xgb.ggplot.shap.summary(X.train,model=Heart.xgb,top_n=100,subsample=1) R语言修改图例标题
时间: 2024-12-16 08:16:13 浏览: 46
"xgb.ggplot.shap.summary"看起来像是一个特定于XGB (eXtreme Gradient Boosting) 的可视化工具,通常用于Shapley Additive Explanations (SHAP) 分析。在这个函数调用中:
1. X.train:可能是训练数据集,会被用来计算模型的特征重要性和影响解释。
2. model=Heart.xgb:这里的Heart.xgb应该是已经训练好的XGB分类或回归模型,用于解释其预测结果。
3. top_n=100:表示只考虑对模型预测影响最大的前100个特征。
4. subsample=1:这可能是特征采样比例,值为1意味着使用全部特征。
至于R语言中修改图例标题,你可以使用`ggplot2`库的`labs()`函数来更改图例标题。假设你在绘制完图形后有一个名为`p`的对象,可以这样做:
```R
library(ggplot2)
p <- ggplot() + ... # 完成绘图操作
p <- p + labs(legend_title = "新的图例标题") # 修改图例标题
```
如果你想要修改的是xgb.ggplot.shap.summary生成的图例标题,可能需要查阅具体的文档或源码,因为这不是`ggplot2`标准功能的一部分,可能会有特定的API或参数来控制。
相关问题
data = pd.read_excel('C:/lydata/test4.xlsx') X = data.drop(['HER2_G', 'Height', 'Weight'], axis=1) y = data['HER2_G'] corr_matrix = X.corr(method='pearson') threshold = 0.85 redundant_features = set() xgb_model = XGBClassifier( scale_pos_weight=3/2, eval_metric='logloss', random_state=42 ).fit(X, y) feature_importance_dict = {col: imp for col, imp in zip(X.columns, xgb_model.feature_importances_)} for i in range(len(corr_matrix.columns)): for j in range(i): if abs(corr_matrix.iloc[i, j]) > threshold: col_i = corr_matrix.columns[i] col_j = corr_matrix.columns[j] if feature_importance_dict[col_i] > feature_importance_dict[col_j]: redundant_features.add(col_j) else: redundant_features.add(col_i) X_filtered = X.drop(columns=list(redundant_features)) X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_filtered, y, test_size=0.25, stratify=y, random_state=42) kf = KFold(n_splits=5, shuffle=True, random_state=42) accuracy_scores = [] precision_scores = [] recall_scores = [] f1_scores = [] auc_scores = [] total_confusion_matrix = np.zeros((len(np.unique(y_train)), len(np.unique(y_train))), dtype=int) pipeline = Pipeline([ ('scaler', RobustScaler()), ('feature_selection', SelectKBest(k=15, score_func=lambda X, y: XGBClassifier( scale_pos_weight=3/2, eval_metric='logloss', random_state=42 ).fit(X, y).feature_importances_)), ('xgb', XGBClassifier( scale_pos_weight=3/2, eval_metric='logloss', random_state=42, subsample=1, colsample_bytree=1.0 )) ]) for train_index, val_index in kf.split(X_train): X_train_fold, X_val = X_train.iloc[train_index], X_train.iloc[val_index] y_train_fold, y_val = y_train.iloc[train_index], y_train.iloc[val_index] pipeline.fit(X_train_fold, y_train_fold) y_pred = pipeline.predict(X_val) y_proba = pipeline.predict_proba(X_val)[:, 1] accuracy_scores.append(accuracy_score(y_val, y_pred)) precision_scores.append(precision_score(y_val, y_pred)) recall_scores.append(recall_score(y_val, y_pred)) f1_scores.append(f1_score(y_val, y_pred)) auc_scores.append(roc_auc_score(y_val, y_proba)) cm = confusion_matrix(y_val, y_pred) total_confusion_matrix += cm accuracy = np.mean(accuracy_scores) precision = np.mean(precision_scores) recall = np.mean(recall_scores) f1 = np.mean(f1_scores) auc = np.mean(auc_scores) pipeline.fit(X_train, y_train) y_test_pred = pipeline.predict(X_test) y_test_proba = pipeline.predict_proba(X_test)[:, 1] accuracy_test = accuracy_score(y_test, y_test_pred) precision_test = precision_score(y_test, y_test_pred) recall_test = recall_score(y_test, y_test_pred) f1_test = f1_score(y_test, y_test_pred) auc_test = roc_auc_score(y_test, y_test_proba) print(f"测试集 AUC score: {auc_test:.2f}")这个是根据你的建议先去除高相关性特征在进行基尼重要性的特征选择的代码,这样写合理吗,有没有数据泄露,如果我要对这个代码进行调参。应该先怎么做再怎么做,建议是整体的参数一起优化还是分步
<think>好的,用户现在提供了一个代码段,并询问是否合理、是否存在数据泄露,以及如何进行调参,是否需要整体优化还是分步。我需要仔细分析代码,找出潜在问题,并给出调参建议。
首先,代码的大致流程是:读取数据,去除高相关性的特征,然后使用XGBoost进行特征选择和分类,最后评估模型。用户提到这是根据之前的建议进行的,所以我要确认之前的建议是否被正确应用,尤其是数据泄露的问题。
数据泄露方面,用户可能没有考虑到在特征选择时是否使用了测试集的信息。例如,在计算相关系数矩阵时,应该只在训练集上进行,而不是整个数据集。否则,测试集的信息会影响到特征选择,导致数据泄露。代码中直接用了X.corr(),这里的X是原始数据分割前的数据,如果在分割前进行特征去除,那么测试集的数据已经被用于特征选择,这会导致泄露。正确的做法应该是先分割数据,然后在训练集上计算相关系数并去除特征,再应用到测试集。
接下来,关于特征选择的部分,用户使用XGBoost的特征重要性作为SelectKBest的评分函数。这里可能存在另一个泄露点:特征选择是否在交叉验证的每个fold中进行?在当前的代码中,pipeline中的feature_selection是在每个fold的训练集上进行的,这其实是正确的,因为交叉验证的每个fold应该独立进行特征选择,避免泄露。不过需要确认SelectKBest是否在每个fold中重新计算,而代码中的pipeline确实是在每个fold的循环内进行fit,所以应该没问题。不过,如果用户是在整个训练集上先进行特征选择,再分割,就会有泄露,但这里似乎是在每个fold内部处理的,所以可能没问题。
调参方面,用户询问应该分步还是整体优化。一般来说,分步调参更高效,比如先调整特征选择的参数(如k值),再调整模型参数。或者使用网格搜索同时优化多个参数。但需要注意,调参过程必须严格在训练集上进行,使用交叉验证,不能用到测试集的数据。
代码中的pipeline可能存在问题:特征选择使用的是SelectKBest,而评分函数是XGB的特征重要性。这可能会导致每个fold中选择不同的特征,但如果在交叉验证内部处理,应该是合理的。不过,这样可能会增加计算量,但可以确保每个fold使用自己的特征子集。
另外,用户设置的threshold=0.85用于去除高相关特征,这个阈值是否合理?可能需要根据具体情况调整,比如领域知识或通过实验确定最佳阈值。
在调参顺序上,建议先处理数据预处理步骤,比如确定特征选择的方法和参数,然后调整模型超参数。或者一起优化,但需要注意参数之间的相互影响。
可能的改进点:
1. 数据泄露问题:确保特征选择(包括去除高相关特征和SelectKBest)只在训练集上进行,而不是整个数据集。当前的代码在分割前就去除了特征,这会导致测试集的信息被用于特征选择,造成泄露。正确的做法应该是在train_test_split之后,在训练集上计算相关系数,去除冗余特征,然后应用到测试集。同样,在交叉验证的每个fold中,应该在该fold的训练部分进行特征选择,而不是提前处理。
2. 特征选择与模型调参:在pipeline中使用SelectKBest,这样在交叉验证时每个fold都会独立进行特征选择,避免泄露。但需要确认参数是否合理,比如k=15是否合适,可能需要调整。
3. 参数优化方法:使用网格搜索或随机搜索进行参数调优,可以考虑将特征选择的参数(如k值)和XGBoost的参数一起优化,但需要注意计算成本。分步优化可能更高效,例如先确定k值,再调整模型参数。
总结用户的问题:
- 数据泄露存在于特征去除步骤,因为是在全局数据上进行的,应该在训练集内处理。
- 调参建议分步骤,先处理特征选择参数,再模型参数,或使用联合优化。</think>$\boxed{\text{代码评估与调参策略}}$
### 一、合理性分析
#### 代码优势
1. **双重特征筛选机制**:结合皮尔逊相关系数(阈值0.85)与XGBoost特征重要性,有效降低维度
2. **数据泄漏防控**:在交叉验证内部完成特征选择(`SelectKBest`在训练折叠上执行)
3. **类别平衡处理**:`scale_pos_weight=3/2`应对类别不平衡
#### 潜在问题
⚠️ **关键数据泄漏风险**:
```python
# 错误点:在全局数据集上计算相关系数
corr_matrix = X.corr() # 应改为在训练集内部计算
X_filtered = X.drop(...) # 应在train_test_split之后执行
```
**后果**:测试集信息污染特征筛选过程
### 二、改进方案
#### 数据泄漏修复
```python
# 正确流程
X_train_initial, X_test_initial, y_train, y_test = train_test_split(...)
# 仅在训练集计算相关系数
corr_matrix = X_train_initial.corr(method='pearson')
redundant_features = ... # 根据训练集计算
X_train = X_train_initial.drop(columns=redundant_features)
X_test = X_test_initial.drop(columns=redundant_features) # 同步删除测试集对应列
```
#### 参数优化策略
**推荐分阶段调参**:
$$
\text{优化顺序} = \begin{cases}
1. \text{特征筛选参数} & \text{(阈值、K值)} \\
2. \text{类别平衡参数} & \text{(scale_pos_weight)} \\
3. \text{正则化参数} & \text{(max_depth, gamma)} \\
4. \text{采样参数} & \text{(subsample, colsample_bytree)}
\end{cases}
$$
**具体实施方法**:
```python
from sklearn.model_selection import GridSearchCV
params = {
'feature_selection__k': [10, 15, 20],
'xgb__max_depth': [3, 5, 7],
'xgb__gamma': [0, 0.1, 0.2],
'xgb__subsample': [0.8, 1.0]
}
grid = GridSearchCV(pipeline, params, cv=kf, scoring='roc_auc')
grid.fit(X_train, y_train) # 使用修复后的训练集
```
### 三、关键参数推荐范围
| 参数类型 | 推荐值范围 | 优化优先级 |
|---------|-----------|-----------|
| 相关系数阈值 | 0.8-0.9 | ★★★ |
| SelectKBest(k) | 10-20 | ★★★★ |
| max_depth | 3-7 | ★★★★ |
| gamma | 0-0.3 | ★★★ |
| subsample | 0.6-1.0 | ★★ |
### 四、性能提升建议
1. **动态阈值策略**:
```python
# 根据特征数量自动调整阈值
threshold = 0.9 - 0.05*(len(X.columns)//10)
```
2. **特征重要性验证**:
```python
# 使用SHAP值补充验证
import shap
explainer = shap.TreeExplainer(xgb_model)
shap_values = explainer.shap_values(X_train)
```
$\boxed{\text{最终建议}}$:
1. 优先修复数据泄漏问题
2. 采用 **分阶段调参法** 降低计算复杂度
3. 在交叉验证外层增加特征稳定性分析
4. 对`HER2_G`的类别分布进行统计验证(当前`scale_pos_weight=3/2`的设定需要数据支持)
import pandas as pd from sklearn.model_selection import train_test_split from sklearn.preprocessing import LabelEncoder from pathlib import Path excel_path = "C:/Users/Administrator/Desktop/data2.xlsx" data = pd.read_excel(excel_path, sheet_name='Sheet1') x = data[['掺氨比', '总热输入', '分级比', '主燃区温度']] y = data['NOx排放浓度'] cat_cols = data.select_dtypes(include=['object']).columns for col in cat_cols: data[col] = le.fit_transform(data[col]) X = data.drop('NOx排放浓度', axis=1) y = data['NOx排放浓度'] X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42) import xgboost as xgb dtrain = xgb.DMatrix(X_train, label=y_train) dtest = xgb.DMatrix(X_test, label=y_test) params = { 'objective': 'reg:squarederror', 'eval_metric': 'rmse', 'eta': 0.1, 'max_depth': 6, 'subsample': 0.8, 'colsample_bytree': 0.8 } model = xgb.train(params, dtrain, num_boost_round=100, evals=[(dtrain, 'train'), (dtest, 'test')], early_stopping_rounds=10) y_pred = model.predict(dtest) from sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_score from sklearn.linear_model import LinearRegression from sklearn.model_selection import train_test_split print(f"MSE: {mean_squared_error(y_test, y_pred):.2f}") print(f"RMSE: {mean_squared_error(y_test, y_pred, squared=False):.2f}") print(f"R²: {r2_score(y_test, y_pred):.2%}") import matplotlib.pyplot as plt plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 指定默认字体为黑体 plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False xgb.plot_importance(model) plt.show() 评估结果不好
<think>嗯,用户给了一段代码,是关于使用XGBoost回归模型预测NOx排放浓度的,但评估结果不好,比如MSE、RMSE和R²分数不理想。用户希望我分析原因并提出改进方法。首先,我需要仔细看看代码有没有什么问题。
首先看数据导入部分,用户用了pandas读取Excel,正确。然后定义了特征x和目标y,但之后又处理了分类列,可能数据里有类别变量?不过原来的x里并没有包含这些分类列,因为后面又用X = data.drop('NOx排放浓度', axis=1),这时候可能包含了之前处理过的分类列。这里可能存在一个问题:是否在特征工程中正确处理了分类变量?
接下来,LabelEncoder被应用到了所有object类型的列,但用户可能在数据中存在其他分类特征未被正确编码的情况。或者,可能在特征选择的时候有没有遗漏重要的变量?
然后,数据分割用了train_test_split,参数没问题。XGBoost的参数设置方面,objective是回归,eval_metric是RMSE,参数如eta、max_depth等看起来常规。可能模型参数需要调整,或者数据量不够,导致过拟合或欠拟合?
模型训练部分用了early_stopping,观察验证集的性能,这可以防止过拟合。但结果不好可能说明模型没有学习到足够的模式。可能特征不够相关,或者数据预处理有问题,比如是否需要标准化或归一化?XGBoost通常对特征缩放不敏感,但其他处理比如缺失值处理呢?数据里是否有缺失值?用户代码中没有处理缺失值的步骤,可能数据中存在NaN值,影响模型表现。
另外,特征选择方面,用户最初选取的四个特征是否足够?是否遗漏了其他重要特征?或者这些特征与目标的相关性不高?可能需要做特征相关性分析,比如计算相关系数矩阵,或者通过其他特征重要性方法筛选。
评估指标方面,用户计算了MSE、RMSE和R²,R²低说明模型解释力不足。这时候可能需要更多的特征,或者更复杂的模型,或者数据本身噪音太大,无法有效预测。
还有,数据量的问题。如果样本量太少,模型难以学习到规律,尤其是XGBoost这种需要足够数据量的模型。用户的数据量是否足够?比如,data2.xlsx里的样本数是多少?如果只有几十条,可能效果不好。
另外,可能模型超参数需要调优。虽然用户设定了eta、max_depth等,但可能没有找到最佳组合。建议使用网格搜索或随机搜索进行参数调优,比如调整max_depth、subsample、colsample_bytree、learning_rate等,或者增加n_estimators(num_boost_round)。
还有可能数据存在非线性关系,XGBoost本身可以处理,但可能需要更深的树或者不同的参数设置。或者,尝试其他模型,比如随机森林、梯度提升树等,比较结果。
另外,检查是否有异常值影响模型。NOx排放浓度是否有极端值?可以通过箱线图查看,或者对目标变量进行变换,比如对数变换,使其分布更接近正态,可能提升模型效果。
特征工程方面,是否可以考虑交互项、多项式特征?比如将某些特征相乘或平方,增加模型的表达能力。或者进行分箱处理,将连续变量离散化。
最后,可视化部分,用户画了特征重要性图,可能发现某些特征的重要性较低,这时候可以考虑移除不重要特征,减少过拟合风险,或者进一步分析这些特征是否有意义。
总结下来,可能的问题包括数据预处理不充分、特征选择不当、模型参数未调优、数据量不足、异常值存在等。需要逐一排查,并进行相应的改进。</think>以下是对该机器学习流程的分析和改进建议,按步骤说明:
$$代码分析流程图$$
1. 数据读取 → 2. 特征工程 → 3. 数据分割 → 4. 模型训练 → 5. 模型评估
$\boxed{问题诊断}$
1. $\color{red}{数据泄露}$:LabelEncoder在循环外使用fit_transform,应在循环内对每个分类列单独处理
2. $\color{red}{特征矛盾}$:x初始定义为4个特征,但后续X使用data.drop()会包含所有特征
3. $\color{orange}{参数未优化}$:XGBoost默认参数可能不适合当前数据集
4. $\color{orange}{特征工程缺失}$:未处理异常值、未标准化连续变量
$\boxed{改进方案}$
1. $\textcircled{1}$ 数据预处理修正:
```python
# 修正后的LabelEncoder应用
le = LabelEncoder()
for col in cat_cols:
data[col] = le.fit_transform(data[col].astype(str)) # 确保处理字符串类型
# 添加标准化(对连续变量)
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
num_cols = ['掺氨比', '总热输入', '分级比', '主燃区温度']
scaler = StandardScaler()
data[num_cols] = scaler.fit_transform(data[num_cols])
```
2. $\textcircled{2}$ 特征工程增强:
```python
# 添加交互特征示例
data['热输入_温度'] = data['总热输入'] * data['主燃区温度']
# 异常值处理(使用IQR方法)
Q1 = data['NOx排放浓度'].quantile(0.25)
Q3 = data['NOx排放浓度'].quantile(0.75)
IQR = Q3 - Q1
data = data[~((data['NOx排放浓度'] < (Q1 - 1.5*IQR)) |
(data['NOx排放浓度'] > (Q3 + 1.5*IQR)))]
```
3. $\textcircled{3}$ 参数优化:
```python
# 使用网格搜索优化参数
from sklearn.model_selection import GridSearchCV
param_grid = {
'max_depth': [4, 6, 8],
'learning_rate': [0.01, 0.1, 0.2],
'subsample': [0.6, 0.8, 1.0],
'colsample_bytree': [0.6, 0.8, 1.0]
}
xgb_reg = xgb.XGBRegressor(objective='reg:squarederror')
grid_search = GridSearchCV(estimator=xgb_reg,
param_grid=param_grid,
scoring='neg_mean_squared_error',
cv=5)
grid_search.fit(X_train, y_train)
best_params = grid_search.best_params_
```
$\boxed{评估指标提升策略}$
1. $\sqrt{交叉验证}$:使用5折交叉验证代替单一划分
2. $\mathbb{E}[R^2]$提升:尝试特征选择方法
```python
from sklearn.feature_selection import RFE
# 递归特征消除
selector = RFE(estimator=xgb.XGBRegressor(),
n_features_to_select=6,
step=1)
selector = selector.fit(X_train, y_train)
selected_features = X.columns[selector.support_]
```
3. $\lambda$正则化:在XGBoost参数中添加正则项
```python
params.update({
'lambda': 0.1, # L2正则化
'alpha': 0.01, # L1正则化
'min_child_weight': 5
})
```
$\boxed{可视化改进}$
建议添加预测值与真实值的散点图,直观显示拟合效果:
```python
plt.figure(figsize=(10,6))
plt.scatter(y_test, y_pred, alpha=0.6)
plt.plot([y.min(), y.max()], [y.min(), y.max()], 'k--', lw=2)
plt.xlabel("真实值")
plt.ylabel("预测值")
plt.title("预测值 vs 真实值")
plt.grid(True)
plt.show()
```
$\boxed{终极解决方案}$
若上述改进仍不理想,可尝试:
1. 使用深度学习方法构建全连接神经网络
2. 集成多个模型(XGBoost + LightGBM + CatBoost)
3. 应用贝叶斯优化进行超参数搜索
4. 使用SHAP值进行可解释性分析,辅助特征工程
建议优先检查数据质量(缺失值、异常值、特征相关性),再优化模型参数,最后考虑模型复杂度升级。可通过以下命令快速检查数据基本信息:
```python
print(data.info())
print(data.describe())
data.hist(figsize=(12,10))
plt.show()
```
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