移植CESM

### CESM 移植指南与平台兼容性配置教程 #### 1. 基本情况 CESM（Community Earth System Model）是一个复杂的地球系统模型，其移植过程涉及多个步骤和环境配置。根据已有经验[^1]，网络上的前辈分享了许多移植记录和教程，这些资源为解决移植过程中遇到的bug提供了重要参考。 #### 2. 环境配置 在开始移植之前，需要确保目标平台满足CESM的软件和操作系统先决条件。以下是环境配置的主要步骤： - **所需环境**：CESM2 Software/Operating System Prerequisites 列出了必要的依赖项，包括编译器、MPI库、HDF5、NetCDF等[^2]。 - **使用source脚本**：通过source脚本配置模块和环境变量，确保所有依赖项正确加载。 - **MPI测试**：在移植前，验证MPI环境是否正常工作，这是CESM运行的基础。 #### 3. 修改配置文件 CESM移植的核心在于正确配置CIME（Common Infrastructure for Modeling the Earth）中的几个关键XML文件。以下是对`config_machines.xml`、`config_compilers.xml`和`config_batch.xml`的修改说明： - **config_compilers.xml**： - 配置编译器和MPI路径。例如，在特定机器上可能需要设置如下内容[^3]： ```xml <compiler MACH="nsccjn" COMPILER="intel"> <MPICC>mpiicc</MPICC> <MPIFC>mpiifort</MPIFC> <MPICXX>mpicpc</MPICXX> <SFC>ifort</SFC> <SCC>icc</SCC> <SCXX>icpc</SCXX> <ADD_FFLAGS DEBUG =“TRUE”>-O0 -g -check uninit -check bounds -check pointers -fpe0</ADD_FFLAGS> <MPI_LIB_NAME complie_threader="false">mpi</MPI_LIB_NAME> <MPI_PATH>/home/yuanpeng/software/impi/compilers_and_libraries_2017.0.098/linux/mpi/intel64/bin</MPI_PATH> <HDF5_PATH>/home/yuanpeng/software/hdf5-1.8.18</HDF5_PATH> <NETCDF_PATH>/home/yuanpeng/software/netcdf-4.6.2</NETCDF_PATH> <ADD_SLIBS>-L$(NETCDF_PATH)/lib -lnetcdff -lnetcdf -L$(HDF5_PATH)/lib -lhdf5 -lhdf5_hl</ADD_SLIBS> </compiler> ``` - 注意：标签内容不应分行写入，避免格式错误[^4]。 - **config_machines.xml**： - 定义目标机器的特定参数，如节点数、处理器架构等。 - **config_batch.xml**： - 配置批处理系统参数，确保作业能够在目标平台上正确提交和运行。 #### 4. CESM安装及简单运行流程 完成环境配置后，可以按照以下步骤进行CESM的安装和运行： - **源码下载**：从官方仓库获取CESM源码。 - **在CIME中配置**：根据目标机器调整`config_machines.xml`、`config_compilers.xml`和`config_batch.xml`。 - **运行流程**： ```bash ./create_newcase --case mycase --res f19_g16 --compset BGC --mach your_machine_name cd mycase ./case.setup ./case.build ./case.submit ``` #### 5. 验证移植成功 在无法连接外网的情况下，可以通过`chksum`命令验证CESM是否成功移植。此命令会检查输出文件的一致性，确保模型运行结果符合预期[^2]。 ```bash ./cime/scripts/check_input_data.py ``` --- ###