请帮我写出完整的R代码，从GEO数据库GSE98793数据集，获取完整的所有基因表达谱数据，随后我想针对感兴趣的GO注释通路基因集进行GSEA分析

### 获取GEO数据库中GSE98793数据集的基因表达谱数据 为了从GEO数据库中获取GSE98793数据集的基因表达谱数据并执行GSEA分析，可以按照以下方法操作： #### 安装必要的R包 首先安装所需的R包，这些包用于下载和处理GEO数据以及进行GSEA分析。 ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("GEOquery", "limma", "clusterProfiler", "DOSE")) ``` #### 下载GSE98793数据集 使用`GEOquery`包中的函数来下载指定编号的数据集文件，并将其转换成适合进一步分析的形式。 ```r library(GEOquery) gse <- getGEO(filename="GSE98793_series_matrix.txt.gz") # 如果本地已有该文件则可以直接加载 exprs_data <- exprs(gse[[1]]) # 提取出表达矩阵部分 pheno_data <- pData(gse[[1]]) # 同时也获得样本信息表 rownames(exprs_data) <- gsm$Gene.symbol # 设置行为基因名以便后续匹配 colnames(exprs_data) <- pheno_data$characteristics_ch1 # 列名为样品特征描述 ``` #### 数据预处理 对原始数据做一些基本清理工作，比如去除低质量控制探针、标准化等步骤。这里假设已经得到了干净整齐化的表达数值表格。 ```r # 去除缺失值过多或变异较小的探针位点 filtered_exprs <- na.omit(exprs_data) keep_genes <- rowVars(filtered_exprs) >= quantile(rowVars(filtered_exprs), .05) cleaned_exprs <- filtered_exprs[keep_genes, ] ``` #### 执行GSEA分析 利用`clusterProfiler`库来进行GSEA富集测试，针对特定的兴趣GO术语列表。 ```r library(clusterProfiler) library(enrichplot) gene_list <- as.vector(cleaned_exprs[, 1]) # 取第一个样本作为例子 bg <- colData(pheno_data)$condition # 背景条件设置为实验设计里的分组情况 ego <- enrichGO(gene = gene_list, universe = rownames(cleaned_exprs), OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "BP", pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 0.05) dotplot(ego) # 绘制结果可视化图表 gsea_res <- GSEA(geneList = cleaned_exprs, TERM2GENE = ego@result, minSize = 15, maxSize = 500, nPerm = 1000, pAdjMethod = "BH") draw(gsea_res) # 展示最终GSEA报告图形界面 ``` 上述流程展示了如何用R代码从GEO数据库（GSE98793）提取所有基因表达谱数据并执行GSEA分析以研究感兴趣的GO注释通路[^1]。