Alternatively, plot a single slice along each axis for demonstration purposes. fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(15, 5)) # Sagittal plane (X-axis), Coronal plane (Y-axis), Axial plane (Z-axis) midpoints = tuple(dim // 2 for dim in img.shape[:3]) sagittal_slice = img_data[midpoints[0], :, :] coronal_slice = img_data[:, midpoints[1], :] axial_slice = img_data[:, :, midpoints[2]] slices = [sagittal_slice.T, coronal_slice.T, axial_slice.T] titles = ['Sagittal View', 'Coronal View', 'Axial View'] for i, ax in enumerate(axes.flat): im = ax.imshow(slices[i], cmap='gray') ax.set_title(titles[i]) cbar = fig.colorbar(im, ax=axes.ravel().tolist(), orientation='horizontal') plt.tight_layout() plt.show() if __name__ == '__main__': file_name = r'E:\VerSe2019\osfstorage-archive\01_training\verse008.nii.gz' if not os.path.exists(file_name): raise FileNotFoundError(f"The specified path does not exist: {file_name}") try: load_and_show_nifti(file_name)[^2] except Exception as e: print(e) ``` 上述脚本不仅展示了如何利用 `OrthoSlicer3D()` 方法交互式查看整个体积图像，还提供了绘制三个主要方向上的中间层面作为静态图形的方式[^2]。